geranylgeranyl pyrophosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 异戊烯醇脂质
• 英文名称: geranylgeranyl pyrophosphate
• 英文别名: GGPP；[Oxido(3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy)phosphoryl] phosphate
• 化学式: C₂₀H₃₃O₇P₂
• 分子量: 447.425
• InChiKey: OINNEUNVOZHBOX-UHFFFAOYSA-K

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  geranylgeranyl pyrophosphate 生成 Tuberculosinyl diphosphate(3-)
  参考文献：
  名称：

  Mycobacterium tuberculosis H37Rv3377c encodes the diterpene cyclase for producing the halimane skeleton

  摘要：

  通过克隆结核分枝杆菌 Rv3377c 并在大肠杆菌中进行功能表达，发现该基因编码产生 (+)-5(6),13-halimadiene-15-ol 的二萜环化酶，该环化酶接受香叶基二磷酸作为固有底物。

  DOI：

  10.1039/b415346d
• 作为产物：
  描述：

  NADP⁺ 、 phytyl diphosphate 生成 geranylgeranyl pyrophosphate 、 氢(+1)阳离子 、 NADPH(4-)
  参考文献：
  名称：

  Reduced Activity of Geranylgeranyl Reductase Leads to Loss of Chlorophyll and Tocopherol and to Partially Geranylgeranylated Chlorophyll in Transgenic Tobacco Plants Expressing Antisense RNA for Geranylgeranyl Reductase1

  摘要：

  酶类物质geranylgeranyl reductase (CHL P)催化将geranylgeranyl diphosphate还原为phytyl diphosphate。我们发现了一种烟草（Nicotiana tabacum）cDNA序列，编码了一个52 kD的前体蛋白，与拟南芥和细菌的CHL P同源。研究了表达反义CHL P RNA的转基因植物中，缺乏CHL P活性对叶绿素（Chl）和生育酚含量的影响。逐渐降低Chl P表达的转基因体表现出生长速度延迟和苍白或杂色表型。在高（500 μmol m−2 s−1; HL）和低（70 μmol photon m−2 s−1; LL）光照条件下生长的转基因体，在叶片发育期间显示出相似程度的生育酚含量降低，尽管野生型植物在HL条件下的生长导致生育酚含量增加了2倍。总的Chl含量在HL条件下比LL条件下更快速地降低。在LL条件下，高达58％的Chl含量与geranylgeraniol而不是phytol酯化。我们的结果表明，CHL P为生育酚和Chl合成提供phytol。这些转基因体是研究改变生育酚水平的植物对有害环境条件适应的有价值的模型。

  DOI：

  10.1104/pp.120.3.695

文献信息

• Psoromic Acid is a Selective and Covalent Rab-Prenylation Inhibitor Targeting Autoinhibited RabGGTase
  作者：Céline Deraeve、Zhong Guo、Robin S. Bon、Wulf Blankenfeldt、Raffaella DiLucrezia、Alexander Wolf、Sascha Menninger、E. Anouk Stigter、Stefan Wetzel、Axel Choidas、Kirill Alexandrov、Herbert Waldmann、Roger S. Goody、Yao-Wen Wu

  DOI：10.1021/ja211305j

  日期：2012.5.2

  vesicular transport, is essential for their function. Rab geranylgeranyl transferase (RabGGTase) is responsible for prenylation of Rab proteins. Recently, RabGGTase inhibitors have been proposed to be potential therapeutics for treatment of cancer and osteoporosis. However, the development of RabGGTase selective inhibitors is complicated by its structural and functional similarity to other protein prenyltransferases

  香叶基香叶基异戊二烯与 Rab GTP 酶（细胞内囊泡运输的关键组织者）的翻译后附着对其功能至关重要。Rab 香叶基香叶基转移酶 (RabGGTase) 负责 Rab 蛋白的异戊二烯化。最近，人们提出 RabGGTase 抑制剂是治疗癌症和骨质疏松症的潜在疗法。然而，RabGGTase 选择性抑制剂的开发因其与其他蛋白质异戊二烯基转移酶的结构和功能相似性而变得复杂。在此，我们报告鉴定了天然产物银屑病酸 (PA)，其有效且选择性地抑制 RabGGTase，IC(50) 为 1.3 μM。构效关系分析表明了一个最小结构，涉及地苯丙酮核心与 3-羟基和 4-醛基序，用于与 RabGGTase 结合。RabGGTase:PA 复合物的晶体结构分析表明，PA 与 RabGGTase 的类异戊二烯结合位点形成大量疏水相互作用，并且它共价连接到 α 亚基的 N 末端。我们发现，与其他蛋白质异戊二烯转移酶相比，RabGGTase
• Development of Selective, Potent RabGGTase Inhibitors
  作者：E. Anouk Stigter、Zhong Guo、Robin S. Bon、Yao-Wen Wu、Axel Choidas、Alexander Wolf、Sascha Menninger、Herbert Waldmann、Wulf Blankenfeldt、Roger S. Goody

  DOI：10.1021/jm300624s

  日期：2012.10.11

  mutated in cancer. Therefore, inhibitors have been developed to address the acitivity of these GTPases by inhibiting their prenylating enzymes FTase, GGTase I, and RabGGTase. In contrast to FTase and GGTase I, only a handful of RabGGTase inhibitors have been developed. The most active RabGGTase inhibitor known until recently was an FTase inhibitor which hit RabGGTase as an off-target. We recently reported

