N-(3-(2-(2-(3-aminopropoxy)ethoxy)ethoxy)propyl)-2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetamide | 1496517-89-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: N-(3-(2-(2-(3-aminopropoxy)ethoxy)ethoxy)propyl)-2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetamide
• 英文别名: N-[3-[2-[2-(3-aminopropoxy)ethoxy]ethoxy]propyl]-2-[4-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,6-dimethoxyphenoxy]acetamide
• CAS: 1496517-89-5
• 化学式: C₂₅H₄₀N₆O₇
• 分子量: 536.629
• InChiKey: OAJADBFVYKYWPT-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  188
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(3-(2-(2-(3-aminopropoxy)ethoxy)ethoxy)propyl)-2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetamide 、 4-((21-chloro-3,6,9,12,15-pentaoxahenicosyl)oxy)-5-methoxy-2-nitrobenzyl (4-nitrophenyl) carbonate 在 sodium carbonate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 4.0h， 以26%的产率得到4-((21-chloro-3,6,9,12,15-pentaoxahenicosyl)oxy)-5-methoxy-2-nitrobenzyl (1-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)-2-oxo-7,10,13-trioxa-3-azahexadecan-16-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  可调节和光开关化学诱导的二聚化，用于蛋白质和细胞器定位的化学光遗传学控制

  摘要：

  蛋白质和细胞器的时空动力学在控制各种细胞过程中起着重要作用。使用光敏蛋白和化学诱导二聚化（CID）的光遗传学工具可以控制蛋白质二聚化，已被用于阐明生物系统的动力学并解剖复杂的生物调控网络。但是，当前的光遗传学和CID系统的固有局限性仍然是在精确的时间和位置微调细胞活性的重大挑战。在本文中，我们提出了一种新颖的化学光遗传学方法，即光开关化学诱导二聚化（psCID），用于通过以快速且可逆的方式使用蓝光来控制细胞功能。而且，psCID是可调的。那是，可以通过应用不同剂量的光照来微调二聚化和二聚化程度。使用这种方法，我们以高的空间（μm）和时间（ms）精度控制活细胞中蛋白质的定位和细胞器的定位。

  DOI：

  10.1002/anie.201800140
• 作为产物：
  描述：

  甲氧苄啶 在 potassium tert-butylate 、 氢溴酸 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.33h， 生成 N-(3-(2-(2-(3-aminopropoxy)ethoxy)ethoxy)propyl)-2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetamide
  参考文献：
  名称：

  用于活细胞中蛋白质共价标记的快速荧光 TMP-AcBOPDIPY 探针

  摘要：

  蛋白质标记对于表征细胞和生物体中的蛋白质功能非常有用。化学标记方法已成为活细胞中的新一代蛋白质标记策略。在这里，我们开发了一种新型多功能 TMP-AcBOPDIPY 探针，用于活细胞中蛋白质的选择性和开启标记。一个小的单体标签，大肠杆菌二氢叶酸还原酶 (eDHFR)，被合理设计为在配体结合位点附近引入半胱氨酸。与 eDHFR 特异性结合的甲氧苄啶 (TMP) 与含有轻度硫醇反应性丙烯酰胺基团的 BOPDIPY 荧光团相连。TMP-AcBOPDIPY 通过称为亲和偶联（半衰期约 2 分钟）的反应快速标记工程化 eDHFR 标签，这是用于蛋白质标记的顶级快速化学探针之一。探针在标记蛋白质时显示 2 倍荧光增强。我们展示了探针在没有和有冲洗染料的情况下特异性标记活细胞中的细胞内蛋白质。我们通过荧光寿命成像显微镜 (FLIM) 测量证明了它在可视化细胞内过程中的效用。

  DOI：

  10.1021/ja500170h

文献信息

• SUBSTITUTED PHENYLCYCLOHEXYLGLYCOLATES
  申请人：Gant Thomas G.

  公开号：US20090247628A1

  公开（公告）日：2009-10-01

  Disclosed herein are substituted phenylcyclohexylglycolate-based muscarinic acetylcholine receptor modulators of Formula I, processes of preparation thereof, pharmaceutical compositions thereof, and methods of use thereof.

  本文揭示了基于取代苯基环己基甘醇酸酯的 Formula I 的肌氨酸乙酰胆碱受体调节剂，其制备方法、药物组合物及使用方法。
• A Bioorthogonal Small-Molecule-Switch System for Controlling Protein Function in Live Cells
  作者：Peng Liu、Abram Calderon、Georgios Konstantinidis、Jian Hou、Stephanie Voss、Xi Chen、Fu Li、Soumya Banerjee、Jan-Erik Hoffmann、Christiane Theiss、Leif Dehmelt、Yao-Wen Wu

  DOI：10.1002/anie.201403463

  日期：2014.9.15

  Chemically induced dimerization (CID) has proven to be a powerful tool for modulating protein interactions. However, the traditional dimerizer rapamycin has limitations in certain in vivo applications because of its slow reversibility and its affinity for endogenous proteins. Described herein is a bioorthogonal system for rapidly reversible CID. A novel dimerizer with synthetic ligand of FKBP′ (SLF′)

