9-[6-(tert-butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-1,3-dioxa-5-selena-pentalen-4-yl]-6-chloro-9H-purine | 1433368-71-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: 9-[6-(tert-butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-1,3-dioxa-5-selena-pentalen-4-yl]-6-chloro-9H-purine
• 英文别名: [(3aR,4R,6R,6aS)-4-(6-chloropurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydroselenopheno[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methoxy-tert-butyl-diphenylsilane
• CAS: 1433368-71-8
• 化学式: C₂₉H₃₃ClN₄O₃SeSi
• 分子量: 628.105
• InChiKey: MWIFQRWBMOQKSC-VBHAUSMQSA-N

物化性质

• 沸点：
  664.1±65.0 °C(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.58
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  71.3
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  9-[6-(tert-butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-1,3-dioxa-5-selena-pentalen-4-yl]-6-chloro-9H-purine 在 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 四丁基氟化铵 、 乙酸酐 、 silver nitrate 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 37.5h， 生成 (2S,3S,4R,5R)‐5‐(6‐((3‐chlorobenzyl)amino)‐9H‐purin‐9‐yl)‐3,4‐dihydroxy‐N,N‐dimethyltetrahydroselenophene‐2‐carboxamide
  参考文献：
  名称：

  2，6-二取代-4'-硒腺苷-5'-N，N-二甲基脲酰胺衍生物作为人A3腺苷受体拮抗剂的设计与合成

  摘要：

  描述了作为高效和选择性人A 3腺苷受体（hA 3 AR）拮抗剂的一系列新的4'-硒腺苷-5'- N，N-二甲基脲酰胺衍生物。通过向5'-尿嘧啶酰胺位置添加第二个N-甲基，将高度选择性的A 3 AR激动剂4'-硒腺苷-5'- N-甲基尿嘧啶酰胺成功转化为选择性拮抗剂。所有合成的化合物在hA 3 AR处显示中等至高的结合亲和力。在合成的化合物中，2-H- N 6 -3-碘苄基胺衍生物9f在hA 3 AR处显示出最高的结合亲和力。（K i = 22.7 nM）。通常，2-H类似物比2-Cl类似物显示出更好的结合亲和力。用2-Cl- N 6 -3-碘苄基胺衍生物9l进行的cAMP功能测定证明了hA 3 AR拮抗剂的活性。分子模型研究表明5'-乌拉酰胺的氢作为hA 3 AR活化的必要氢键供体的重要作用。

  DOI：

  10.3390/ph14040363
• 作为产物：
  描述：

  卡培他滨杂质25 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 溴 、 potassium carbonate 、 甲基磺酰氯 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 甲苯 为溶剂， 反应 53.5h， 生成 9-[6-(tert-butyl-diphenyl-silanyloxymethyl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-1,3-dioxa-5-selena-pentalen-4-yl]-6-chloro-9H-purine
  参考文献：
  名称：

  2，6-二取代-4'-硒腺苷-5'-N，N-二甲基脲酰胺衍生物作为人A3腺苷受体拮抗剂的设计与合成

  摘要：

  描述了作为高效和选择性人A 3腺苷受体（hA 3 AR）拮抗剂的一系列新的4'-硒腺苷-5'- N，N-二甲基脲酰胺衍生物。通过向5'-尿嘧啶酰胺位置添加第二个N-甲基，将高度选择性的A 3 AR激动剂4'-硒腺苷-5'- N-甲基尿嘧啶酰胺成功转化为选择性拮抗剂。所有合成的化合物在hA 3 AR处显示中等至高的结合亲和力。在合成的化合物中，2-H- N 6 -3-碘苄基胺衍生物9f在hA 3 AR处显示出最高的结合亲和力。（K i = 22.7 nM）。通常，2-H类似物比2-Cl类似物显示出更好的结合亲和力。用2-Cl- N 6 -3-碘苄基胺衍生物9l进行的cAMP功能测定证明了hA 3 AR拮抗剂的活性。分子模型研究表明5'-乌拉酰胺的氢作为hA 3 AR活化的必要氢键供体的重要作用。

