铅优化是药物发现中的关键步骤之一,目前,它主要是根据药物
化学家的经验进行的,而药物
化学家通常效率低下。计算机方法被认为在提高引线优化效率方面很有用。在这里,我们描述了一种新的计算机技术基于结构的线索优化的自动工具,称为LEA
DOPT。LEA
DOPT中的结构修饰主要包括两个操作:片段生长和片段替换,它们仅限于在目标蛋白的活性口袋中进行,而
配体的核心支架结构保持不变。新产生的分子的
生物活性是通过
配体效率而不是常用的评分功能估算的。使用SCA
DMET(一种预测药代动力学和毒性的程序)对十二种重要的药代动力学和毒性进行了评估。LEA
DOPT首先使用两个回顾性案例进行了评估,在这些案例中,其表现非常出色。然后将LEA
DOPT应用于V
EGFR2
抑制剂索拉非尼和SYK
抑制剂R406的结构优化。尽管仅合成了几种化合物,但在酶和功能测定中,我们获得了一些比
索拉非尼和R406更有效的化合物。所有这些都至少在某种程度上证实了LEA
DOPT的有效性。