N²-isobutyryl-5'-azido-2',5'-dideoxyguanosine | 125443-97-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-5'-azido-2',5'-dideoxyguanosine
• 英文别名: N-(9-((2R,4S,5R)-5-(azidomethyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)-2-methylpropanamide；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-(azidomethyl)-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 125443-97-2
• 化学式: C₁₄H₁₈N₈O₄
• 分子量: 362.348
• InChiKey: KIVDQZLCKIYHHO-DJLDLDEBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-isobutyryl-5'-azido-2',5'-dideoxyguanosine 在 palladium on activated charcoal ammonium hydroxide 、 氢气 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 20.0 ℃ 、5.0 MPa 条件下， 反应 246.0h， 生成 5'-amino-2',5'-dideoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  I型二苯甲酮介导的5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷的亲核反应。用于研究光敏性形成DNA-蛋白质交联的模型系统。

  摘要：

  为了研究氨基对通过I型光敏化机理产生的鸟嘌呤基团的分子内反应性，已经合成了5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷。在充气水溶液中苯甲酮介导的5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷的光敏作用导致形成主要的环状核苷以及不稳定的核苷前体。这两种修饰的核苷已通过反相高效液相色谱法进行了分离，并通过包括13C和1H NMR的光谱测量，快速原子轰击质谱和紫外吸收进行了表征。稳定的光产物已被鉴定为9-oxa-2,4-diazabicyclo [4.2.1] non-2-en-7-ol，3-amino-（1R-exo），而其前体已被指定为乙酸，[（7-羟基-9-oxa-2,4-二氮杂双环[4.2.1] non-2-en-3-yl）氨基] oxo-（1R-exo）。提出了涉及将糖氨基亲核加成到鸟嘌呤自由基中间体中的反应机理，以解释两种光产物的形成。

  DOI：

  10.1021/tx00047a020
• 作为产物：
  描述：

  N²-isobutyryl-5'-O-(p-tolylsulfonyl)-2',5'-dideoxyguanosine 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 以79%的产率得到N²-isobutyryl-5'-azido-2',5'-dideoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  I型二苯甲酮介导的5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷的亲核反应。用于研究光敏性形成DNA-蛋白质交联的模型系统。

  摘要：

  为了研究氨基对通过I型光敏化机理产生的鸟嘌呤基团的分子内反应性，已经合成了5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷。在充气水溶液中苯甲酮介导的5'-氨基-2'，5'-二脱氧鸟苷的光敏作用导致形成主要的环状核苷以及不稳定的核苷前体。这两种修饰的核苷已通过反相高效液相色谱法进行了分离，并通过包括13C和1H NMR的光谱测量，快速原子轰击质谱和紫外吸收进行了表征。稳定的光产物已被鉴定为9-oxa-2,4-diazabicyclo [4.2.1] non-2-en-7-ol，3-amino-（1R-exo），而其前体已被指定为乙酸，[（7-羟基-9-oxa-2,4-二氮杂双环[4.2.1] non-2-en-3-yl）氨基] oxo-（1R-exo）。提出了涉及将糖氨基亲核加成到鸟嘌呤自由基中间体中的反应机理，以解释两种光产物的形成。

  DOI：

  10.1021/tx00047a020

文献信息

• Design and Synthesis of<i>bis</i>-carbamate Analogs of Cyclic<i>bis</i>-(3′-5′)-Diguanylic Acid (c-di-GMP) and the Acyclic Dimer PGPG
  作者：Toni Kline、Stona R. Jackson、Wei Deng、Christophe L. M. J. Verlinde、Samuel I. Miller

  DOI：10.1080/15257770802554150

  日期：2008.11.13

  therapeutic state. We addressed potential drug target validation by synthesizing nonhydrolysable carbamate analogs of both the cyclic dinucleotide and the acyclic (seco) dinucleotide. A molecular docking simulation of the carbamate isostere suggests that this analog is capable of assuming the correct conformation and pose at a c-di-GMP binding site.

  细菌第二信使环双-（3'-5'）-双鸟苷酸（c-di-GMP）调节多种革兰氏阴性细菌毒力功能。控制c-di-GMP或受其控制的途径表明，c-di-GMP信号系统可能包含潜在的药物靶标。然而，目前尚不确定，c-di-GMP信号的上调还是下调将是理想的治疗状态。我们通过合成环状二核苷酸和无环（seco）二核苷酸的不可水解氨基甲酸酯类似物解决了潜在的药物靶标验证。氨基甲酸酯等排物的分子对接模拟表明，该类似物能够呈现正确的构象并位于c-di-GMP结合位点。