(3R)-N-{[N-((1S)-1-{N-[(2S)-2-(naphthylmethyl)pent-4-enyl]carbamoyl}-2-carbamoylethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-(4-{[bis(tert-butoxy)phosphono]methyl}phenyl)pent-4-enamide | 350038-39-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (3R)-N-{[N-((1S)-1-{N-[(2S)-2-(naphthylmethyl)pent-4-enyl]carbamoyl}-2-carbamoylethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-(4-{[bis(tert-butoxy)phosphono]methyl}phenyl)pent-4-enamide
• 英文别名: (2S)-2-[[1-[[(3R)-3-[4-[bis[(2-methylpropan-2-yl)oxy]phosphorylmethyl]phenyl]pent-4-enoyl]amino]cyclohexanecarbonyl]amino]-N-[(2S)-2-(naphthalen-1-ylmethyl)pent-4-enyl]butanediamide
• CAS: 350038-39-0
• 化学式: C₄₇H₆₅N₄O₇P
• 分子量: 829.029
• InChiKey: JLEWHJBJKCHGNL-BVCQTOFBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.8
• 重原子数：
  59
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.49
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3R)-N-{[N-((1S)-1-{N-[(2S)-2-(naphthylmethyl)pent-4-enyl]carbamoyl}-2-carbamoylethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-(4-{[bis(tert-butoxy)phosphono]methyl}phenyl)pent-4-enamide 在 RuCl2(1,3-dimesityl-imidazolidin-2-yl)(PCy3)(=CHPh) 、 三乙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 生成 2-[(9S,13S,17R)-8,11,20-triaza-13-(naphthylmethyl)-7,10,19-trioxo-17-[4-(phosphonomethyl)phenyl]spiro[5.14]icos-15-en-9-yl]acetamide
  参考文献：
  名称：

  GRB2 SH2结构域单羧酸抑制剂的合成和结构表征

  摘要：

  设计并合成了一种单羧酸抑制剂来破坏 GRB2 和含磷酸酪氨酸的蛋白质之间的蛋白质相互作用 (PPI)。生化表征显示化合物7与 GRB2 的 Src 同源 2 (SH2) 结构域结合，并且比 EGFR 1068磷酸肽 14-mer 更有效。X 射线晶体学研究表明，化合物7占据了含有磷酸酪氨酸序列的 GRB2 结合位点，并揭示了 GRB2 抑制剂结合的关键结构特征。这种具有 –1 正式电荷的化合物为结构优化提供了新的方向，从而为异常 Ras-MAPK 信号级联的这一关键蛋白靶点生成细胞渗透性抑制剂。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2021.128354
• 作为产物：
  描述：

  ethyl 3-(naphth-1-yl)propanoate 在 lithium aluminium tetrahydride 、 氯化亚砜 、 双(叔丁氧羰基)胺 、 sodium hexamethyldisilazane 、 sodium hydride 、 1-羟基苯并三唑 、 caesium carbonate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 Methanaminium,N-[(dimethylamino)(3H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-3-yloxy)methylene]-N-methyl-, hexafluorophosphate(1-) 、 三氟乙酸 、 sodium hydroxide 、 N,N'-二异丙基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 107.5h， 生成 (3R)-N-{[N-((1S)-1-{N-[(2S)-2-(naphthylmethyl)pent-4-enyl]carbamoyl}-2-carbamoylethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-(4-{[bis(tert-butoxy)phosphono]methyl}phenyl)pent-4-enamide
  参考文献：
  名称：

  GRB2 SH2结构域单羧酸抑制剂的合成和结构表征

  摘要：

  设计并合成了一种单羧酸抑制剂来破坏 GRB2 和含磷酸酪氨酸的蛋白质之间的蛋白质相互作用 (PPI)。生化表征显示化合物7与 GRB2 的 Src 同源 2 (SH2) 结构域结合，并且比 EGFR 1068磷酸肽 14-mer 更有效。X 射线晶体学研究表明，化合物7占据了含有磷酸酪氨酸序列的 GRB2 结合位点，并揭示了 GRB2 抑制剂结合的关键结构特征。这种具有 –1 正式电荷的化合物为结构优化提供了新的方向，从而为异常 Ras-MAPK 信号级联的这一关键蛋白靶点生成细胞渗透性抑制剂。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2021.128354

文献信息

• Olefin Metathesis in the Design and Synthesis of a Globally Constrained Grb2 SH2 Domain Inhibitor
  作者：Yang Gao、Chang-Qing Wei、Terrence R. Burke

  DOI：10.1021/ol0157609

  日期：2001.5.1

  sites of ring closure, may be circumvented by incorporation of side chain functionality within the ring-closing olefin segments. This approach is demonstrated in the preparation of a macrocyclic Grb2 SH2 domain antagonist designed as a conformationally constrained beta-bend mimic.

