3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)adenosine | 853748-60-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)adenosine
• 英文别名: 5',3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)adenosine；3′,5′-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2′-O-(hydroxyethyl)adenosine；2-(((2R,3R,4R,5R)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-3-yl)oxy)ethanol；HOEt(-2)[TBDMS(-3)][TBDMS(-5)]Ribf(b)-adenin-9-yl；2-[(2R,3R,4R,5R)-2-(6-aminopurin-9-yl)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxyethanol
• CAS: 853748-60-4
• 化学式: C₂₄H₄₅N₅O₅Si₂
• 分子量: 539.823
• InChiKey: OOYIASGBHBPYSO-WGQQHEPDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)adenosine 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 4,5-二氰基咪唑 、 三甲基氯硅烷 、 sodium azide 、 四丁基氟化铵 、 氢气 、 三乙胺 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 47.5h， 生成 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-(triphenylmethylthio)ethyl)-N⁶-isobutyryladenosine
  参考文献：
  名称：

  胺和硫醇修饰的核苷亚磷酰胺的合成，用于将生物物理探针特异性引入RNA

  摘要：

  为了研究RNA结构，折叠和催化作用，通常使用核苷亚磷酰胺通过固相合成RNA寡核苷酸来引入位点特异性修饰。在这里，我们报告了两个完整系列的RNA核苷亚磷酰胺的制备；每个具有适当保护的胺或硫醇官能团。第一个系列包括四个常见的RNA核苷酸U，C，A和G，每个核苷酸均带有2'-（2-氨基乙氧基）-2'-脱氧取代基（即与2'-氧通过二碳连接基）。第二个系列包含四个常见的RNA核苷酸，每个核苷酸均具有类似的2'-（2-巯基乙氧基）-2'-脱氧取代（即系链的2'-硫醇）。胺可用于酰化和还原胺化反应，除其他可能的应用外，硫醇还参与置换和氧化交联反应。新的亚磷酰胺对于实现将生物物理探针的特定位点引入和限制进入RNA方面将特别有价值。

  DOI：

  10.1021/jo050061l
• 作为产物：
  描述：

  腺苷 在 吡啶 、 lithium aluminium tetrahydride 、 sodium hydride 作用下， 以 乙醚 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 7.5h， 生成 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-(2-hydroxyethyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  2'-羟乙基-腺苷对N 1- / N 6-硝基苄基的偏光裂解及其DNA / RNA笼模拟

  摘要：

  官能团的保护和去保护是复杂分子合成过程中的关键步骤。在温和条件下的化学选择性和区域选择性保护-去保护总是优选的。光不稳定的保护基具有这样的性质。例如，邻硝基苄基是胺，醇和羧酸的多用途光不稳定保护基。该报告描述了用邻硝基苄基溴将2'-连接的腺苷核苷类似物的区域选择性N-硝基苄基化，从而得到了两个新的受保护的核苷，例如2'-羟基乙基-NBn 1 A / 2'-羟基乙基-NBn 6 A准备好了。重要的是，N尽管硝基硝基化受到保护，但仅在腺嘌呤残基发生。该类似物在2'-位具有一个游离的束缚羟基，并且不受硝基苄基化的影响。此外，使用DNA合成仪将这些类似物掺入DNA / RNA寡核苷酸中。该报告还证明了通过紫外光（λ365nm）以区域特异性方式对这些硝基苄基进行光裂解。只有NBn 6 A衍生物的硝基苯基可以在紫外光下区域特异性地裂解。令人惊讶的是，在寡核苷酸合成过程中发现了NBn 1 A-DNA /

  DOI：

  10.1016/j.jphotochem.2020.112864

文献信息

• [EN] ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES WITH IMPROVED PHARMACOKINETIC PROPERTIES<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES ANTISENS AYANT DES PROPRIÉTÉS PHARMACOCINÉTIQUES AMÉLIORÉES
  申请人：UNIV VIENNA

