3-O-benzyl-5-O-tert-butyldiphenylsilyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose | 212970-72-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3-O-benzyl-5-O-tert-butyldiphenylsilyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose
• 英文别名: {3-[(2,2-dimethyl-1,1-diphenyl-1-silapropoxy)methyl]-(1S,3R,4S,5R)-7,7-dimethyl-2,6,8-trioxa-4-(phenylmethoxy)bicyclo[3.3.0]oct-3-yl}methan-1-ol；[(3aR,5R,6S,6aR)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-6,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]methanol
• CAS: 212970-72-4
• 化学式: C₃₂H₄₀O₆Si
• 分子量: 548.751
• InChiKey: NKMZGNORHCDUJO-AAVCQDEJSA-N

物化性质

• 熔点：
  98-99 °C(Solvent: Hexane)
• 沸点：
  591.2±50.0 °C(predicted)
• 密度：
  1.18±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.39
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  66.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-O-benzyl-5-O-tert-butyldiphenylsilyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose 在 lithium hydroxide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 对甲苯磺酸 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 1,2-二氯乙烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 4-N-benzoyl-3'-O-benzyl-5'-O-tert-butyldiphenylsilyl-2'-O,4'-C-(methylenoxymethylene)cytidine
  参考文献：
  名称：

  2'-O，4'-C-亚甲氧基亚甲基桥接的核酸的合成和性质。

  摘要：

  合成了新型桥连核酸（BNA）类似物2'-O，4'-C-亚甲氧基亚甲基桥连核酸（2'，4'-BNA（COC）），并将其掺入寡核苷酸中。2'，4'-BNA（COC）修饰的寡核苷酸显示出与RNA补体的高结合亲和力和对蛇毒磷酸二酯酶的显着酶稳定性。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2005.09.020
• 作为产物：
  描述：

  3-O-benzyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-allofuranose 在 sodium hydroxide 、 sodium periodate 、 正丁基锂 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 正己烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 3-O-benzyl-5-O-tert-butyldiphenylsilyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose
  参考文献：
  名称：

  Conformationally constrained analogues of diacylglycerol (DAG). Part 19: Asymmetric syntheses of (3R)- and (3S)-3-hydroxy-4,4-disubstituted heptono-1,4-lactones as protein kinase C (PK-C) ligands with increased hydrophilicity

  摘要：

  The stereospecific introduction of (R)- and (S)-OH groups at position C-3 of two diacylglycerol gamma-lactones (DAG-lactones) previously identified as strong protein kinase C (PK-C) ligands is presented. The compounds were designed to investigate whether the extra OH group in a specific orientation could establish an additional hydrogen bond with the C1 domain of PK-C, thus providing a DAG analogue with reduced lipophilicity. The OH groups were introduced following two different diastereoselective multistep syntheses starting from diacetone-D-glucose. The PK-C binding affinities for the new compounds were weaker in comparison to those of the parent compounds, suggesting that the extra OH does not engage efficiently in hydrogen bonding at the receptor. (C) 2002 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(02)00477-5

文献信息

• Synthesis of 4′-C-alkylated-5-iodo-2′-deoxypyrimidine nucleosides
  作者：Tobias Strittmatter、Joos Aschenbrenner、Norman Hardt、Andreas Marx

  DOI：10.3998/ark.5550190.0014.206

  日期：——

  Starting from available ribose-building blocks, the 4 '-C-methyl-, 4 '-C-ethyl- and the new 4 '-C- propyl-substituted deoxyuridines were synthesized. Afterwards we converted 4 '-C-alkylated-2'- deoxyuridines into the corresponding 4 '-C-alkylated-5-iodo-2'-deoxyuridines 3a-c and those in turn into the 4 '-C-alkylated-5-iodo-2'-deoxycytidines 4a-c.

  从可用的核糖结构单元开始，合成了 4'-C-甲基-、4'-C-乙基-和新的 4'-C-丙基-取代的脱氧尿苷。之后，我们将 4'-C-烷基化-2'-脱氧尿苷转化为相应的 4'-C-烷基化-5-碘-2'-脱氧尿苷 3a-c，然后将它们转化为 4'-C-烷基化-5-碘-2'-脱氧胞苷 4a-c。
• Tuning Single Nucleotide Discrimination in Polymerase Chain Reactions (PCRs): Synthesis of Primer Probes Bearing Polar 4?-C-Modifications and Their Application in Allele-Specific PCR
  作者：Jens Gaster、Andreas Marx

  DOI：10.1002/chem.200401114

  日期：2005.3.4

  can be significantly increased through the employment of chemically modified primer probes. Here we report further significant advances in this area. We describe the synthesis of various primer probes that bear polar 4'-C-modified nucleotide residues at their 3' termini, and their evaluation in real-time asPCR. We found that primer probes bearing a 4'-C-methoxymethylene modification have superior properties