  经常与烯烃复分解介导的肽大环化有关的一个缺点，即在闭环位点的侧链官能度的丧失，可以通过在闭环烯烃链段内掺入侧链官能度来避免。这种方法在大环Grb2 SH2域拮抗剂的制备中得到了证明，该拮抗剂设计为构象约束的β弯曲模拟物。
• Macrocyclization in the Design of Grb2 SH2 Domain-Binding Ligands Exhibiting High Potency in Whole-Cell Systems
  作者：Chang-Qing Wei、Yang Gao、Kyeong Lee、Ribo Guo、Bihua Li、Manchao Zhang、Dajun Yang、Terrence R. Burke

  DOI：10.1021/jm0203635

  日期：2003.1.1

  While most SH2 domains bind phosphotyrosyl (pTyr) containing peptides in extended fashion, the growth factor receptor-bound protein 2 (Grb2) SH2 domain preferentially binds ligands in bend conformations. Accordingly, incorporation of bend-inducing functionality into synthetic ligands could potentially enhance their affinity for this SH2 domain. A macrocyclic tripeptide mimetic that contains a simplified pTyr surrogate lacking an alpha-nitrogen has recently been shown to exhibit high Grb2 SH2 domain-binding affinity in extracellular ELISA-based assays. However, the same compound is largely ineffective in whole-cell assays. It is known that acidic functionality originating from the alpha-nitrogen of pTyr residues or from the alpha-position of P-0 pTyr mimetics not only increases binding affinity of peptides to Grb2 SH2 domains in extracellular assays but also enhances potency in cell-based systems. Such functionality is absent from the previously reported macrocycle. Therefore, the current study was undertaken to examine the effects of introducing carboxylic functionality at the pTyr mimetic alpha-position of macrocyclic ligands. It was found that such a modification not only enhanced Grb2 SH2 domain binding in extracellular assays but also conferred high efficacy in whole-cell systems. The most potent compound of the current study exhibited an IC50 value of 0.002 muM in an extracellular ELISA-based assay, and in MDA-MB-453 cells, it both inhibited the association of Grb2 with p185(erbB-2) and exhibited antimitogenic effects with submicromolar IC50 values.
• Synthesis and structural characterization of a monocarboxylic inhibitor for GRB2 SH2 domain
  作者：Tao Xiao、Luxin Sun、Min Zhang、Zilu Li、Eric B. Haura、Ernst Schonbrunn、Haitao Ji

  DOI：10.1016/j.bmcl.2021.128354

  日期：2021.11

  A monocarboxylic inhibitor was designed and synthesized to disrupt the protein–protein interaction (PPI) between GRB2 and phosphotyrosine-containing proteins. Biochemical characterizations show compound 7 binds with the Src homology 2 (SH2) domain of GRB2 and is more potent than EGFR1068 phosphopeptide 14-mer. X-ray crystallographic studies demonstrate compound 7 occupies the GRB2 binding site for

  设计并合成了一种单羧酸抑制剂来破坏 GRB2 和含磷酸酪氨酸的蛋白质之间的蛋白质相互作用 (PPI)。生化表征显示化合物7与 GRB2 的 Src 同源 2 (SH2) 结构域结合，并且比 EGFR 1068磷酸肽 14-mer 更有效。X 射线晶体学研究表明，化合物7占据了含有磷酸酪氨酸序列的 GRB2 结合位点，并揭示了 GRB2 抑制剂结合的关键结构特征。这种具有 –1 正式电荷的化合物为结构优化提供了新的方向，从而为异常 Ras-MAPK 信号级联的这一关键蛋白靶点生成细胞渗透性抑制剂。