  公开号：WO2015032968A1

  公开（公告）日：2015-03-12

  The invention relates to an antisense or siRNA oligonucleotide or conjugate with improved pharmacokinetic properties, methods of producing the same as well as the use of such compounds and conjugates, e.g. as pharmaceutical composition, a pharmaceutical kit, a medicament or a tool in biomedical research. The conjugates of the invention have the formula I being P - (L - S - S - Y - X)n, wherein P represents a natural, artificial and/or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence; S represents sulfur; X represents a ligand; Y represents a spacer and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. The oligonucleotides of the invention have the formula II being P- (L - S - R)n, wherein P represents a natural, artificial and /or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence, S represents sulfur, R represents either hydrogen or a thiol protecting group, preferably trityl or tertiary butyl, and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. In addition, the pharmaceutical composition or pharmaceutical kit or conjugate can be used for the treatment of a disease or disorder that can be at least in part alleviated by therapy, wherein the disease or disorder is selected from the group consisting of bacterial infections, viral infections, cancer, metabolic diseases and immunological disorders and preferably cancer.

  该发明涉及具有改进的药代动力学性质的反义物或siRNA寡核苷酸或结合物，以及生产这些物质的方法，以及这些化合物和结合物的用途，例如作为药物组合物、药物工具包、药物或生物医学研究中的工具。该发明的结合物具有公式I，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置；S代表硫；X代表配体；Y代表间隔物，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。该发明的寡核苷酸具有公式II，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置，S代表硫，R代表氢或硫醇保护基团，优选三苯甲基或叔丁基，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。此外，药物组合物或药物工具包或结合物可用于治疗至少部分可通过治疗缓解的疾病或紊乱，其中所述疾病或紊乱选自细菌感染、病毒感染、癌症、代谢性疾病和免疫紊乱等组成的一组，优选癌症。
• Antisense oligonucleotides with improved pharmacokinetic properties
  申请人：University of Vienna

  公开号：EP2845607A1

  公开（公告）日：2015-03-11

  The invention relates to an antisense or siRNA oligonucleotide or conjugate with improved pharmacokinetic properties, methods of producing the same as well as the use of such compounds and conjugates, e.g. as pharmaceutical composition, a pharmaceutical kit, a medicament or a tool in biomedical research. The conjugates of the invention have the formula I being P - (L - S - S - Y - X)n, wherein P represents a natural, artificial and/or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence; S represents sulfur; X represents a ligand; Y represents a spacer and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. The oligonucleotides of the invention have the formula II being P- (L - S - R)n, wherein P represents a natural, artificial and /or modified oligonucleotide, L represents a linker group attached to one or more nucleosides at any position within the oligonucleotides sequence, S represents sulfur, R represents either hydrogen or a thiol protecting group, preferably trityl or tertiary butyl, and n is an integer ranging from 1 to the oligonucleotide length of P. In addition, the pharmaceutical composition or pharmaceutical kit or conjugate can be used for the treatment of a disease or disorder that can be at least in part alleviated by therapy, wherein the disease or disorder is selected from the group consisting of bacterial infections, viral infections, cancer, metabolic diseases and immunological disorders and preferably cancer.

  该发明涉及具有改进药代动力学性质的反义或siRNA寡核苷酸或结合物，以及生产这些物质的方法，以及这些化合物和结合物的用途，例如作为药物组合物、药物配套工具、药物或生物医学研究工具。 该发明的结合物具有公式I，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置；S代表硫；X代表配体；Y代表间隔物；n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。 该发明的寡核苷酸具有公式II，其中P代表天然、人工和/或修饰的寡核苷酸，L代表连接基团，连接到寡核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的任何位置，S代表硫，R代表氢或硫醇保护基团，优选三苯基或叔丁基，n是一个整数，范围从1到P的寡核苷酸长度。 此外，药物组合物或药物配套工具或结合物可用于治疗至少部分可以通过治疗缓解的疾病或紊乱，其中该疾病或紊乱选自细菌感染、病毒感染、癌症、代谢性疾病和免疫紊乱等疾病或紊乱。
• Fragment-based solid-phase assembly of oligonucleotide conjugates with peptide and polyethylene glycol ligands
  作者：Mehrdad Dirin、Ernst Urban、Christian R. Noe、Johannes Winkler

