2'-amino-2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine | 160056-49-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2'-amino-2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine
• 英文别名: 9-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-amino-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]purin-6-amine
• CAS: 160056-49-5
• 化学式: C₂₂H₄₀N₆O₄Si₂
• 分子量: 508.768
• InChiKey: DSZXWOYSCQODMD-VALFRTSSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.59
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-amino-2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine 在 sodium tetrahydroborate 、 copper(II) sulfate 作用下， 以 甲醇 、 苯 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 9-((2R,3R,3aS,9aR)-3-Benzylamino-5,5,7,7-tetraisopropyl-tetrahydro-1,4,6,8-tetraoxa-5,7-disila-cyclopentacycloocten-2-yl)-9H-purin-6-ylamine
  参考文献：
  名称：

  2'-脱氧-2'-（3-甲氧基苯甲酰胺基）腺苷类似物的合成及其构效关系，它是锥虫糖体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的选择性抑制剂。

  摘要：

  在继续进行旨在针对睡眠病的药物的基于结构的设计的项目时，合成并测试了2'-脱氧-2'-（3-甲氧基苯甲酰胺基）腺苷（1）的类似物，并建立了抑制糖体的构效关系。 3-磷酸​​甘油醛脱氢酶（GAPDH）。最近使用人类酶和昏睡锥虫（Trypanosoma brucei）的NAD：GAPDH复合物设计了化合物1。为了利用寄生虫酶的Val 207来开发额外的疏水结构域，合成了几种新的2'-酰胺基-2'-脱氧腺苷。与1相比，其中一些显示出抑制活性的有趣改善。碳环或无环类似物显示出明显的活性损失，说明了典型（C-2' -endo）核糖部分的起皱。我们还描述了一对化合物的合成，该化合物结合了2-和8-取代的腺嘌呤部分对效能的有益作用与2'-酰胺基对选择性的有益作用。不幸的是，在两种情况下，IC50值都证明了这些组合修饰的不相容性。最后，在5'-脱氧腺苷上引入疏水的5'-氨基基团显着增强了对原生动物酶的抑制

  DOI：

  10.1021/jm00019a014
• 作为产物：
  描述：

  阿糖腺苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium azide 、 palladium on activated charcoal 、 氢气 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 2'-amino-2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  有效获取 N-三氟乙酰化 2'-氨基-2'-脱氧腺苷亚磷酰胺，用于 RNA 固相合成。

  摘要：

  摘要在这里，我们提出了一种用于自动化 RNA 固相合成的 2'-氨基-2'-脱氧腺苷亚磷酰胺结构单元的可靠合成路线。由此获得的 2'-氨基修饰 RNA 可用于评估折叠 RNA 中的氢键网络，例如核糖开关或核酶。在这种情况下，我们之前在自裂解手枪核酶的比较研究中实现了此处描述的 2'-氨基-2'-脱氧腺苷构建块，以阐明活性位点 2'-OH 基团在反应机理。 图形概要

  DOI：

  10.1007/s00706-019-02390-x

文献信息

• A practical synthesis of 2′-aminoacylamino-2′-deoxyadenosines
  作者：Gavin O'Mahony、Andreas Sundgren、Sara Svensson、Morten Grøtli

  DOI：10.1016/j.tet.2007.04.038

  日期：2007.7

  A practical and efficient synthesis of 2′-aminoacylamino-2′-deoxyadenosine derivatives is reported. EDCI/HOBt-mediated coupling of a 3′,5′-diprotected 2′-amino-2′-deoxyadenosine derivative to various N-Cbz-l-amino acid derivatives followed by global deprotection affords analytically pure 2′-aminoacylamino-2′-deoxyadenosine derivatives without the necessity for preparative HPLC purification. These compounds

  报道了一种实用和有效的合成2'-氨基酰基氨基-2'-脱氧腺苷衍生物的方法。EDCI / HOBt介导的3'，5'-双保护2'-氨基-2'-脱氧腺苷衍生物与各种N -Cbz-1-氨基酸衍生物的偶联，然后整体脱保护，得到分析纯的2'-氨基酰基氨基-2' -脱氧腺苷衍生物，无需进行制备型HPLC纯化。这些化合物是2'-氨基酰基腺苷的不可水解等位基因，可用于X射线研究中阐明各种tRNA合成酶的编辑机制。
• Nucleotides. Part LVII.. Synthesis of phosphoramidite building blocks of 2?-amino-2?-deoxyribonucleosides: New compounds for oligonucleotide synthesis
  作者：Beate Greiner、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19980810556

  日期：——

  The chemical synthesis of 2′-amino-2′-deoxyribonucleosides of uracil, cytosine, adenine, and guanine, and their conversion into suitably protected 3′-phosphoramidite building blocks 35–40 for oligonucleotide synthesis are described. The aglycone and the 2′-amino functions were protected using the 2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl (npeoc) group. The synthesis of the 3′-O-succinyl (3′-O-(3-carboxypropanoyl))-substituted

