methyl 2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetate | 83166-78-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetate
• 英文别名: 2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetic acid；methyl 2-[4-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,6-dimethoxyphenoxy]acetate
• CAS: 83166-78-3
• 化学式: C₁₆H₂₀N₄O₅
• 分子量: 348.359
• InChiKey: GGIPEPBRQYWGNV-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetate 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 N-(3-(2-(2-(3-aminopropoxy)ethoxy)ethoxy)propyl)-2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetamide
  参考文献：
  名称：

  生物正交小分子开关系统，用于控制活细胞中的蛋白质功能

  摘要：

  化学诱导的二聚化（CID）已被证明是调节蛋白质相互作用的有力工具。然而，传统的二聚体雷帕霉素由于其缓慢的可逆性及其对内源蛋白质的亲和力而在某些体内应用中具有局限性。本文描述了用于快速可逆CID的生物正交系统。一种具有与甲氧苄啶（TMP）连接的FKBP'（SLF'）合成配体的新型二聚体。SLF'部分与FK506结合蛋白（FKBP）的F36V突变体结合，而TMP部分与大肠杆菌二氢叶酸还原酶（eDHFR）结合。SLF'-TMP诱导的FKBP（F36V）和eDHFR的异为0.12μ的解离常数中号。单独添加TMP足以迅速破坏这种异二聚作用。给出了两个例子，以证明该系统是宝贵的工具，可以广泛地用于体内快速可逆地控制蛋白质功能。

  DOI：

  10.1002/anie.201403463
• 作为产物：
  描述：

  甲氧苄啶 在 potassium tert-butylate 、 氢溴酸 作用下， 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 methyl 2-(4-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,6-dimethoxyphenoxy)acetate
  参考文献：
  名称：

  使用甲氧苄啶 PROTAC 调节 eDHFR 标记蛋白

  摘要：

  对细胞和活体动物中蛋白质水平的时间控制可用于提高我们对蛋白质功能的理解。此外，工程蛋白质的控制可用于治疗应用。蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 已成为一种小分子驱动策略，通过将 E3 连接酶招募到目标蛋白上，实现蛋白丰度的快速翻译后调节。在这里，我们通过将抗生素甲氧苄啶 (TMP) 与 Pomalidomide（E3 连接酶 Cereblon 的配体）共价连接来开发几种 PROTAC 分子。这些分子诱导与小蛋白结构域、大肠杆菌二氢叶酸还原酶 (eDHFR) 基因融合的感兴趣蛋白 (POI) 的降解，这是 TMP 的分子靶点。我们表明，使用 PROTAC 分子7c可以将各种 eDHFR 标记蛋白稳健地降解至最大表达量的 95%。此外，使用蛋白质组学和生化测定，基于 TMP 的 PROTAC 对免疫调节酰亚胺药物 (IMiD) 敏感的新底物的表达影响最小。最后，我们展示了另一个已知的降解决定子-PROTAC

  DOI：

  10.1038/s41467-023-42820-3

文献信息

• A Rapid and Fluorogenic TMP-AcBOPDIPY Probe for Covalent Labeling of Proteins in Live Cells
  作者：Wei Liu、Fu Li、Xi Chen、Jian Hou、Long Yi、Yao-Wen Wu

  DOI：10.1021/ja500170h

  日期：2014.3.26

  Protein labeling is enormously useful for characterizing protein function in cells and organisms. Chemical tagging methods have emerged as a new generation protein labeling strategy in live cells. Here we have developed a novel and versatile TMP-AcBOPDIPY probe for selective and turn-on labeling of proteins in live cells. A small monomeric tag, E. coli dihydrofolate reductase (eDHFR), was rationally

  蛋白质标记对于表征细胞和生物体中的蛋白质功能非常有用。化学标记方法已成为活细胞中的新一代蛋白质标记策略。在这里，我们开发了一种新型多功能 TMP-AcBOPDIPY 探针，用于活细胞中蛋白质的选择性和开启标记。一个小的单体标签，大肠杆菌二氢叶酸还原酶 (eDHFR)，被合理设计为在配体结合位点附近引入半胱氨酸。与 eDHFR 特异性结合的甲氧苄啶 (TMP) 与含有轻度硫醇反应性丙烯酰胺基团的 BOPDIPY 荧光团相连。TMP-AcBOPDIPY 通过称为亲和偶联（半衰期约 2 分钟）的反应快速标记工程化 eDHFR 标签，这是用于蛋白质标记的顶级快速化学探针之一。探针在标记蛋白质时显示 2 倍荧光增强。我们展示了探针在没有和有冲洗染料的情况下特异性标记活细胞中的细胞内蛋白质。我们通过荧光寿命成像显微镜 (FLIM) 测量证明了它在可视化细胞内过程中的效用。
• Small-molecule-targeted protein degradation
  申请人：Hedstrom Lizbeth K.

