Variation of the intercalating proline in artificial peptides mimicking the DNA binding and bending IHF protein
作者:S. Scholz、E. K. Liebler、B. Eickmann、H.-J. Fritz、U. Diederichsen
DOI:10.1007/s00726-011-1073-1
日期:2012.7
4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxylic acid), aromaticity (phenylalanine), conformation of the five-membered ring [(4R)-fluoroproline, (4S)-fluoroproline, 3,4-dehydroproline], and the peptide backbone conformation (α-methylproline) on binding dsDNA and bending the double strand. Binding and bending studies were carried out by fluorescence resonance energy transfer experiments and gel electrophoresis using
整合宿主因子 (IHF) 是一种蛋白质,其序列特异性诱导双链 DNA 弯曲超过 160°。基于 IHF 作为先导结构,引入了一种肽模拟物,类似于通过赖氨酸树枝状聚合物带正电的蛋白质体和由环肽构成的小沟识别环。位于识别环尖端附近的脯氨酸插入碱基对平面之间。为了评估侧链残基对大小(1,2,3,4-四氢异喹啉-3-羧酸)、芳香性(苯丙氨酸)、五元环构象 [(4R )-氟脯氨酸、(4S)-氟脯氨酸、3,4-脱氢脯氨酸],以及结合 dsDNA 和弯曲双链的肽主链构象(α-甲基脯氨酸)。结合和弯曲研究通过荧光共振能量转移实验和凝胶电泳使用通过 PCR 制备的 DNA 序列进行,IHF 结合位点位于中心或末端位置。虽然芳香族残基和 α-甲基脯氨酸不能作为脯氨酸替代品,但 (4S)-氟脯氨酸和 3,4-脱氢脯氨酸的结合提供了增强的结合。