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.05.001

  日期：2016.10

  Ligand conjugation to oligonucleotides is an attractive strategy for enhancing the therapeutic potential of antisense and siRNA agents by inferring properties such as improved cellular uptake or better pharmacokinetic properties. Disulfide linkages enable dissociation of ligands and oligonucleotides in reducing environments found in endosomal compartments after cellular uptake. Solution-phase fragment

  配体与寡核苷酸的结合是一种引人注目的策略，可通过推断诸如改善的细胞摄取或更好的药代动力学特性等特性来增强反义和siRNA试剂的治疗潜力。二硫键可在细胞摄取后在内体区室的还原性环境中解离配体和寡核苷酸。用于产生寡核苷酸缀合物的溶液相片段偶联程序通常是乏味的，产生中等的产率并且反应副产物通常难以去除。我们已经开发出一种在固相合成后直接通过二硫键将配体固相偶联至寡核苷酸的改进方法。使用N-丁基膦在受控孔玻璃固体支持物上正交脱保护使用修饰的核苷酸构件引入的2'-硫醇。寡赖氨酸肽和短的单分散乙二醇链成功地与脱保护的硫醇偶联。使用甲醇氨，从树脂上裂解并完全除去寡核苷酸保护基。标准脱盐后，无需进一步纯化，即可获得均质的共轭物，如HPLC，凝胶电泳和质谱法所示。两亲和阳离子配体的结合证明了缀合过程的多功能性。
• Synthesis of 2′-O-modified adenosine building blocks and application for RNA interference
  作者：Dalibor Odadzic、Jesper B. Bramsen、Romualdas Smicius、Claus Bus、Jørgen Kjems、Joachim W. Engels

  DOI：10.1016/j.bmc.2007.09.019

  日期：2008.1

  gene function and has been used for gene silencing by knocking down mRNA. Chemically modified RNAs, especially 2'-O-modification, successfully improved their physicochemical and pharmaceutical properties such as stability, nuclease resistance and delivery. Here, we report the synthesis of adenosine building blocks with different 2'-tethered modifications like aminoethyl and guanidinoethyl and show that

  RNA干扰已被认为是控制基因功能的强大工具，并已通过敲低mRNA用于基因沉默。化学修饰的RNA，尤其是2'-O-修饰，成功地改善了其理化和药学特性，例如稳定性，核酸酶抗性和递送。在这里，我们报告合成具有不同2'链修饰的氨基乙基和胍基乙基的腺苷结构单元，并表明它们与RNAi功能兼容。它们延长了血清中siRNA的半衰期，表明这些修饰可以增强siRNA在体内的药代动力学特性并降低其活性。
• Synthesis of Adenine Dinucleosides 2′,5′-Bridged by Sulfur-Containing Linkers as Bisubstrate SAM Analogues for Viral RNA 2′-<i>O</i> -Methyltransferases
  作者：Rostom Ahmed-Belkacem、Priscila Sutto-Ortiz、Etienne Decroly、Jean-Jacques Vasseur、Françoise Debart

  DOI：10.1002/ejoc.201901120

  日期：2019.10.17

  analogues mimicking the transition state of the 2'-O-methylation of the RNA in order to block viral 2'-O-methyltransferases and struggle against emerging viruses. Here we designed and synthesized five dinucleosides by connecting a 5'-thioadenosine representing the SAM to the 2'-OH of another adenosine unit mimicking the RNA substrate, via various sized sulfur-containing linkers such as alkylthioether

  病毒 RNA 2'-O-甲基转移酶在病毒感染期间通过催化核苷 N1 2'-OH 处 5'-末端 RNA 帽结构的甲基化或诱导使用 S-腺苷-L-甲硫氨酸 (SAM) 作为甲基供体，RNA 序列内腺苷的内部 2'-O-甲基化。我们的目标是合成模拟 RNA 2'-O-甲基化过渡状态的双底物 SAM 类似物，以阻断病毒 2'-O-甲基转移酶并对抗新兴病毒。在这里，我们通过将代表 SAM 的 5'-硫代腺苷连接到模拟 RNA 底物的另一个腺苷单元的 2'-OH，通过各种尺寸的含硫接头（例如烷基硫醚接头）设计并合成了五种双核苷，