  化学合成的尿嘧啶，胞嘧啶，腺嘌呤，鸟嘌呤和2'-氨基-2'-脱氧核糖核苷，和其转化为适当保护的3'-亚磷酰胺构建模块35 - 40用于寡核苷酸合成进行说明。使用2-（4-硝基苯基）乙氧羰基（npeoc）基团保护糖苷配基和2'-氨基官能团。3'- O-琥珀酰基（3' - O-（3-羧基丙酰基））取代的起始核苷41的合成描述了1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯（DBU）脱保护过程中预期迁移的溶液和固相行为，并对其进行了研究。使用新的结构单元制备了寡核苷酸，并通过紫外熔融技术研究了它们的杂交特性。
• Synthesis and Conformational Analysis of 2?-Deoxy-2?-(3-methoxybenzamido)adenosine, a rational-designed inhibitor of trypanosomal glyceraldehyde phosphate dehydrogenase (GAPDH)
  作者：Serge Van Calenbergh、Elfride Van Den Eeckhout、Piet Herdewijn、Andr� De Bruyn、Christophe Verlinde、Wim Hol、Mia Callens、Arthur Van Aerschot、Jef Rozenski

  DOI：10.1002/hlca.19940770306

  日期：1994.5.11

  A series of 2′-benzamido-2′-deoxyadenosine analogues were synthesized in an effort to find new lead structures for the treatment of sleeping sickness. The 2′-deoxy-2′-(3-methoxybenzamido)adenosine (1h) was proved to be a selective inhibitor of the parasite glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase which confirms the modeling studies. The solution-state conformation of 2′-(thiophene-2-carboxamido) analogue

  为了寻找用于治疗昏睡病的新的先导结构，合成了一系列2'-苯甲酰胺基2'-脱氧腺苷类似物。2'-脱氧-2'-（3-甲氧基苯甲酰胺基）腺苷（1h）被证明是寄生虫甘油醛3-磷酸脱氢酶的选择性抑制剂，这证实了模型研究。2′-（噻吩-2-甲酰胺基）类似物1d的溶液状态构象表明2′-内构象，噻吩环在核糖部分下的取向，而碱基部分占据“ syn ” /“反”平衡。
• Synthesis of 2′-<i>N</i>-Formamido Nucleosides and Biological Evaluation
  作者：Mikhail Abramov、Marleen Renders、Piet Herdewijn

  DOI：10.1080/15257770903362164

  日期：2009.12.7

  The 2'-N-formamide derivatives of adenosine, cytidine, and 9-beta-D-arabinofuranosyladenine were synthesized and tested (as triphosphate) for their substrate capacities for the HCV NS5B polymerase.
• Selective Tight Binding Inhibitors of Trypanosomal Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase via Structure-Based Drug Design
  作者：Alex M. Aronov、Christophe L. M. J. Verlinde、Wim G. J. Hol、Michael H. Gelb

  DOI：10.1021/jm9802620

  日期：1998.11.1

  Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) from the sleeping sickness parasite Trypanosoma brucei is a rational target for anti-trypanosomatid drug design because glycolysis provides virtually all of the energy for the bloodstream form of this parasite. Glycolysis is also an important source of energy for other pathogenic parasites including Trypanosoma cruzi and Leishmania mexicana. The current study is a continuation of our efforts to use the X-ray structures of T. brucei and L. mexicana GAPDHs containing bound NAD(+) to design adenosine analogues that bind tightly to the enzyme pocket that accommodates the adenosyl moiety of NAD(+). The goal was to improve the affinity, selectivity, and solubility of previously reported 2'-deoxy-2'-(3-methoxybenzamido)adenosine (1). It was found that introduction of hydroxyl functions on the benzamido ring increases solubility without significantly affecting enzyme inhibition. Modifications at the previously unexploited N-6-position of the purine not only lead to a substantial increase in inhibitor potency but are also compatible with the 2'-benzamido moiety of the sugar. For N-6-substituted adenosines, two successive rounds of modeling and screening provided a 330-fold gain in affinity versus that of adenosine. The combination of N-6- and 2'-substitutions produced significantly improved inhibitors. N-6-Benzyl (9a) and N-6-2-methylbenzyl (9b) derivatives of 1 display IC50 values against L. mexicana GAPDH of 16 and 4 mu M, respectively (3100- and 12500-fold more potent than adenosine). The adenosine analogues did not inhibit human GAPDH. These studies underscore the usefulness of structure-based drug design for generating potent and species-selective enzyme inhibitors of medicinal importance starting from a weakly binding lead compound.