(3R,4R,5S,6S)-6-((2R,3S)-3-(((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonylamino)-4-(allyloxy)-4-oxobutan-2-yloxy)-2-(acetoxymethyl)-5-azidotetrahydro-2H-pyran-3,4-diyl diacetate | 136497-87-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (3R,4R,5S,6S)-6-((2R,3S)-3-(((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonylamino)-4-(allyloxy)-4-oxobutan-2-yloxy)-2-(acetoxymethyl)-5-azidotetrahydro-2H-pyran-3,4-diyl diacetate
• 英文别名: Nα-(fluoren-9-ylmethoxycarbonyl)-3-O-(3,4,6-tri-O-acetyl-2-azido-2-deoxy-α-D-galactopyranosyl)-L-threonine allyl ester；N-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonyl)-3-O-(3,4,6-tri-O-acetyl-2-azido-2-deoxy-α-D-galactopyranosyl)-L-threonine allyl ester；Fmoc-Thr(3,4,6-Ac3-2-N3Gla)-All；prop-2-enyl (2S,3R)-3-[(2S,3R,4R,5R,6R)-4,5-diacetyloxy-6-(acetyloxymethyl)-3-azidooxan-2-yl]oxy-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoate
• CAS: 136497-87-5
• 化学式: C₃₄H₃₈N₄O₁₂
• 分子量: 694.695
• InChiKey: MXLDUVXIFOICKD-FWKNDGLTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.5
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  176
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3R,4R,5S,6S)-6-((2R,3S)-3-(((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonylamino)-4-(allyloxy)-4-oxobutan-2-yloxy)-2-(acetoxymethyl)-5-azidotetrahydro-2H-pyran-3,4-diyl diacetate 在 四(三苯基膦)钯 、 N-甲基苯胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 65.0h， 生成 N-芴甲氧羰基-O-beta-(2-乙酰氨基-2-脱氧-3,4,6-三-O-乙酰基-alpha-D-吡喃半乳糖基)-L-苏氨酸
  参考文献：
  名称：

  对于固相糖肽合成中的Fmoc裂解，哌啶比吗啉更可取，例如与HIV gp120和粘蛋白有关的糖肽的制备就是例证

  摘要：

  在Tn的抗原[将Fmoc-丝氨酸/苏氨酸（AC的被保护的衍生物3 GalNAcα）-OH，化合物5和8 ]已经制备通过将Fmoc-丝氨酸/苏氨酸- O-烯丙基糖基化与3,4,6-三- ø -乙酰基-2-叠氮基-2-脱氧-D-吡喃半乳糖基氯（2），然后将叠氮基转化为乙酰胺并脱脱甲酰。导数5和8用于固相合成与HIV gp120和粘蛋白有关的糖肽。在这些合成中，发现哌啶可有效去除Fmoc，而吗啉的脱保护作用缓慢且在某些步骤中不完全。与先前的关注相反，当哌啶用于Fmoc脱保护时，没有遇到糖肽立体中心的β-消除和差向异构化。然而，发现对于糖肽而言，其侧链脱保护并从固相切割。

  DOI：

  10.1016/0040-4020(96)00369-9
• 作为产物：
  描述：

  D-三乙酰半乳糖烯 在 sodium azide 、 iron(III) chloride hexahydrate 、 双氧水 、 silver carbonate 作用下， 以 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 (3R,4R,5S,6S)-6-((2R,3S)-3-(((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonylamino)-4-(allyloxy)-4-oxobutan-2-yloxy)-2-(acetoxymethyl)-5-azidotetrahydro-2H-pyran-3,4-diyl diacetate
  参考文献：
  名称：

  防冻糖肽（AFGP）短类似物的合成和构象偏好

  摘要：

  抗冻糖蛋白是一类生物制剂，能够在低于体液冰点的温度下生活。抗冻糖肽通常由在苏氨酸侧链糖基化的重复三肽单元（-Ala-Ala-Thr *-）组成。然而，在微观水平上，这些化合物的作用机理仍不清楚。如先前的研究表明，抗冻糖肽的抗冻活性强烈依赖于分子的整体构型以及氨基酸残基的立体化学。具有N形式的乙酰化氨基末端和羧基末端的所需单糖基化类似物已经合成了-甲酰胺。设计类似物的构象核磁共振（NMR）研究表明，氨基酸残基的立体化学对肽链稳定性有很大影响，而肽链稳定性可能与这些化合物的抗冻活性有关。对抗冻糖肽的作用机理的更好的理解将允许将这些材料应用于例如食品工业和生物医学中。

  DOI：

  10.3762/bjoc.15.162

文献信息

• Sugar-Assisted Ligation in Glycoprotein Synthesis
  作者：Yu-Ying Yang、Simon Ficht、Ashraf Brik、Chi-Huey Wong

  DOI：10.1021/ja0708971

  日期：2007.6.1

  Sugar-assisted ligation (SAL) presents an attractive strategy for the synthesis of glycopeptides, including the synthesis of cysteine-free beta-O-linked and N-linked glycopeptides. Here we extended the utility of SAL for the synthesis of alpha-O-linked glycopeptides and glycoproteins. In order to explore SAL in the context of glycoprotein synthesis, we developed a new chemical synthetic route for the