  小GTP酶的Ras超家族成员经常在癌症中发生突变。因此，已经开发了抑制剂以通过抑制它们的异戊二烯化酶FTase，GGTase I和RabGGTase来解决这些GTPases的活性。与FTase和GGTase I相比，仅开发了少数RabGGTase抑制剂。直到最近才知道，活性最高的RabGGTase抑制剂是FTase抑制剂，它使RabGGTase脱靶。最近，我们报道了我们为调节这些抑制剂对RabGGTase的选择性所做的努力。在这里，我们描述了一组扩展的选择性抑制剂。选择性RabGGTase抑制剂的要求在多种晶体结构的指导下进行了详细描述。为了关联体外和细胞活性，一种高通量检测系统可检测[ 3使用Rab的H]香叶基香叶基基团。选择性的RabGGTase抑制作用可以建立旨在开发抗癌疗法的新型药物发现程序。
• Genome-Based Discovery of an Unprecedented Cyclization Mode in Fungal Sesterterpenoid Biosynthesis
  作者：Masahiro Okada、Yudai Matsuda、Takaaki Mitsuhashi、Shotaro Hoshino、Takahiro Mori、Kazuya Nakagawa、Zhiyang Quan、Bin Qin、Huiping Zhang、Fumiaki Hayashi、Hiroshi Kawaide、Ikuro Abe

  DOI：10.1021/jacs.6b05799

  日期：2016.8.10

  sesterterpenoid scaffolds have been overlooked. Meanwhile, the recent identification of the first sesterterpene synthase has allowed the discovery of new sesterterpenoids by the genome mining approach. In this study, we characterized the unusual fungal sesterterpene synthase EvQS and successfully obtained the sesterterpene quiannulatene (1) with a novel and unique highly congested carbon skeleton, which is further

  Sesterterpenoids 是一组萜类天然产物，主要通过 C25 线性底物香叶基法呢基焦磷酸 (GFPP) 的环化进行生物合成。尽管理论上 GFPP 的长碳链允许许多不同的环化模式，但二萜类化合物是萜类化合物中相对稀有的物种，这表明许多有趣的二萜类支架被忽视了。同时，最近对第一个二萜合酶的鉴定使得通过基因组挖掘方法发现了新的二萜类化合物。在这项研究中，我们表征了不寻常的真菌二萜合酶 EvQS，并成功获得了具有新颖独特的高度拥挤的碳骨架的二萜烯 (1)，它被细胞色素 P450 Qnn-P450 进一步氧化为喹烯酸 (2)。
• Structure-Guided Development of Selective RabGGTase Inhibitors
  作者：Robin S. Bon、Zhong Guo、E. Anouk Stigter、Stefan Wetzel、Sascha Menninger、Alexander Wolf、Axel Choidas、Kirill Alexandrov、Wulf Blankenfeldt、Roger S. Goody、Herbert Waldmann

  DOI：10.1002/anie.201101210

  日期：2011.5.16

  Designing for selectivity: A combination of protein crystal‐structure analysis, virtual screening, and synthetic chemistry has been used to develop noncytotoxic inhibitors of RabGGTase (IC50: 42 nM for the example shown; red O, blue N, yellow S) that are selective over FTase and GGTase I. Furthermore, the inhibitors display cellular activity and inhibit cancer cell proliferation.

  设计为选择性：蛋白质晶体结构分析，虚拟筛选和合成化学的组合已被用于开发RabGGTase的非细胞毒性抑制剂（IC 50：42 N中号为所示的示例;红O，蓝N，黄S），该对FTase和GGTase I具有选择性。此外，该抑制剂具有细胞活性并抑制癌细胞的增殖。
• Cloning and Heterologous Expression of the Cyclooctatin Biosynthetic Gene Cluster Afford a Diterpene Cyclase and Two P450 Hydroxylases
  作者：Seung-Young Kim、Ping Zhao、Masayuki Igarashi、Ryuichi Sawa、Takeo Tomita、Makoto Nishiyama、Tomohisa Kuzuyama

  DOI：10.1016/j.chembiol.2009.06.007

  日期：2009.7

  diphosphate (GGDP) synthase, terpene cyclase (CotB2), and two cytochromes P450, respectively. Incubation of the recombinant CotB2 with GGDP resulted in the formation of cyclooctat-9-en-7-ol, an unprecedented tricyclic diterpene alcohol. The present study establishes the complete biosynthetic pathway of cyclooctatin and provides insights into both the stereospecific diterpene cyclization mechanism of the GGDP

  环辛抑素是一种以5-8-5稠环系统为特征的二萜，是一种有效的溶血磷脂酶抑制剂。在这里，我们报道了来自黑色链霉菌MI614-43F2的完整环辛抑素生物合成基因簇的克隆和表征，以及环孢抑素inS的异源生产。阿不思。序列分析加上亚克隆和基因删除揭示了最小的环辛抑素生物合成基因簇由四个基因cotB1tocotB4组成，分别编码香叶基香叶基二磷酸（GGDP）合酶，萜烯环化酶（CotB2）和两个细胞色素P450。重组CotB2与GGDP的孵育导致形成了史无前例的三环二萜醇cyclooctat-9-en-7-ol。