  DOI：

  10.3390/ph14040363

文献信息

• Practical synthesis of 4′-selenopurine nucleosides by combining chlorinated purines and ‘armed’ 4-selenosugar
  作者：Kazuki Ishii、Noriko Saito-Tarashima、Masashi Ota、Seigi Yamamoto、Yasuko Okamoto、Yoshiyuki Tanaka、Noriaki Minakawa

  DOI：10.1016/j.tet.2016.08.071

  日期：2016.10

  The synthesis of a variety of chemically modified oligonucleotides requires the development of a practical synthetic method for its building block, i.e., nucleoside analogs. The one-pot Pummerer-like reaction using hypervalent iodine in combination with 6-chloropurine and an ‘armed’ 4-selenosugar bearing an electron-donating group at the 2-position gave the desired 4′-seleno-6-chloropurine derivative

  多种化学修饰的寡核苷酸的合成需要开发一种实用的合成方法作为其基本组成部分，即核苷类似物。使用高价碘与6-氯嘌呤和在2位带有供电子基团的“武装” 4-硒代糖结合使用的一锅Pummerer样反应，可得到所需的4'-硒代-6-氯嘌呤衍生物。与使用“解除武装”的4-硒代糖的2-位带有吸电子基团的先前方法相比，产率更高。另外，使用2，6-二氯嘌呤作为可转化为鸟嘌呤骨架的核碱基能够实现有效的Pummerer样反应，然后在酸性条件下异构化为所需的N9异构体。
• <i>N</i>⁶-Substituted 5′-<i>N</i>-Methylcarbamoyl-4′-selenoadenosines as Potent and Selective A₃ Adenosine Receptor Agonists with Unusual Sugar Puckering and Nucleobase Orientation
  作者：Jinha Yu、Long Xuan Zhao、Jongmi Park、Hyuk Woo Lee、Pramod K. Sahu、Minghua Cui、Steven M. Moss、Eva Hammes、Eugene Warnick、Zhan-Guo Gao、Minsoo Noh、Sun Choi、Hee-Chul Ahn、Jungwon Choi、Kenneth A. Jacobson、Lak Shin Jeong

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.7b00241

  日期：2017.4.27

  Potent and selective A3 adenosine receptor (AR) agonists were identified by the replacement of 4'-oxo- or 4'-thionucleosides with bioisosteric selenium. Unlike previous agonists, 4'-seleno analogues preferred a glycosidic syn conformation and South sugar puckering, as shown in the X-ray crystal structure of 5'-N-methylcarbamoyl derivative 3p. Among the compounds tested, N6-3-iodobenzyl analogue 3d

  通过用生物等位硒取代4'-氧代-或4'-硫代核苷来鉴定有效和选择性的A3腺苷受体（AR）激动剂。与先前的激动剂不同，如5'-N-甲基氨基甲酰基衍生物3p的X射线晶体结构所示，4'-硒类似物更喜欢糖苷的顺式构象和南糖起皱。在测试的化合物中，发现N6-3-碘苄基类似物3d是最有效的A3AR完全激动剂（Ki = 0.57 nM），对A1AR和A2AAR的选择性分别是≥800倍和1900倍。在N6-环烷基系列中，2-Cl类似物通常比2-H类似物表现出更好的hA3AR亲和力，而在N6-3-卤代苄基系列中2-H> 2-Cl。N7异构体3t和3u的结合力比相应的N9异构体弱得多，但化合物3t缺乏A3AR活化，似乎是弱者。2-Cl-N6-3-碘苄基类似物3p抑制小分子胶质细胞/单核细胞趋化性诱导的迁移，而在≤50μM时不引起细胞死亡。这表明开发4'-硒代核苷A3AR激动剂作为新型抗中风剂的潜力。
• Synthesis and biological evaluation of novel imidazole nucleosides as potential anti-dengue virus agents
  作者：Yuki Okano、Noriko Saito-Tarashima、Madoka Kurosawa、Ai Iwabu、Masashi Ota、Tadashi Watanabe、Fumihiro Kato、Takayuki Hishiki、Masahiro Fujimuro、Noriaki Minakawa

