3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine | 64911-18-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine；3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine；1-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 64911-18-8
• 化学式: C₂₁H₄₀N₂O₅Si₂
• 分子量: 456.73
• InChiKey: DKEAALKCPSPQCU-LZLYRXPVSA-N

物化性质

• 溶解度：
  可溶于氯仿、二氯甲烷、乙酸乙酯、甲醇

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.24
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 1H-1,2,4-三唑 、 三乙胺 、 三氯氧磷 、 吡啶 、 盐酸羟胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 以83%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  独立产生的 2'-脱氧胞苷-N4-基自由基的反应性和 DNA 损伤

  摘要：

  氧化应激在 DNA 中产生多种自由基，包括嘧啶核碱基自由基。以氮为中心的 DNA 自由基 2'-脱氧胞苷-N 4-yl 自由基 (dC·) 在由一种电子氧化剂（如 HOCl 和电离辐射）介导的 DNA 损伤中发挥作用。然而，dC·的反应性还不是很清楚。为了缩小这一知识差距，我们从硝基苯肟核苷和从同一前体化学合成的寡核苷酸中光化学生成 dC·。在激光闪光光解 (LFP) 实验中，瞬态紫外吸收光谱证实了 dC· 的形成。LFP 和双链 DNA 切割实验表明 dC·氧化 dG。dG 自由基阳离子 (dG +•) 在 LFP 实验中观察到。当对立 dG 是 dGGG 序列的一部分时，DNA 中对立 dG 的氧化导致空穴转移。序列依赖性归因于质子从 dG +•到形成的相反 dC 阴离子的快速转移与空穴转移之间的竞争。在酸性较低的O时增强空穴传输6-methyl-2'-deoxyguanosine 与

  DOI：

  10.1021/jacs.1c06425
• 作为产物：
  描述：

  溴脲苷 在 正丁基锂 、 TEA 、 碘甲烷 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Selective alkylation of pyrimidyl dianions II: synthesis, characterization, and comparative reactivity of 3′, 5′-o-bis- tetrahydropyranyl, trimethylsilyl and tert-butyldimethylsilyl derivatives of 5-bromo-2′-deoxyuridine

  摘要：

  Three compounds which can be used as precursors for thymidine synthesis via methylation at the 5 position, including 3', 5'-o-bis(tetrahydropyranyl)-5-bromo-2'-deoxyuridine 1a, 3', 5'-o-bis-(trimethylsily)-5-bromo-2'-deoxyuridine 1b, and 3', 5'-o-bis-(t-butyldimethylsilyl)-5-bromo-2'-deoxyuridine 1c, were prepared isolated and characterized by spectroscopic methods. Alkylation with methyl iodide using an organo-lithium reagent at low temperature produced 72%, 41% and 74% of thymidine 6, respectively. Tetrahydropyranyl and t-butyldimethylsilyl ethers are found to be better precursors for introduction of a methyl group at the 5 position.

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)80845-0

文献信息

• A facile and versatile electro-reductive system for hydrodefunctionalization under ambient conditions
  作者：Binbin Huang、Lin Guo、Wujiong Xia

  DOI：10.1039/d1gc00317h

  日期：——

  A facile electro-reductive hydrodefunctionalization system employing triethylamine as a sacrificial reductant is described, and the selectivity and capability of reduction can be conveniently switched by simple change of the reaction solvent.

  描述了一种使用三乙胺作为牺牲还原剂的简便电还原去功能化系统，通过简单地改变反应溶剂，可以方便地切换还原的选择性和能力。

• Wavelength-Selective Uncaging of dA and dC Residues
  作者：Florian Schäfer、Khashti Ballabh Joshi、Manuela A. H. Fichte、Timo Mack、Josef Wachtveitl、Alexander Heckel

  DOI：10.1021/ol200141v

  日期：2011.3.18

  Nitrodibenzofuran (NDBF) groups are used as photolabile “caging” groups to temporarily mask the Watson−Crick interaction of dA and dC residues. They show improved masking capabilities and are photodeprotected 12 times more efficiently than 1-(o-nitrophenyl)-ethyl (NPE) caging groups in these positions. Furthermore, NDBF groups can be removed wavelength-selectively in the presence of NPE groups. This

