MeOEt(-2)[TBDMS(-3)]6-deoxy-L-Talf(a)-thymin-1-yl | 1221967-40-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: MeOEt(-2)[TBDMS(-3)]6-deoxy-L-Talf(a)-thymin-1-yl
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(1S)-1-hydroxyethyl]-3-(2-methoxyethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1221967-40-3
• 化学式: C₂₀H₃₆N₂O₇Si
• 分子量: 444.601
• InChiKey: SYRVONSKIXUBEU-CWIFOLKKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.55
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.8
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  MeOEt(-2)[TBDMS(-3)]6-deoxy-L-Talf(a)-thymin-1-yl 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 2,6-二甲基吡啶 作用下， 以89%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity

  摘要：

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv162
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-benzoyl-2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-(R)-methyl-5-methyluridine 在 咪唑 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 氨 、 三苯基膦 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 MeOEt(-2)[TBDMS(-3)]6-deoxy-L-Talf(a)-thymin-1-yl
  参考文献：
  名称：

  MODIFIED 5' DIPHOSPHATE NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM

  摘要：

  本文提供了改良的5'二磷酸核苷和由此制备的寡聚物化合物。更具体地，提供了可以在2'和5'位置进一步改良的改良的5'二磷酸核苷。在某些实施例中，本文提供的寡聚物化合物预计会与目标RNA的一部分杂交，导致目标RNA失去正常功能。这些寡聚物化合物也预计在诊断应用中作为引物和探针有用。

  公开号：

  US20130109850A1

文献信息

• Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity
  作者：Thazha P. Prakash、Walt F. Lima、Heather M. Murray、Wenyu Li、Garth A. Kinberger、Alfred E. Chappell、Hans Gaus、Punit P. Seth、Balkrishen Bhat、Stanley T. Crooke、Eric E. Swayze

  DOI：10.1093/nar/gkv162

  日期：2015.3.31

  The ss-siRNA activity in vivo requires a metabolically stable 5′-phosphate analog. In this report we used crystal structure of the 5′-phosphate binding pocket of Ago-2 bound with guide strand to design and synthesize ss-siRNAs containing various 5′-phosphate analogs. Our results indicate that the electronic and spatial orientation of the 5′-phosphate analog was critical for ss-siRNA activity. Chemically modified ss-siRNA targeting human apoC III mRNA demonstrated good potency for inhibiting ApoC III mRNA and protein in transgenic mice. Moreover, ApoC III ss-siRNAs were able to reduce the triglyceride and LDL cholesterol in transgenic mice demonstrating pharmacological effect of ss-siRNA. Our study provides guidance to develop surrogate phosphate analog for ss-siRNA and demonstrates that ss-siRNA provides an alternative strategy for therapeutic gene silencing.

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。
• MODIFIED 5' DIPHOSPHATE NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM
  申请人：Prakash Thazha P.

  公开号：US20130109850A1

  公开（公告）日：2013-05-02

  Provided herein are modified 5′ diphosphate nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom. More particularly, modified 5′ diphosphate nucleosides are provided that can be further modified at the 2′ and 5′ positions. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein are expected to hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA. The oligomeric compounds are also expected to be useful as primers and probes in diagnostic applications.

  本文提供了改良的5'二磷酸核苷和由此制备的寡聚物化合物。更具体地，提供了可以在2'和5'位置进一步改良的改良的5'二磷酸核苷。在某些实施例中，本文提供的寡聚物化合物预计会与目标RNA的一部分杂交，导致目标RNA失去正常功能。这些寡聚物化合物也预计在诊断应用中作为引物和探针有用。