benzyl ((2S,3R)-3-(tert-butoxy)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-(((S)-1-hydroxy-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)carbamate | 898264-62-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: benzyl ((2S,3R)-3-(tert-butoxy)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-(((S)-1-hydroxy-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)carbamate
• 英文别名: N-[(Benzyloxy)carbonyl]-O-(Tert-Butyl)-L-Threonyl-3-Cyclohexyl-N-[(1s)-2-Hydroxy-1-{[(3s)-2-Oxopyrrolidin-3-Yl]methyl}ethyl]-L-Alaninamide；benzyl N-[(2S,3R)-1-[[(2S)-3-cyclohexyl-1-[[(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]-1-oxobutan-2-yl]carbamate
• CAS: 898264-62-5
• 化学式: C₃₂H₅₀N₄O₇
• 分子量: 602.772
• InChiKey: YIWYOEOSWRXENJ-FFXRMZKPSA-N

物化性质

• 沸点：
  873.6±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.153±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.7
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  benzyl ((2S,3R)-3-(tert-butoxy)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-(((S)-1-hydroxy-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)carbamate 在 pyridine-SO3 complex 、 三乙胺 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 1.0h， 以30%的产率得到benzyl ((2S,3R)-3-(tert-butoxy)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-oxo-1-(((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)propan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  一种有效的SARS冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂的合成，晶体结构，构效关系和抗病毒活性。

  摘要：

  已开发出有效的SARS冠状病毒（CoV）3CL蛋白酶抑制剂（TG-0205221，Ki = 53 nM）。TG-0205221通过将SARS CoV的病毒滴度降低4.7 log（在5 microM时）和将HCoV 229E的5.2 log（在1.25 microM时）降低了病毒效价，从而显示出针对SARS CoV和人类冠状病毒（HCoV）229E复制的显着活性。TG-0205221的晶体结构（分辨率= 1.93 A）显示出独特的结合模式，包括共价键，氢键和许多疏水相互作用。还讨论了TG-0205221与天然肽底物之间的结构比较。此信息可能适用于其他3CL蛋白酶抑制剂的设计。

  DOI：

  10.1021/jm0603926
• 作为产物：
  描述：

  L-谷氨酸 在 palladium on activated charcoal 盐酸 、 锂硼氢 、 三甲基氯硅烷 、 氢气 、 1-羟基苯并三唑 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 、 三乙胺 、 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， -78.0~60.0 ℃ 、482.63 kPa 条件下， 反应 25.5h， 生成 benzyl ((2S,3R)-3-(tert-butoxy)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-(((S)-1-hydroxy-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  一种有效的SARS冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂的合成，晶体结构，构效关系和抗病毒活性。

  摘要：

  已开发出有效的SARS冠状病毒（CoV）3CL蛋白酶抑制剂（TG-0205221，Ki = 53 nM）。TG-0205221通过将SARS CoV的病毒滴度降低4.7 log（在5 microM时）和将HCoV 229E的5.2 log（在1.25 microM时）降低了病毒效价，从而显示出针对SARS CoV和人类冠状病毒（HCoV）229E复制的显着活性。TG-0205221的晶体结构（分辨率= 1.93 A）显示出独特的结合模式，包括共价键，氢键和许多疏水相互作用。还讨论了TG-0205221与天然肽底物之间的结构比较。此信息可能适用于其他3CL蛋白酶抑制剂的设计。

  DOI：

  10.1021/jm0603926

文献信息

• A Quick Route to Multiple Highly Potent SARS‐CoV‐2 Main Protease Inhibitors**
  作者：Kai S. Yang、Xinyu R. Ma、Yuying Ma、Yugendar R. Alugubelli、Danielle A. Scott、Erol C. Vatansever、Aleksandra K. Drelich、Banumathi Sankaran、Zhi Z. Geng、Lauren R. Blankenship、Hannah E. Ward、Yan J. Sheng、Jason C. Hsu、Kaci C. Kratch、Baoyu Zhao、Hamed S. Hayatshahi、Jin Liu、Pingwei Li、Carol A. Fierke、Chien‐Te K. Tseng、Shiqing Xu、Wenshe Ray Liu

  DOI：10.1002/cmdc.202000924

  日期：2021.3.18

  to seven inhibitors indicated both formation of a covalent bond with C145 and structural rearrangement from the apoenzyme to accommodate the inhibitors. Virus inhibition assays revealed that several inhibitors have high potency in inhibiting the SARS‐CoV‐2‐induced cytopathogenic effect in both Vero E6 and A549/ACE2 cells. Two inhibitors, MPI5 and MPI8, completely prevented the SARS‐CoV‐2‐induced cytopathogenic