  化学诱导的二聚化（CID）已被证明是调节蛋白质相互作用的有力工具。然而，传统的二聚体雷帕霉素由于其缓慢的可逆性及其对内源蛋白质的亲和力而在某些体内应用中具有局限性。本文描述了用于快速可逆CID的生物正交系统。一种具有与甲氧苄啶（TMP）连接的FKBP'（SLF'）合成配体的新型二聚体。SLF'部分与FK506结合蛋白（FKBP）的F36V突变体结合，而TMP部分与大肠杆菌二氢叶酸还原酶（eDHFR）结合。SLF'-TMP诱导的FKBP（F36V）和eDHFR的异为0.12μ的解离常数中号。单独添加TMP足以迅速破坏这种异二聚作用。给出了两个例子，以证明该系统是宝贵的工具，可以广泛地用于体内快速可逆地控制蛋白质功能。
• BIOORTHOGONAL CHEMICAL INDUCERS OF REVERSIBLE DIMERIZATION FOR CONTROL OF PROTEIN FUNCTION IN CELLS
  申请人：MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FÖRDERUNG DER WISSENSCHAFTEN E.V.

  公开号：US20150168420A1

  公开（公告）日：2015-06-18

  The present application refers to bioorthogonal chemical inducers of reversible dimerization for control of protein interactions in cells. A compound, a test system, methods and uses are disclosed how the invention can be applied in the investigation of intracellular protein interactions. The system is composed of a compound of the general formula (I) as the dimerizer, displaying a high affinity binding to FKBP(F36V) mutant and eDHFR, respectively. The system is reversible on addition of TMP.

  本申请涉及用于控制细胞内蛋白相互作用的生物正交化学诱导剂的可逆二聚体化。本发明公开了一种化合物、测试系统、方法和用途，可以在细胞内蛋白质相互作用的研究中应用本发明。该系统由一般式（I）的化合物作为二聚体化剂组成，分别显示对FKBP（F36V）突变体和eDHFR具有高亲和力结合。该系统在添加TMP后是可逆的。
• [EN] BIOORTHOGONAL CHEMICAL INDUCERS OF REVERSIBLE DIMERIZATION FOR CONTROL OF PROTEIN FUNCTION IN CELLS<br/>[FR] INDUCTEURS CHIMIQUES BI-ORTHOGONAUX DE DIMÉRISATION RÉVERSIBLE POUR RÉGULER LA FONCTION PROTÉIQUE INTRACELLULAIRE
  申请人：MAX PLANCK GESELLSCHAFT

  公开号：WO2013178593A1

  公开（公告）日：2013-12-05

  The present application refers to bioorthogonal chemical inducers of reversible dimerization for control of protein interactions in cells. A compound, a test system, methods and uses are disclosed how the invention can be applied in the investigation of intracellular protein interactions. The system is composed of a compound of the general formula (I) as the dimerizer, displaying a high affinity binding to FKBP(F36V) mutant and eDHFR, respectively. The system is reversible on addition of TMP.
• A Rapid and Fluorogenic TMP-AcBOPDIPY Probe for Covalent Labeling of Proteins in Live Cells
  作者：Wei Liu、Fu Li、Xi Chen、Jian Hou、Long Yi、Yao-Wen Wu

  DOI：10.1021/ja500170h

  日期：2014.3.26

  Protein labeling is enormously useful for characterizing protein function in cells and organisms. Chemical tagging methods have emerged as a new generation protein labeling strategy in live cells. Here we have developed a novel and versatile TMP-AcBOPDIPY probe for selective and turn-on labeling of proteins in live cells. A small monomeric tag, E. coli dihydrofolate reductase (eDHFR), was rationally

  蛋白质标记对于表征细胞和生物体中的蛋白质功能非常有用。化学标记方法已成为活细胞中的新一代蛋白质标记策略。在这里，我们开发了一种新型多功能 TMP-AcBOPDIPY 探针，用于活细胞中蛋白质的选择性和开启标记。一个小的单体标签，大肠杆菌二氢叶酸还原酶 (eDHFR)，被合理设计为在配体结合位点附近引入半胱氨酸。与 eDHFR 特异性结合的甲氧苄啶 (TMP) 与含有轻度硫醇反应性丙烯酰胺基团的 BOPDIPY 荧光团相连。TMP-AcBOPDIPY 通过称为亲和偶联（半衰期约 2 分钟）的反应快速标记工程化 eDHFR 标签，这是用于蛋白质标记的顶级快速化学探针之一。探针在标记蛋白质时显示 2 倍荧光增强。我们展示了探针在没有和有冲洗染料的情况下特异性标记活细胞中的细胞内蛋白质。我们通过荧光寿命成像显微镜 (FLIM) 测量证明了它在可视化细胞内过程中的效用。