Recycling Nicotinamide. The Transition-State Structure of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase
作者:Emmanuel S. Burgos、Mathew J. Vetticatt、Vern L. Schramm
DOI:10.1021/ja310180c
日期:2013.3.6
determined the TS structure for pyrophosphorolysis of nicotinamide mononucleotide (NMN) from kinetic isotope effects (KIEs). With the natural substrates, NMN and pyrophosphate (PPi), the intrinsic KIEs of [1'-(14)C], [1-(15)N], [1'-(3)H], and [2'-(3)H] are 1.047, 1.029, 1.154, and 1.093, respectively. A unique quantum computational approach was used for TS analysis that included structural elements of the catalytic
人烟酰胺磷酸核糖转移酶 (NAMPT) 补充 NAD 库并控制去乙酰化酶、单和聚 (ADP-核糖) 聚合酶以及 NAD 核苷酶的活性。酶过渡态 (TS) 的性质对于理解 NAMPT 的功能至关重要。我们通过动力学同位素效应 (KIE) 确定了烟酰胺单核苷酸 (NMN) 焦磷酸解的 TS 结构。使用天然底物 NMN 和焦磷酸盐 (PPi),内在 KIE 为 [1'-(14)C]、[1-(15)N]、[1'-(3)H] 和 [2'- (3)H]分别为1.047、1.029、1.154和1.093。使用独特的量子计算方法进行 TS 分析,其中包括催化位点的结构元素。在没有约束(例如施加扭转角)的情况下,理论数据和实验数据非常一致。量子力学计算纳入了一个关键的催化位点残基(D313)、两个镁原子和配位水分子。 TS 模型预测初级 (14)C、α-次级 (3)H、β-次级 (3)H 和初级 (15)N