  COVID-19 病原体 SARS-CoV-2 需要其主要蛋白酶 (SC2M Pro ) 消化其两个翻译的长多肽，以形成许多对病毒复制和发病机制至关重要的成熟蛋白质。抑制这一重要的蛋白水解过程可有效防止病毒在受感染的细胞中复制，因此提供了一种潜在的 COVID-19 治疗选择。以以往关于SARS-CoV-1主要蛋白酶（SC1M Pro）的药物化学研究为指导，我们设计并合成了一系列含有β-（S-2-oxopyrrolidin-3-yl）-丙氨酸（Opal）的SC2M Pro抑制剂用于与 SC2M Pro活性位点半胱氨酸 C145形成可逆共价键。所有抑制剂都显示出高效力K i值等于或低于 100 nM。最有效的化合物 MPI3 的K i值为 8.3 nM。SC2M Pro的晶体学分析与七种抑制剂结合表明与C145形成共价键和脱辅基酶的结构重排以适应抑制剂。病毒抑制试验表明，几种抑制剂在抑制 Vero
• [EN] SARS-COV-2 MAIN PROTEASE INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS DE PROTÉASE PRINCIPALE DE SARS-COV-2
  申请人：TEXAS A & M UNIV SYS

  公开号：WO2022020711A1

  公开（公告）日：2022-01-27

  The present disclosure relates to certain molecules, pharmaceutical compositions containing them, and methods of using them to treat viral infections.

  本公开涉及特定分子、含有这些分子的药物组合物以及使用它们来治疗病毒感染的方法。
• [EN] PROTEASE INHIBITORS AS ANTIVIRALS<br/>[FR] INHIBITEURS DE PROTÉASE UTILISÉS COMME ANTIVIRAUX
  申请人：ACEA THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2022256434A1

  公开（公告）日：2022-12-08

  Provided herein,inter alia, are compounds, pharmaceutical compositions and methods related to the treatment of viral infections caused by coronavirus or enterovirus. Provided herein are compounds of Formula (I), (II) and (III) and methods of using the compounds for therapy. These compounds are peptidomimetics that inhibit protease 3CL of a coronavirus, and are useful for treating conditions caused by viral infections, including COVID-19.

  本文提供了与治疗由冠状病毒或肠道病毒引起的病毒感染相关的化合物、药物组合物和治疗方法。本文提供了公式(I)、(II)和(III)化合物以及使用这些化合物进行治疗的方法。这些化合物是肽类模拟物，能够抑制冠状病毒的蛋白酶3CL，并且可用于治疗由病毒感染引起的疾病，包括COVID-19。
• Discovery of First-in-Class PROTAC Degraders of SARS-CoV-2 Main Protease
  作者：Yugendar R. Alugubelli、Jing Xiao、Kaustav Khatua、Sathish Kumar、Long Sun、Yuying Ma、Xinyu R. Ma、Veerabhadra R. Vulupala、Sandeep Atla、Lauren R. Blankenship、Demonta Coleman、Xuping Xie、Benjamin W. Neuman、Wenshe Ray Liu、Shiqing Xu

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.3c02416

  日期：2024.4.25

  COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2. Main protease (MPro), a highly conserved protease among various CoVs, is essential for viral replication and pathogenesis, making it a prime target for antiviral drug development. Here, we leverage proteolysis targeting chimera (PROTAC) technology to develop a new class of small-molecule antivirals that induce the degradation of SARS-CoV-2 MPro. Among them, MPD2 was

  过去二十年里，我们目睹了三起冠状病毒 (CoV) 爆发，其中包括由 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行。主蛋白酶（M Pro ）是多种冠状病毒中高度保守的蛋白酶，对于病毒复制和发病机制至关重要，使其成为抗病毒药物开发的主要靶点。在这里，我们利用蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 技术开发一类新型小分子抗病毒药物，可诱导 SARS-CoV-2 M Pro降解。其中，MPD2被证明可以有效降低293T细胞中M Pro蛋白水平，依赖于时间依赖性、CRBN介导和蛋白酶体驱动的机制。此外，MPD2 在降低 SARS-CoV-2 感染的 A549-ACE2 细胞中 M Pro蛋白水平方面表现出显着的功效。 MPD2 还对各种 SARS-CoV-2 毒株表现出有效的抗病毒活性，并对 nirmatrelvir 耐药病毒表现出增强的效力。总体而言，这项概念验证研究强调了 M Pro靶向