6-hydroxymethyl-3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine | 410089-48-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 6-hydroxymethyl-3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-(hydroxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 410089-48-4
• 化学式: C₂₂H₄₂N₂O₆Si₂
• 分子量: 486.756
• InChiKey: SMBPCJHCTHGUBH-YQVWRLOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.73
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-hydroxymethyl-3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 吡啶 、 氨 、 4-甲基苯磺酸吡啶 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 34.0h， 生成 (1R,11S,12S)-12-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-10-hydroxy-9,14-dioxa-2,4-diaza-tricyclo[9.2.1.02,7]tetradec-6-ene-3,5-dione
  参考文献：
  名称：

  新的转糖苷系的5'-核苷酸的合成被限制到高度生物学相关的配置文件。

  摘要：

  已经开发出一种新的基序，用于将5'-核苷酸限制为高度生物学相关的构象。尿苷5'-单磷酸酯和2'-脱氧尿苷5'-单磷酸酯的5'，6-氧亚甲基反糖基束缚形式（分别为1和2）是从它们各自的天然核苷前体按照10到11步合成的。制备多种基于5'核苷酸的化合物的束缚形式。在两种途径中，货架稳定的6-羟甲基嘧啶核苷5'-甲醛是关键中间体。它在质子惰性条件下以环状半缩醛形式以类似碳水化合物的形式存在。磷酸化的环状半缩醛1和2分离为5'的二元混合物 -非对映异构体主要相对于碳水化合物在磷酸酯基团的轨迹上不同。通过（1）H NMR，证明1和2在环境温度下在D（2）O溶液中水解至少2个月是稳定的。部署在1和2中的氧亚甲基转糖苷系链使所有天然5'-核苷酸分子识别位点保持完整，同时将框架限制为低能量的抗糖基构象和扩展的磷酸酯结构。这提供了大约存在于蛋白质数据库中蛋白质结合的5'-核苷酸配体的四分之三的空间存在。系链

  DOI：

  10.1021/jo0110045
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 sodium tetrahydroborate 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 6-hydroxymethyl-3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  新的转糖苷系的5'-核苷酸的合成被限制到高度生物学相关的配置文件。

  摘要：

  已经开发出一种新的基序，用于将5'-核苷酸限制为高度生物学相关的构象。尿苷5'-单磷酸酯和2'-脱氧尿苷5'-单磷酸酯的5'，6-氧亚甲基反糖基束缚形式（分别为1和2）是从它们各自的天然核苷前体按照10到11步合成的。制备多种基于5'核苷酸的化合物的束缚形式。在两种途径中，货架稳定的6-羟甲基嘧啶核苷5'-甲醛是关键中间体。它在质子惰性条件下以环状半缩醛形式以类似碳水化合物的形式存在。磷酸化的环状半缩醛1和2分离为5'的二元混合物 -非对映异构体主要相对于碳水化合物在磷酸酯基团的轨迹上不同。通过（1）H NMR，证明1和2在环境温度下在D（2）O溶液中水解至少2个月是稳定的。部署在1和2中的氧亚甲基转糖苷系链使所有天然5'-核苷酸分子识别位点保持完整，同时将框架限制为低能量的抗糖基构象和扩展的磷酸酯结构。这提供了大约存在于蛋白质数据库中蛋白质结合的5'-核苷酸配体的四分之三的空间存在。系链

  DOI：

  10.1021/jo0110045

文献信息

• 6-azido and 6-azidomethyl uracil nucleosides
  作者：Yahaira Reyes、Alexander Mebel、Stanislaw F. Wnuk

  DOI：10.1080/15257770.2023.2271023

  日期：2024.5.3

  Azido nucleosides have been utilized for click reactions, metabolic incorporation into cellular DNA, and fluorescent imaging of live cells. Two classes of 6-azido modified uracil nucleosides; one w...

  叠氮核苷已用于点击反应、代谢掺入细胞 DNA 以及活细胞的荧光成像。两类6-叠氮基修饰的尿嘧啶核苷；一瓦...
• Synthesis of New Transglycosidically Tethered 5‘-Nucleotides Constrained to a Highly Biologically Relevant Profile
  作者：Michael P. Groziak、David W. Thomas

  DOI：10.1021/jo0110045

  日期：2002.4.1

  A new motif for restricting 5'-nucleotides to highly biologically relevant conformations has been developed. The 5',6-oxomethylene transglycosidically tethered versions of uridine 5'-monophosphate and 2'-deoxyuridine 5'-monophosphate (1 and 2, respectively) were synthesized in 10-11 steps from their respective natural nucleoside precursors along routes general to the preparation of tethered versions

  已经开发出一种新的基序，用于将5'-核苷酸限制为高度生物学相关的构象。尿苷5'-单磷酸酯和2'-脱氧尿苷5'-单磷酸酯的5'，6-氧亚甲基反糖基束缚形式（分别为1和2）是从它们各自的天然核苷前体按照10到11步合成的。制备多种基于5'核苷酸的化合物的束缚形式。在两种途径中，货架稳定的6-羟甲基嘧啶核苷5'-甲醛是关键中间体。它在质子惰性条件下以环状半缩醛形式以类似碳水化合物的形式存在。磷酸化的环状半缩醛1和2分离为5'的二元混合物 -非对映异构体主要相对于碳水化合物在磷酸酯基团的轨迹上不同。通过（1）H NMR，证明1和2在环境温度下在D（2）O溶液中水解至少2个月是稳定的。部署在1和2中的氧亚甲基转糖苷系链使所有天然5'-核苷酸分子识别位点保持完整，同时将框架限制为低能量的抗糖基构象和扩展的磷酸酯结构。这提供了大约存在于蛋白质数据库中蛋白质结合的5'-核苷酸配体的四分之三的空间存在。系链