(1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
• 英文别名: 1-{(1R,5R,7R,8S)-8-(benzyloxy)-5-[(benzyloxy)methyl]-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]oct-7-yl}-5-methylpyrimidine-2,4-(1H,3H)-dione；5-methyl-1-[(1R,5R,7R,8S)-8-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octan-7-yl]pyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₂₆H₂₉N₃O₅
• 分子量: 463.533
• InChiKey: NNGYUGBFESOHOE-MWXBQQNOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  89.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane 在 palladium hydroxide - carbon ammonium formate 、 三氯化硼 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 以60%的产率得到(1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977
• 作为产物：
  描述：

  1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 (1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977

文献信息

• CROSSLINKED ARTIFICIAL NUCLEIC ACID ALNA
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US20220002336A1

  公开（公告）日：2022-01-06

  The present invention provides a novel bridged artificial nucleic acid and an oligomer containing the same as a monomer. The present invention provides specifically a compound represented by general formula (I) (wherein each symbol is the same as defined in the specification) or salts thereof; as well as an oligonucleotide compound represented by general formula (I′) (wherein each symbol is the same as defined in the specification) or salts thereof.

  本发明提供了一种新型的桥接人工核酸和含有该人工核酸作为单体的寡聚物。本发明具体提供了一种由通式（I）表示的化合物（其中每个符号与规范中定义的相同）或其盐；以及由通式（I'）表示的寡核苷酸化合物（其中每个符号与规范中定义的相同）或其盐。
• CROSSLINKED NUCLEIC ACID GUNA, METHOD FOR PRODUCING SAME, AND INTERMEDIATE COMPOUND
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US20180251488A1

  公开（公告）日：2018-09-06

  The present invention provides a method for producing guanidine crosslinked artificial nucleic acid (abbreviated hereinafter as GuNA), and an intermediate compound for the production thereof. Specifically, the present invention provides a method for producing a compound represented by general formula I: (in the formula, R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , m and ring A are as defined in the specification) or a salt thereof wherein a reducing agent is reacted with a compound represented by general formula II: (in the formula, R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , m, and ring A′ are as defined in the specification).

  本发明提供了一种生产胍交联人工核酸（以下简称为GuNA）的方法，以及用于其生产的中间化合物。具体而言，本发明提供了一种生产由通式I表示的化合物的方法：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A如规范中定义）或其盐，其中还包括将还原剂与通式II表示的化合物发生反应的步骤：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A'如规范中定义）。
• Modulation of Pyrene Fluorescence in DNA Probes Depends upon the Nature of the Conformationally Restricted Nucleotide
  作者：Dmytro Honcharenko、Chuanzheng Zhou、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo702747w

  日期：2008.4.1

  into the ODN. The fluorescence properties, thermal denaturation experiments, absorption, and circular dichroism (CD) studies with the X- and Y-modified ODNs in the form of matched homo- and heteroduplexes consistently suggested (i) that the orientation of the pyrene moiety is outside the helix of the nucleic acid duplexes containing a dT−d/rA base pair at the 3‘-end of the modification site for both X

  含有2'- DNA探针核苷酸（ODN）Ñ（芘-1-基） -基团的构象锁定的核苷[2' - - ñ - （芘-1-基）羰基-氮杂环丁烷胸苷，阿泽吡（X），和2'- N-（吡喃-1-基）羰基-氮杂-ENA胸苷，氮杂-ENA-pyr（Y）]，表明它们与互补RNA的结合比与DNA的结合更牢固。的阿泽吡（X含有核苷酸与互补的DNA和RNA双链体）表现出的荧光强度的增加（在λ测定EM取决于最近邻在3'-端≈376纳米）X [DA〜12（ -20倍）> dG（〜9-20倍）> dT（〜2.5-20倍）> dC（〜6-13倍）]。它们具有很高的荧光量子产率（Φ与单链ODN相比，F = 0.13-0.89）。氮杂ENA-PYR（Ý）改性寡核苷酸，在另一方面，显示了荧光强度的增强只与互补的DNA（1.4-3.9倍，Φ ˚F = 0.16-0.47）; 一个在荧光非常小的增加也与互补RNA观察到的（1.1-1.7倍，Φ
• Bridged nucleic acid GuNA, method for producing same, and intermediate compound
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US10961269B2

  公开（公告）日：2021-03-30

  A method for preparing a compound represented by general formula I: or a salt thereof includes a step of reacting a compound represented by formula II: with a reducing agent to cleave an oxazolidine ring fused to a cycle A′. The reducing agent includes at least one of phosphines, metal hydrides, or transition metal catalysts in the presence of hydrogen gas.

  一种制备通式 I 所代表化合物的方法： 或其盐的方法，包括使通式 II 所代表的化合物与通式 III 所代表的化合物反应的步骤： 用还原剂裂解与循环 A′融合的恶唑烷环。还原剂包括在氢气存在下的膦类、金属氢化物或过渡金属催化剂中的至少一种。
• WO2007/145593
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——