Hoechst 33258 | 258843-62-8

• 物质功能分类: 生物化工 - 生化试剂 - 荧光成像
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: Hoechst 33258
• 英文别名: 4-[3-[6-[6-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]-1H-benzimidazol-2-yl]phenoxy]butanoic acid
• CAS: 258843-62-8
• 化学式: C₂₉H₃₀N₆O₃
• 分子量: 510.596
• InChiKey: QXQZJBBLMSBZHP-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  844.1±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.333±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于二甲基亚砜

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 储存条件：
  -20℃

制备方法与用途

Hoechst 33258 analog是一种DNA蓝荧光染料，具有生物活性。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Hoechst 33258 在 copper(ll) sulfate pentahydrate 、 聚碳化二亚胺 、 1-羟基苯并三唑 、 sodium ascorbate 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 N-[3-[4-(hydroxymethyl)triazol-1-yl]propyl]-4-[3-[6-[6-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]-1H-benzimidazol-2-yl]phenoxy]butanamide
  参考文献：
  名称：

  二-(苯并咪唑)-1,2,3-三唑衍生物及其制备和在炎症性皮肤病中的应用

  摘要：

  本发明属于药物小分子技术领域，具体公开了一种全新的二‑(苯并咪唑)‑1,2,3‑三唑衍生物及其制备和应用。本发明研究发现，所述的全新的化合物，在炎症性皮肤病方面具有优异的药效、较低的毒副作用，在炎症性皮肤病的药物开发方面具有良好的应用前景。

  公开号：

  CN113004253B
• 作为产物：
  描述：

  benzyl 4-[3-[6-[6-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]-1H-benzimidazol-2-yl]phenoxy]butanoate 在 potassium carbonate 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 Hoechst 33258
  参考文献：
  名称：

  二-(苯并咪唑)-1,2,3-三唑衍生物及其制备和在炎症性皮肤病中的应用

  摘要：

  本发明属于药物小分子技术领域，具体公开了一种全新的二‑(苯并咪唑)‑1,2,3‑三唑衍生物及其制备和应用。本发明研究发现，所述的全新的化合物，在炎症性皮肤病方面具有优异的药效、较低的毒副作用，在炎症性皮肤病的药物开发方面具有良好的应用前景。

  公开号：

  CN113004253B

文献信息

• Recognition of Nine Base Pairs in the Minor Groove of DNA by a Tripyrrole Peptide−Hoechst Conjugate
  作者：Alexander L. Satz、Thomas C. Bruice

  DOI：10.1021/ja003095d

  日期：2001.3.1

  by two FPH-1 molecules for 35 different oligomeric duplexes. Single base pair mismatches in the FPH-1 binding site were found to cause significant decreases in K(1)K(2) of 18- to 2300-fold. Thermal denaturation experiments provided similar results. Arguments are presented which favor the structure of the (FPH-1)(2):dsDNA minor groove complex to involve the two FPH-1 molecules in a slightly staggered

  已经设计了一种三吡咯肽-Hoechst 偶联物 (FPH-1)，它以亚纳摩尔浓度识别 9 个 dA/dT 碱基对富含 A/T 的 dsDNA 序列，并以接近扩散控制的速率复合其靶标以形成荧光产物。分光荧光滴定显示复合物的化学计量为 (FPH-1)(2):dsDNA。荧光分光光度法滴定也被用来确定平衡常数的产品复合 (K(1)K(2)) 的 dsDNA 由两个 FPH-1 分子为 35 不同的低聚双工。发现 FPH-1 绑定站点中的单个碱基对不匹配导致 K(1)K(2) 的 18 到 2300 倍显着下降。热变性实验提供了类似的结果。提出了支持 (FPH-1)(2) 结构的论据：
• MODULARLY ASSEMBLED SMALL MOLECULES FOR THE TREATMENT OF MYOTONIC DYSTROPHY TYPE 1
  申请人：The Scripps Research Institute

  公开号：US20180089049A1

  公开（公告）日：2018-03-29

  Transcriptomes provide a myriad of potential RNAs that could be the targets of therapeutics or chemical genetic probes of function. Cell permeable small molecules, however, generally do not exploit these targets, owing to the difficulty in the design of high affinity, specific small molecules targeting RNA. As part of a general program to study RNA function using small molecules, we designed bioactive, modularly assembled small molecules that target the non-coding expanded RNA repeat that causes myotonic dystrophy type 1 (DM1), r(CUG) exp . Herein, we present a rigorous study to elucidate features in modularly assembled compounds that afford bioactivity. Different modular assembly scaffolds were investigated including polyamines, α-peptides, β-peptides, and peptide tertiary amides (PTAs). Based on activity as assessed by improvement of DM1-associated defects, stability against proteases, cellular permeability, and toxicity, we discovered that constrained backbones, namely PTAs, are optimal.