  DOI：10.1016/j.bmc.2019.04.015

  日期：2019.6

  In this work, we developed imidazole nucleoside derivatives with anti-dengue virus (DENV) activity was examined. First, compounds in a nucleosides library were screened to find lead compounds which inhibit replication of DENV. As a result, 5-ethynyl-(1-β-d-ribofuranosyl)imidazole-4-carboxamide (1; EICAR) and its 4-carbonitrile derivative EICNR (2) were selected as promising antiviral compounds. However

  在这项工作中，我们开发了具有抗登革热病毒（DENV）活性的咪唑核苷衍生物。首先，筛选核苷文库中的化合物以发现抑制DENV复制的先导化合物。结果，选择了5-乙炔基-（1-β-d-呋喃呋喃糖基）咪唑-4-羧酰胺（1; EICAR）及其4-腈衍生物EICNR（2）作为有前景的抗病毒化合物。但是，它们两个都还显示出细胞毒性。为了开发有效且毒性较小的化合物，制备了EICAR和EICNR 3-6的4'-硫代和4'-硒代衍生物。所得的4'-thioEICAR和4'-thioEICNR表现出对DENV复制的抑制作用，而没有如利巴韦林（阳性对照）那样强的细胞毒性。
• Selenium bioisosteric replacement of adenosine derivatives promoting adiponectin secretion increases the binding affinity to peroxisome proliferator-activated receptor δ
  作者：Seungchan An、Jinha Yu、Hongseok Choi、Hyejin Ko、Sungjin Ahn、Jeayoung C. Shin、Jeong Joo Pyo、Lak Shin Jeong、Minsoo Noh

  DOI：10.1016/j.bmc.2019.115226

  日期：2020.1

  4'-selenoadenosine derivatives correlated with their adiponectin secretion stimulation. Compared with the sugar ring of 4'-oxoadenosine, that of 4'-selenoadenosine was more favorable in forming the South sugar conformation. In the molecular docking simulation, the South sugar conformation of compound 3e formed additional hydrogen bonds inside the PPARδ ligand-binding pocket compared with the North conformation. Therefore

  N6-（3-碘苄基）腺苷-5'-N-甲基脲酰胺（1a，IB-MECA）同时具有针对A3腺苷受体（AR），过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）γ和PPARδ的多药理学特性。用硒对4'-氧代腺苷中的氧进行生物等位置换可显着提高PPARδ的结合活性。2-氯-N6-（3-碘苄基）-4'-硒腺苷-5'-N-甲基脲酰胺（3e）和相关的4'-硒腺苷衍生物在人骨髓间充质干细胞（hBM-MSCs）脂肪形成过程中显着增强脂联素的生物合成）。4'-硒腺苷衍生物的PPARδ-结合亲和力而不是A3 AR结合亲和力与其脂联素分泌刺激有关。与4'-氧代腺苷的糖环相比，4'-氧代腺苷的糖环 -硒腺苷更有利于形成南糖构象。在分子对接模拟中，与North构象相比，化合物3e的South糖构象在PPARδ配体结合口袋内形成了额外的氢键。因此，4'-硒腺苷PPAR调节剂的糖构象影响对PPARδ的配体结合亲和力。
• New RNA Purine Building Blocks, 4′-Selenopurine Nucleosides: First Synthesis and Unusual Mixture of Sugar Puckerings
  作者：Jinha Yu、Jin-Hee Kim、Hyuk Woo Lee、Varughese Alexander、Hee-Chul Ahn、Won Jun Choi、Jungwon Choi、Lak Shin Jeong

  DOI：10.1002/chem.201300741

  日期：2013.4.26

  Writer's blocks: The first synthesis of RNA purine building blocks, 4′‐selenoadenosine and 4′‐selenoguanosine was achieved from D‐ribose by regioisomeric rearrangement, which was confirmed by X‐ray crystallography. 4′‐Selenoadenosine exists in an unusual mixture of north and south conformers in the solid state.

  作者的区块：通过区域异构体重排由D-核糖实现了RNA嘌呤结构单元4'-硒腺苷和4'-硒鸟苷的首次合成，这一点已通过X射线晶体学证实。4'-硒腺苷以固态的北部和南部构象异构体的混合物存在。