  公开号：US09765019B2

  公开（公告）日：2017-09-19

  Certain aspects of the invention relate to compounds, compositions and methods that are useful for treating or preventing a disease in a subject by enhancing the degradation of a protein. In other aspects, said compounds can be useful research tools for investigating protein degradation. In other aspects, said compounds are useful research tools for investigating protein function. In certain embodiments, the degraded protein is implicated in a disease or disorder whose pathology is related at least in part to the excessive expression of the protein or the expression of a mutant form of the protein.

  该发明的某些方面涉及与化合物、组合物和方法有关，这些方法对于通过促进蛋白质降解来治疗或预防受试者的疾病是有用的。在其他方面，这些化合物可以作为研究蛋白质降解的有用工具。在其他方面，这些化合物是研究蛋白质功能的有用工具。在某些实施例中，被降解的蛋白质涉及与疾病或疾病有关的病理学，该病理学至少部分与蛋白质的过度表达或蛋白质的突变形式的表达有关。
• Small-Molecule-Targeted Protein Degradation
  申请人：Hedstrom Lizbeth K.

  公开号：US20130190340A1

  公开（公告）日：2013-07-25

  Certain aspects of the invention relate to compounds, compositions and methods that are useful for treating or preventing a disease in a subject by enhancing the degradation of a protein. In other aspects, said compounds can be useful research tools for investigating protein degradation. In other aspects, said compounds are useful research tools for investigating protein function. In certain embodiments, the degraded protein is implicated in a disease or disorder whose pathology is related at least in part to the excessive expression of the protein or the expression of a mutant form of the protein.

  该发明的某些方面涉及化合物、组合物和方法，通过增强蛋白质降解来治疗或预防主体中的疾病。在其他方面，这些化合物可以用于研究蛋白质降解的研究工具。在其他方面，这些化合物是用于研究蛋白质功能的有用工具。在某些实施例中，被降解的蛋白质与疾病或障碍有关，其病理学与蛋白质的过度表达或突变形式的表达至少部分相关。
• [EN] CONTROL OF PROTEIN EXPRESSION WITH TMP-PROTAC COMPOUNDS<br/>[FR] RÉGULATION DE L'EXPRESSION PROTÉIQUE AVEC DES COMPOSÉS DE TMP-PROTAC
  申请人：UNIV PENNSYLVANIA

  公开号：WO2022217295A1

  公开（公告）日：2022-10-13

  Described are compounds of formula (I), or pharmaceutically acceptable salts thereof: (I) that are useful for control of protein expression with eDHFR tags and methods of controlling protein expression with such compounds, as well as kits comprising the compounds.

  本文介绍了式(I)的化合物或其药学上可接受的盐：(I)可用于控制带有eDHFR标签的蛋白质表达，并使用这些化合物控制蛋白质表达的方法，以及包含这些化合物的试剂盒。
• Cell Compatible Trimethoprim-Decorated Iron Oxide Nanoparticles Bind Dihydrofolate Reductase for Magnetically Modulating Focal Adhesion of Mammalian Cells
  作者：Marcus J. C. Long、Yue Pan、Hsin-Chieh Lin、Lizbeth Hedstrom、Bing Xu

  DOI：10.1021/ja202767g

  日期：2011.7.6

  On the basis of the high affinity binding of trimethoprim (TMP) to Escherichia coli dihydrofolate reductase (eDHFR), TMP-decorated iron oxide nanoparticles bind to eDHFR with high affinity and specificity, which allows magnetic modulation of focal adhesion of mammalian cells adhered to a surface. Besides being the first example of nanoparticles that selectively bind to eDHFR, the biocompatibility of the conjugate of TAP iron oxide nanoparticles renders a convenient and versatile platform for investigating the cellular responses to specific, mechanical perturbation of proteins via a magnetic force.