1-((2R,3R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-(naphthalen-2-ylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1091607-92-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-((2R,3R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-(naphthalen-2-ylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• CAS: 1091607-92-9
• 化学式: C₃₇H₄₀N₂O₇Si
• 分子量: 652.819
• InChiKey: AZIRZUIOZJBFRW-JWTFOQMRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.47
• 重原子数：
  47.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  123.01
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,3R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-(naphthalen-2-ylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 吡啶 、 四丁基氟化铵 、 水 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌 、 potassium thioacetate 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.75h， 生成 1-[(1R,3R,4R,7R)-7-hydroxy-1-(hydroxymethyl)-2-oxa-5-thiabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Substituted 2′-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom

  摘要：

  本文提供了一种新颖的双环核苷，包括包含这种双环核苷的寡聚化合物以及使用这些寡聚化合物的方法。更具体地说，这种新颖的双环核苷包括一个呋喃糖环系统，其中包括一个桥，该桥包括连接到2'-亚砜或砜基团的4'-亚甲基基团，并且可选地包括连接到4'-亚甲基和/或5'-位置的一个或多个取代基团。在某些实施方式中，本文提供的寡聚化合物预计会与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

  公开号：

  US09029335B2
• 作为产物：
  描述：

  ((2R,3S,4R,5R)-4-acetoxy-2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3-(naphthalen-2-ylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl)methyl acetate 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 18.0h， 以96%的产率得到1-((2R,3R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-(naphthalen-2-ylmethoxy)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Substituted 2′-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom

  摘要：

  本文提供了一种新颖的双环核苷，包括包含这种双环核苷的寡聚化合物以及使用这些寡聚化合物的方法。更具体地说，这种新颖的双环核苷包括一个呋喃糖环系统，其中包括一个桥，该桥包括连接到2'-亚砜或砜基团的4'-亚甲基基团，并且可选地包括连接到4'-亚甲基和/或5'-位置的一个或多个取代基团。在某些实施方式中，本文提供的寡聚化合物预计会与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

  公开号：

  US09029335B2

文献信息

• WO2008/150729
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• Antisense Oligonucleotides Containing Conformationally Constrained 2′,4′-(<i>N</i>-Methoxy)aminomethylene and 2′,4′-Aminooxymethylene and 2′-<i>O</i>,4′-<i>C</i>-Aminomethylene Bridged Nucleoside Analogues Show Improved Potency in Animal Models
  作者：Thazha P. Prakash、Andrew Siwkowski、Charles R. Allerson、Michael T. Migawa、Sam Lee、Hans J. Gaus、Chris Black、Punit P. Seth、Eric E. Swayze、Balkrishen Bhat

  DOI：10.1021/jm9013295

  日期：2010.2.25

  To identify chemistries and strategies to improve the potency of MOE second generation ASOs, we have evaluated gapmer antisense oligonucleotides containing BNAs having N-O bonds. These modifications include N-MeO-amino BNA, N-Me-aminooxy BNA, 2'4'-BNA(NC)[NMe], and 2',4'-BNA(NC) bridged nucleoside analogues. These modifications provided increased thermal stability and improved in vitro activity compared to the corresponding ASO containing the MOE modification. Additionally, ASOs containing N-MeO-amino BNA, N-Me-aminooxy BNA, and 2',4'-BNA(NC)[NMe] modifications showed improved in vivo activity (> 5-fold) compared to MOE ASO. Importantly, toxicity parameters, such as AST, ALT, liver, kidney, and body weights, were found to be normal for N-MeO-amino BNA, N-Me-aminooxy BNA, and 2'4'-BNA(NC)[NMe] ASO treated animals. The data generated in these experiments suggest that N-MeO-amino BNA, N-Me-aminooxy BNA, and 2'4'-BNA(NC)[NMe] are useful modifications for applications in both antisense and other oligonucleotide based drug discovery efforts.