N-[2-[(3-(allyloxycarbonyl)phenyl)methoxy]-1(S)-cyanoethyl]-Nα-(2,4-difluorobenzoyl)-3-methyl-L-phenylalaninamide | 389600-22-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-[2-[(3-(allyloxycarbonyl)phenyl)methoxy]-1(S)-cyanoethyl]-Nα-(2,4-difluorobenzoyl)-3-methyl-L-phenylalaninamide
• 英文别名: prop-2-enyl 3-[[(2R)-2-cyano-2-[[(2S)-2-[(2,4-difluorobenzoyl)amino]-3-(3-methylphenyl)propanoyl]amino]ethoxy]methyl]benzoate
• CAS: 389600-22-0
• 化学式: C₃₁H₂₉F₂N₃O₅
• 分子量: 561.585
• InChiKey: QTJNKDQGFVKUHG-NAKRPHOHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[2-[(3-(allyloxycarbonyl)phenyl)methoxy]-1(S)-cyanoethyl]-Nα-(2,4-difluorobenzoyl)-3-methyl-L-phenylalaninamide 在 吗啉 、 四(三苯基膦)钯 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 0.5h， 以60%的产率得到3-{2-Cyano-2-[2-(2,4-difluoro-benzoylamino)-3-m-tolyl-propionylamino]-ethoxymethyl}-benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  通过基于结构的药物设计，确定二肽腈为组织蛋白酶B的有效抑制剂和选择性抑制剂。

  摘要：

  组织蛋白酶B是半胱氨酸蛋白酶的木瓜蛋白酶超家族的成员，并且已与包括关节炎和癌症在内的多种疾病的病理学有关。为了确定这种蛋白酶的有效可逆抑制剂，我们从先前报道的Cbz-Phe-NH-CH（2）CN（19，IC（50）= 62 microM）开始检查了一系列二肽腈。 。高分辨率X射线晶体学数据和分子模型被用来优化此模板的P（1），P（2）和P（3）取代基。组织蛋白酶B在其类别中是独特的，因为它在活性位点的S（2）'口袋中包含一个羧酸盐识别位点。通过束缚从碳α到腈的羧酸盐官能团来与酶的该区域相互作用，可以提高抑制剂的效力和选择性。

  DOI：

  10.1021/jm010206q
• 作为产物：
  描述：

  3-甲基苄溴 在 N-甲基吗啉 、 甲酸 、 N-羟基-7-氮杂苯并三氮唑 、 sodium hydride 、 溶剂黄146 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 正己烷 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 30.5h， 生成 N-[2-[(3-(allyloxycarbonyl)phenyl)methoxy]-1(S)-cyanoethyl]-Nα-(2,4-difluorobenzoyl)-3-methyl-L-phenylalaninamide
  参考文献：
  名称：

  通过基于结构的药物设计，确定二肽腈为组织蛋白酶B的有效抑制剂和选择性抑制剂。

  摘要：

  组织蛋白酶B是半胱氨酸蛋白酶的木瓜蛋白酶超家族的成员，并且已与包括关节炎和癌症在内的多种疾病的病理学有关。为了确定这种蛋白酶的有效可逆抑制剂，我们从先前报道的Cbz-Phe-NH-CH（2）CN（19，IC（50）= 62 microM）开始检查了一系列二肽腈。 。高分辨率X射线晶体学数据和分子模型被用来优化此模板的P（1），P（2）和P（3）取代基。组织蛋白酶B在其类别中是独特的，因为它在活性位点的S（2）'口袋中包含一个羧酸盐识别位点。通过束缚从碳α到腈的羧酸盐官能团来与酶的该区域相互作用，可以提高抑制剂的效力和选择性。

  DOI：

  10.1021/jm010206q

文献信息

• Dipeptide-Derived Alkynes as Potent and Selective Irreversible Inhibitors of Cysteine Cathepsins
  作者：Lydia Behring、Gloria Ruiz-Gómez、Christian Trapp、Maryann Morales、Robert Wodtke、Martin Köckerling、Klaus Kopka、M. Teresa Pisabarro、Jens Pietzsch、Reik Löser

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.2c01360

  日期：2023.3.23

  potent peptide nitriles was explored. The synthesis of the dipeptide alkynes was developed with special emphasis on stereochemically homogeneous products obtained in the Gilbert–Seyferth homologation for C≡C bond formation. Twenty-three dipeptide alkynes and 12 analogous nitriles were synthesized and investigated for their inhibition of cathepsins B, L, S, and K. Numerous combinations of residues at positions

  探索了通过等电子置换在可逆作用的强效肽腈中设计不可逆的基于炔烃的半胱氨酸组织蛋白酶抑制剂的潜力。二肽炔烃的合成特别强调在 Gilbert-Seyferth 同系化中获得的 C≡C 键形成的立体化学均质产物。合成了 23 个二肽炔烃和 12 个类似的腈，并研究了它们对组织蛋白酶 B、L、S 和 K 的抑制作用。P1 和 P2 位置的残基以及末端酰基的多种组合允许推导广泛的结构–活动关系，通过选定示例的计算共价对接合理化。炔烃在目标酶上的确定失活常数范围 >–1秒–1 )。值得注意的是，炔烃的选择性分布不一定反映腈类化合物的选择性分布。已证明选定化合物在细胞水平上的抑制活性。
• Identification of Dipeptidyl Nitriles as Potent and Selective Inhibitors of Cathepsin B through Structure-Based Drug Design
  作者：Paul D. Greenspan、Kirk L. Clark、Ruben A. Tommasi、Scott D. Cowen、Leslie W. McQuire、David L. Farley、John H. van Duzer、Ronald L. Goldberg、Huanghai Zhou、Zhengming Du、John J. Fitt、David E. Coppa、Zheng Fang、William Macchia、Lijuan Zhu、Michael P. Capparelli、Robert Goldstein、Andrew M. Wigg、John R. Doughty、Regine S. Bohacek、Ania K. Knap

  DOI：10.1021/jm010206q

  日期：2001.12.1

  this template. Cathepsin B is unique in its class in that it contains a carboxylate recognition site in the S(2)' pocket of the active site. Inhibitor potency and selectivity were enhanced by tethering a carboxylate functionality from the carbon alpha to the nitrile to interact with this region of the enzyme. This resulted in the identification of compound 10, a 7 nM inhibitor of cathepsin B, with excellent

  组织蛋白酶B是半胱氨酸蛋白酶的木瓜蛋白酶超家族的成员，并且已与包括关节炎和癌症在内的多种疾病的病理学有关。为了确定这种蛋白酶的有效可逆抑制剂，我们从先前报道的Cbz-Phe-NH-CH（2）CN（19，IC（50）= 62 microM）开始检查了一系列二肽腈。 。高分辨率X射线晶体学数据和分子模型被用来优化此模板的P（1），P（2）和P（3）取代基。组织蛋白酶B在其类别中是独特的，因为它在活性位点的S（2）'口袋中包含一个羧酸盐识别位点。通过束缚从碳α到腈的羧酸盐官能团来与酶的该区域相互作用，可以提高抑制剂的效力和选择性。