N⁶-phenoxyacetyl-3’,5’-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2’-O-(methylthiomethyl)adenosine | 201667-28-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N⁶-phenoxyacetyl-3’,5’-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2’-O-(methylthiomethyl)adenosine
• 英文别名: 3′,5′-O-tetraisopropyldisiloxane2′-O-methylthiomethyl N⁶-phenoxyacetyl adenosine
• CAS: 201667-28-9
• 化学式: C₃₂H₄₉N₅O₇SSi₂
• 分子量: 704.007
• InChiKey: HJLSBEAVBIEKIE-FANUBLADSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.4
• 重原子数：
  47.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  128.08
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-phenoxyacetyl-3’,5’-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2’-O-(methylthiomethyl)adenosine 在 磺酰氯 、 oxone||potassium monopersulfate triple salt 、 碳酸氢钠 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 7.0h， 生成 S-(3′,5′-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2′-O-methyladenosyl)-5′-sulfone adenosine
  参考文献：
  名称：

  合成腺嘌呤二核苷 2',5'-由含硫接头桥接作为病毒 RNA 2'-O-甲基转移酶的双底物 SAM 类似物

  摘要：

  病毒 RNA 2'-O-甲基转移酶在病毒感染期间通过催化核苷 N1 2'-OH 处 5'-末端 RNA 帽结构的甲基化或诱导使用 S-腺苷-L-甲硫氨酸 (SAM) 作为甲基供体，RNA 序列内腺苷的内部 2'-O-甲基化。我们的目标是合成模拟 RNA 2'-O-甲基化过渡状态的双底物 SAM 类似物，以阻断病毒 2'-O-甲基转移酶并对抗新兴病毒。在这里，我们通过将代表 SAM 的 5'-硫代腺苷连接到模拟 RNA 底物的另一个腺苷单元的 2'-OH，通过各种尺寸的含硫接头（例如烷基硫醚接头）设计并合成了五种双核苷，

  DOI：

  10.1002/ejoc.201901120
• 作为产物：
  描述：

  1,3二氯-1,1,3,3-四异丙基二硅氧烷 在 2,6-二甲基吡啶 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 生成 N⁶-phenoxyacetyl-3’,5’-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2’-O-(methylthiomethyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  2′-O-Methyl Thiomethyl Modifications in Hammerhead Ribozymes

  摘要：

  The synthesis of all four phosphoramidites of 2'-O-methylthiomethyl ribonucleosides and their incorporation into hammerhead ribozymes and influence on nuclease stability and catalytic activity is described.

  DOI：

  10.1080/07328319708006114

文献信息

• The 2-Cyano-2,2-dimethylethanimine-<i>N</i>-oxymethyl Group for the 2′-Hydroxyl Protection of Ribonucleosides in the Solid-Phase Synthesis of RNA Sequences
  作者：Jacek Cieślak、Cristina Ausín、Andrzej Grajkowski、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1002/chem.201204235

  日期：2013.4.2

  reaction of 2‐cyano‐2‐methyl propanal with 2′‐O‐aminooxymethylribonucleosides leads to stable and yet reversible 2′‐O‐(2‐cyano‐2,2‐dimethylethanimine‐N‐oxymethyl)ribonucleosides. Following N‐protection of the nucleobases, 5′‐dimethoxytritylation and 3′‐phosphitylation, the resulting 2′‐protected ribonucleoside phosphoramidite monomers are employed in the solid‐phase synthesis of three chimeric RNA sequences

  2-氰基-2-甲基丙醛与2'- O-氨氧基甲基核糖核苷的反应可产生稳定且可逆的2' - O-（2-氰基-2-2,2-二甲基乙胺-N-氧甲基）核糖核苷。在对核碱基进行N-保护，5'-二甲氧基三苯甲基化和3'-磷酸化之后，得到的2'-保护的核糖核苷亚磷酰胺单体被用于三个嵌合RNA序列的固相合成，每个序列的嘌呤/嘧啶比率不同。在5‐苄硫基‐1 H存在下进行亚磷酰胺单体的活化时-四唑，在180 s内平均获得99％的耦合效率。RNA链装配完成后，在标准碱性条件下进行核苷酸碱基和磷酸盐保护基的去除以及从固相支持物中释放序列，而2' - O-（2-氰基-2，通过用氟化四正丁基铵（0.5  m）处理可实现2-二甲基乙胺基-N-氧甲基）保护基（不释放RNA烷基化副产物）在干燥的DMSO中于55°C下放置24–48 h。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE），酶水解和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）质谱对完全
• An azidomethyl protective group in the synthesis of oligoribonucleotides by the phosphotriester method
  作者：V. A. Efimov、A. V. Aralov、S. V. Fedunin、V. N. Klykov、O. G. Chakhmakhcheva

  DOI：10.1134/s1068162009020149

  日期：2009.3

  A rapid and effective method of an automatic oligoribonucleotide synthesis alternative to the phosphoroamidite one was developed based on the phosphotriester approach of internucleotide bond formation under intramolecular O-nucleophilic catalysis and the use of an azidomethyl group for protection of a nucleotide 2'-hydroxyl function.

  基于分子内O-亲核催化下核苷酸间键形成的磷酸三酯方法，并利用叠氮基甲基保护核苷酸2'-羟基功能，开发了一种快速有效的寡核苷酸自动寡核苷酸合成方法，替代了磷酰胺
• A 2′,2′-disulfide-bridged dinucleotide conformationally locks RNA hairpins
  作者：Florian Gauthier、Frédéric Beltran、Annabelle Biscans、Françoise Debart、Christelle Dupouy、Jean-Jacques Vasseur

  DOI：10.1039/c8ob00328a

  日期：——

  The synthesis and the impact of a disulfide bridge between 2′-O-positions of two adjacent nucleotides in an RNA duplex and in the loop of RNA hairpins are reported. The incorporation of this 2′,2′-disulfide (S–S) bridge enabled thermal and enzymatic stabilization of the hairpin depending on its position in the loop. The influence of the disulfide bridge on RNA folding was studied at the HIV Dimerization

  2'- O之间二硫键的合成及其影响报道了RNA双链体和RNA发夹环中两个相邻核苷酸的位置。这种2'，2'-二硫键（S–S）的结合可根据发夹在环中的位置实现发夹的热稳定和酶促稳定。在HIV二聚化起始位点（DIS）作为RNA序列模型研究了二硫键对RNA折叠的影响。我们已经表明，这条S–S桥锁定了发夹形式，而扩展的双链形式是在三（2-羧乙基）膦或谷胱甘肽存在下二硫键还原后生成的。因此，S–S桥对理解RNA折叠很有用。还研究了通过S–S桥锁定的RNA分子信标作为谷胱甘肽检测的传感器。