  硝基二苯并呋喃（NDBF）基团被用作对光不稳定的“笼型”基团，以暂时掩盖dA和dC残基的沃森-克里克相互作用。它们显示出改进的掩蔽能力，并且在这些位置的光脱保护效率比1-（邻硝基苯基）-乙基（NPE）笼蔽基团高12倍。此外，在NPE基团的存在下，NDBF基团可以波长选择性地除去。这将使寡核苷酸具有更复杂的（解笼）策略-超出通常的不可逆触发。
• 4-vinyl-substituted pyrimidine nucleosides exhibit the efficient and selective formation of interstrand cross-links with RNA and duplex DNA
  作者：Atsushi Nishimoto、Daichi Jitsuzaki、Kazumitsu Onizuka、Yosuke Taniguchi、Fumi Nagatsugi、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1093/nar/gkt197

  日期：2013.7

  substrates indicated that interstrand cross-link formation is preferential for the adenine base on the 5′-side of the opposing uridine. In the absence of a 5′-adenine, a uridine at the opposite position underwent cross-linking. The oligodeoxynucleotides probe incorporating the T-vinyl derivative efficiently formed interstrand cross-links in parallel-type triplex DNA with high selectivity for dA in the

  核酸中链间交联的形成会对核酸的生物学功能产生强烈影响；因此，已经开发了许多用于生物应用的交联剂。尽管进行了大量研究，但仍然需要兼具效率和选择性的交联剂。在这项研究中，胸苷的 4-乙烯基取代类似物（T-乙烯基衍生物）被设计为一种新的交联剂，其中乙烯基朝向 Watson-Crick 面，与腺嘌呤碱基。链间交联与 T-乙烯基衍生物相对位点的 RNA 底物上的尿苷快速且选择性地形成。在改变 RNA 底物的侧翼碱基时对交联形成的详细分析表明，链间交联形成优先于相对尿苷 5' 侧的腺嘌呤碱基。在没有 5'-腺嘌呤的情况下，相反位置的尿苷发生交联。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA 中形成链间交联，对高嘌呤链中的 dA 具有高选择性。T-乙烯基衍生物的效率和选择性说明了其在生物和材料研究中作为独特工具的潜在用途。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA
• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• Synthesis of 3,N4-Etheno, 3,N4-Ethano, and 3-(2-Hydroxyethyl) Derivatives of 2'-Deoxycytidine and Their Incorporation into Oligomeric DNA
  作者：Weifeng Zhang、Robert Rieger、Charles Iden、Francis Johnson

  DOI：10.1021/tx00043a020

  日期：1995.1

  of 2'-deoxycytidine arise in mammalian DNA that has been exposed to the metabolic products of either vinyl chloride or the antitumor drug bis(chloroethyl)nitrosourea. These chemically-related adducts are thought to be associated with both mutagenesis and carcinogenesis. In this paper we report reliable syntheses of these deoxynucleosides and incorporation of the latter into oligodeoxynucleotides by the

  2'-脱氧胞苷的3，N4-乙醇，3，N4-乙醇和3-（2-羟乙基）衍生物出现在哺乳动物DNA中，该DNA暴露于氯乙烯或抗肿瘤药物双（氯乙基）的代谢产物中亚硝基脲。这些化学相关的加合物被认为与诱变和致癌作用有关。在本文中，我们报告了这些脱氧核苷的可靠合成方法，并使用自动化方法通过亚磷酰胺途径将后者并入寡聚脱氧核苷酸中。发现3-（2-羟乙基）-2′-脱氧胞苷在水溶液中不稳定并且经历自动诱导的水解成3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷。发现该水解速率是pH依赖性的，其最大pH约为8，半衰期约为5小时。在较高或较低的酸度下，反应速率下降，表明该过程涉及一般的酸碱催化。因此，在这种情况下，获得具有3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷残基而不是胞苷类似物的低聚物。前者很可能代表生理条件下DNA中寿命更长的物种。含有这些化学损伤的代表性低聚物通过质谱和酶促降解方法进行了分析，以确认其结构。