  有许多可用于检测遗传物质中核苷酸变异的方法。通过聚合酶链反应（PCR）扩增靶基因组序列后，大多数方法将应用。当前正在进行许多努力来开发可以通过或不需要PCR来检测基因中单核苷酸变异的技术。等位基因特异性PCR（asPCR）可以根据是否存在PCR扩增的DNA产物来报告核苷酸变异，它有可能在单个步骤中结合靶标扩增和分析。asPCR的原理基于通过使用等位基因特异性引物探针形成匹配或错配的引物-靶标复合物。通过DNA聚合酶从匹配的3'引物末端进行PCR扩增，而错配应避免扩增。考虑到实时PCR的最新进展，原则上该技术应允许在线检测单核苷酸变异。但是，该方法由于选择性低而受阻，这需要繁琐且昂贵的操作。最近，我们报道了通过使用化学修饰的引物探针，可以显着提高asPCR的选择性。在这里，我们报告了该领域的进一步重大进展。我们描述了在其3'末端带有极性4'-C-修饰的核苷酸残基的各种引物探针的合成，以及作为
• Synthesis and properties of 2′-O,4′-C-Ethylene-Bridged nucleic acids (ENA) as effective antisense oligonucleotides
  作者：Koji Morita、Miho Takagi、Chikako Hasegawa、Masakatsu Kaneko、Shinya Tsutsumi、Junko Sone、Tomio Ishikawa、Takeshi Imanishi、Makoto Koizumi

  DOI：10.1016/s0968-0896(03)00115-9

  日期：2003.5

  bridged nucleic acids (2',4'-BNA) or locked nucleic acids (LNA). Both the 2'-O,4'-C-ethylene- and propylene-linkage within these nucleosides restrict the sugar puckering to the N-conformation of RNA as do 2',4'-BNA/LNA. Furthermore, ethylene-bridged nucleic acids (ENA) having 2'-O,4'-C-ethylene nucleosides had considerably increased the affinity to complementary RNA, and were as high as that of 2',4'-BNA/LNA

  合成了新型双环核苷，2'-O，4'-C-乙烯核苷和2'-O，4'-C-丙烯核苷，作为反义寡核苷酸的构建基块，以进一步优化2'-O，4'-桥连核酸（2'，4'-BNA）或锁定核酸（LNA）的C-亚甲基键。这些核苷中的2'-O，4'-C-乙烯-和丙烯键都将糖的褶皱限制为RNA的N-构象，就像2'，4'-BNA / LNA一样。此外，具有2'-O，4'-C-乙烯核苷的乙烯桥连核酸（ENA）大大提高了对互补RNA的亲和力，并且与2'，4'-BNA / LNA（DeltaT （m）＝ + 3，每次修改约5摄氏度。另一方面，添加2'-O，4' 寡核苷酸中的-C-丙烯修饰导致与互补RNA的亲和力降低。至于对核酸酶的稳定性，在寡核苷酸中掺入一个2'-O，4'-C-乙烯或一个2'-O，4'-C-丙烯核苷可显着提高其对核酸外切酶的抗性至大于2'的程度。 ，4'-BNA / LNA。这些结果表明ENA比2'，4'-BNA
• Synthesis and Application of 4′-C-Alkylated Uridines as Probes for Uracil-DNA Glycosylase
  作者：Andreas Marx、Gopinath Rangam、Nicolas Z. Rudinger、H. Martin Müller

  DOI：10.1055/s-2005-865328

  日期：——

  The development of new synthetic probes to study the mechanism of Uracil-DNA glycosylase is described. 4′-C-Alkylated 2′-deoxyuridines were synthesized and incorporated site-specifically into oligonucleotides. These compounds were subsequently employed in functional studies of the enzyme and proved to be functional competent.

  本文介绍了用于研究尿嘧啶-DNA 糖基化酶机制的新合成探针的开发情况。研究人员合成了 4′-C-烷基化的 2′-脱氧尿苷，并将其特异性地结合到寡核苷酸中。这些化合物随后被用于酶的功能研究，并被证明具有功能能力。
• Synthesis and conformation of 3′,4′-BNA monomers, 3′-O,4′-C-methyleneribonucleosides
  作者：Satoshi Obika、Ken-ichiro Morio、Daishu Nanbu、Yoshiyuki Hari、Hiromi Itoh、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1016/s0040-4020(02)00227-2

  日期：2002.4

  In order to develop novel 2′,5′-linked oligonucleotide analogues aimed for antivirus reagents and antisense/antigene oligonucleotides, novel nucleoside analogues, 3′-O,4′-C-methyleneribonucleosides (3′,4′-BNA monomers) were synthesized via two synthetic routes. The first route starting from uridine utilized a regioselective ring-closure reaction of the 4′-C-(p-toluenesulfonyl)oxymethyluridine derivative

  为了开发新颖的2'，旨在用于防病毒试剂和反义/反基因寡核苷酸，新的核苷类似物，3'- 5'-连接的寡核苷酸类似物ø，4'- Ç -methyleneribonucleosides（3'，4'-BNA单体）为通过两种合成途径合成。从尿苷开始的第一条路线利用了4'- C-（对甲苯磺酰基）氧基甲基尿苷衍生物的区域选择性闭环反应。第二种途径涉及1,2,3-三-O-乙酰基-4- C-（对甲苯磺酰基）氧基甲基核呋喃糖衍生物与核碱基的偶联反应，然后形成环氧乙烷环，得到3'，4'-BNA单体带有所有四个核碱基。通过1 H NMR，X-射线晶体学和计算分析，3的糖起皱'，发现4'-BNA单体在S-构象（C被限制1' -外-C 2' -内型褶皱模式）。