  糖辅助连接 (SAL) 为合成糖肽提供了一种有吸引力的策略，包括合成不含半胱氨酸的 β-O 连接和 N 连接糖肽。在这里，我们扩展了 SAL 用于合成 α-O 连接的糖肽和糖蛋白的效用。为了在糖蛋白合成的背景下探索 SAL，我们开发了一种新的化学合成路线，用于 α-O 连接的糖蛋白双萜 epsilon。在我们合成的第一阶段，SAL 通过 Gly-Val 连接点组装了双萜片段 Cys(Acm)37-Gly(52) 和片段 Val(53)-Phe(82)。随后，在 Acm 脱保护后，通过天然化学连接 (NCL) 将敌百虫片段 Cys(37)-Phe(82) 连接到片段 Asp(1)-Asn(36) 以提供完整的敌百虫 epsilon 序列。在最后的合成步骤中，应用氢解从糖部分去除硫醇手柄，同时将突变的 Cys(37) 转化为天然丙氨酸残基。此外，我们通过在乙酰氨基甲基 (Acm) 保护的半胱氨
• Synthesis of an Isotopically-labelled Antarctic Fish Antifreeze Glycoprotein Probe
  作者：Joanna M. Wojnar、Clive W. Evans、Arthur L. DeVries、Margaret A. Brimble

  DOI：10.1071/ch10464

  日期：——

  Antifreeze glycoproteins (AFGPs) are glycosylated polypeptides produced by Antarctic and Arctic fishes, which allow them to survive in seawater at sub-zero temperatures. An investigation into the postulated enteric uptake of AFGP synthesized in the exocrine pancreas of Antarctic fishes required a custom-prepared AFGP probe that incorporated seven isotopically-labelled Ala residues for detection by

  抗冻糖蛋白（AFGP）是南极和北极鱼类产生的糖基化多肽，可以使它们在低于零温度的海水中生存。对南极鱼类外分泌胰腺中合成的AFGP的假定肠摄取的调查，需要定制的AFGP探针，该探针结合了7个同位素标记的Ala残基，用于质谱检测。的AFGPs由重复的三个氨基酸单元（丙氨酸-丙氨酸-苏氨酸），其中，所述苏氨酸残基是糖基化与二糖的β- d -Gal-（1→3）-α- d -GalNAc。同位素标记的AFGP8（1）的合成，以及受保护的糖基化氨基酸构件2的优化合成，已报告。
• Extended Sugar-Assisted Glycopeptide Ligations:  Development, Scope, and Applications
  作者：Richard J. Payne、Simon Ficht、Sishi Tang、Ashraf Brik、Yu-Ying Yang、David A. Case、Chi-Huey Wong

  DOI：10.1021/ja073653p

  日期：2007.11.1

  of the method we report here the development of an extended SAL method. Glycopeptides containing up to six amino acid extensions N-terminal to the glycosylated residue were shown to facilitate ligation reactions with peptide thioesters, and these products were isolated in good yields. Kinetic analysis was used to show that as glycopeptides were extended by further amino acid residues, ligation reactions

  最近，我们报道了糖辅助连接 (SAL) 的发展，这是一种用于合成糖肽的新型肽连接方法。在对糖蛋白数据库中的大量糖蛋白序列进行筛选后，很明显，很大比例（约 53%）的 O-糖基化位点包含不会发生 SAL 反应的氨基酸残基。为了克服这些固有的局限性并扩大我们在此报告的扩展 SAL 方法的开发范围。糖基化残基 N 端最多含有 6 个氨基酸延伸的糖肽显示出促进与肽硫酯的连接反应，并且这些产物以良好的产率分离。动力学分析表明，随着糖肽被更多氨基酸残基延伸，连接反应变得更慢。这一发现通过使用 AMBER9 的分子动力学模拟得到了合理化。这些研究表明了一个普遍趋势，即硫酯中间体（N 端胺和硫酯的羰基碳）的反应位点之间的近端距离随着糖肽的延长而增加，从而减慢了连接速度。每种扩展的 SAL 方法都对连接点处的许多不同氨基酸组合显示出广泛的耐受性。对糖蛋白数据库的重新评估表明，现在可以利用 95% 的 O-连接糖基化位点来促进
• METHOD OF PREPARING GLYCOPEPTIDES
  申请人：THE SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE

  公开号：EP1996609B1

  公开（公告）日：2016-08-03
• Microwave-Assisted Synthesis of Fluorescein-Labelled GalNAcα1-O-Ser/Thr (Tn) Glycopeptides as Immunological Probes
  作者：Margaret Brimble、Dong Lee、Paul Harris、Renata Kowalczyk、P. Dunbar

  DOI：10.1055/s-0029-1218635

  日期：2010.3

  Fluorescently labelled glycopeptides containing GalNAc alpha 1-O-Ser/Thr residues provide valuable immunological probes for the development of cancer vaccines. The microwave-assisted automated Fmoc solid-phase synthesis of a series of 5(6)-carboxyfluorescein-labelled GalNAc alpha 1-O-Ser/Thr peptides is described. Lys(Dde)-Gly-Wang polystyrene resin was elongated using Fmoc SPPS with incorporation of several GalNAc alpha 1-O-Ser/Thr residues. Deprotection of the Lys(Dde) then allowed attachment of the 5(6)-carboxyfluorescein label. The synthetic methodology described is flexible and suitably robust enabling the incorporation of three contiguous GalNAc alpha 1-O-Ser residues into the peptide chain.