  转录组提供了大量潜在的RNA，可以成为治疗靶点或功能化学遗传探针的目标。然而，细胞可渗透的小分子通常不利用这些靶点，因为设计高亲和力、特异性小分子靶向RNA的困难。作为一个研究使用小分子研究RNA功能的普遍计划的一部分，我们设计了能够靶向导致肌萎缩性脊柱肌肉营养不良症类型1（DM1）的非编码扩展RNA重复物质r(CUG)exp的生物活性、模块化组装的小分子。在这里，我们提出了一项严谨的研究，以阐明模块化组装化合物中提供生物活性的特征。研究了不同的模块化组装支架，包括多胺、α-肽、β-肽和肽三级酰胺（PTAs）。根据通过改善DM1相关缺陷评估的活性、对蛋白酶的稳定性、细胞渗透性和毒性，我们发现受限制的骨架，即PTAs，是最佳的。
• [EN] MODULARLY ASSEMBLED SMALL MOLECULES FOR THE TREATMENT OF MYOTONIC DYSTROPHY TYPE 1<br/>[FR] PETITES MOLÉCULES ASSEMBLÉES DE MANIÈRE MODULAIRE POUR LE TRAITEMENT DE LA DYSTROPHIE MYOTONIQUE DE TYPE 1
  申请人：SCRIPPS RESEARCH INST

  公开号：WO2015031819A1

  公开（公告）日：2015-03-05

  To study RNA function using small molecules, we designed bioactive, modularly assembled small molecules that target the noncoding expanded RNA repeat that causes myotonic dystrophy type 1 (Dml), r(CUG)exp. Different modular assembly scaffolds were investigated including polyamines, alpha-peptides, beta-peptides, and peptide tertiary amides (PT As). Based on activity as assessed by improvement of DM1 -associated defects, stability against proteases, cellular permeability, and toxicity, we discovered that constrained backbones, namely PT As, are optimal.

  为了研究使用小分子来研究RNA功能，我们设计了具有生物活性的模块化组装的小分子，以靶向导致肌无力型肌萎缩症1型（DMl）的非编码扩展RNA重复物质r(CUG)exp。我们研究了不同的模块化组装支架，包括聚胺、α-肽、β-肽和肽三级酰胺（PTAs）。根据通过改善DM1相关缺陷评估的活性、对蛋白酶的稳定性、细胞渗透性和毒性，我们发现受限的骨架，即PTAs，是最佳选择。
• [EN] PRECISE SMALL MOLECULE RECOGNITION OF A TOXIC CUG RNA REPEAT EXPANSION<br/>[FR] RECONNAISSANCE PRÉCISE DE PETITES MOLÉCULES D'UNE EXPANSION DE RÉPÉTITION D'ARN CUG TOXIQUE
  申请人：SCRIPPS RESEARCH INST

  公开号：WO2018098297A1

  公开（公告）日：2018-05-31

  Provided herein are compounds that bind to r(CUG)exp and methods of using the same for example to treat myotonic dystrophy, such as DM1.

  本文提供了与r(CUG)exp结合的化合物，以及使用这些化合物的方法，例如用于治疗肌阵挛性肌营养不良，如DM1。
• [EN] TOXIC RNA INHIBITORS SELF-ASSEMBLED IN SITU<br/>[FR] INHIBITEURS D'ARN TOXIQUES AUTO-ASSEMBLÉS IN SITU
  申请人：SCRIPPS RESEARCH INST

  公开号：WO2016011348A1

  公开（公告）日：2016-01-21

  Potent modulators of RNA function can be assembled in cellulo by using the cell as a reaction vessel and a disease-causing RNA as a catalyst. When designing small molecule effectors of function, a balance between permeability and potency must be struck. Low molecular weight compounds are more permeable while higher molecular weight compounds are more potent. The advantages of both types of compounds could be synergized if low molecular weight molecules could be transformed into potent, multivalent ligands via a reaction catalyzed by binding to a target in cells expressing a genetic defect. We demonstrate that this approach is indeed viable in cellulo. Small molecule modules with precisely positioned alkyne and azide moieties bind adjacent internal loops in r(CCUG)exp, the causative agent of myotonic dystrophy type 2 (DM2), and are transformed into oligomeric, potent inhibitors of DM2 RNA dysfunction via a 1,3 Huisgen dipolar cycloaddition reaction, a variant of click chemistry. Additionally, we show that this approach is applicable to the r(CUG) repeating RNA that causes myotonic dystrophy type 1 (DM1). The click chemistry approach also allows for FRET sensors to be synthesized on-site by using r(CUG) repeats as a catalyst. Furthermore it is shown that small molecule binding sites in patient-derived cells can be identified by using reactive approaches termed Chem-CLIP and Chem-CLIP-Map. Lastly, it is shown that small molecules that target r(CUG) expansions can be designed to cleave this RNA by appending a small molecule with a nucleic acid cleaving module.

  RNA功能的有效调节剂可以在细胞内组装，通过将细胞作为反应容器，以疾病引起的RNA作为催化剂。在设计小分子功能调节剂时，必须在渗透性和效力之间取得平衡。低分子量化合物更易渗透，而高分子量化合物更有效。如果可以通过在表达基因缺陷的细胞中与靶标结合催化的反应将低分子量分子转化为有效的、多价配体，那么这两种化合物的优势就可以协同作用。我们证明这种方法在细胞内确实是可行的。具有精确定位炔基和叠氮基团的小分子模块与(rCCUG)exp中相邻的内部环结合，这是肌无力型肌萎缩症2型（DM2）的致病因子，并通过1,3 Huisgen偶极环加成反应，点击化学的一种变体，转化为多聚体、有效的DM2 RNA功能抑制剂。此外，我们还展示了这种方法适用于导致肌无力型肌萎缩症1型（DM1）的r(CUG)重复RNA。点击化学方法还允许通过使用r(CUG)重复作为催化剂在现场合成FRET传感器。此外，通过使用称为Chem-CLIP和Chem-CLIP-Map的反应性方法，还可以识别患者来源细胞中的小分子结合位点。最后，还展示了可以设计针对r(CUG)扩增的小分子，通过附加具有核酸切割模块的小分子来切割这种RNA。