N2-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyxyloguanosine | 195375-51-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N2-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyxyloguanosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 195375-51-0
• 化学式: C₂₀H₃₃N₅O₅Si
• 分子量: 451.598
• InChiKey: WZQWRHWLQPEBFF-MGPQQGTHSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.38
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N2-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyxyloguanosine 在 palladium on activated charcoal 叠氮化锂 、 氢气 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 N-[9-[(2R,4S,5S)-4-amino-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  N3'-> P5'寡脱氧核糖核苷酸磷酸氨基甲酸酯：一种基于亚磷酰胺胺交换反应的新合成方法。

  摘要：

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/jo970801t
• 作为产物：
  描述：

  N²-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine 在 sodium tetrahydroborate 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 二氯甲烷 、 异丙醇 为溶剂， 反应 5.17h， 生成 N2-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyxyloguanosine
  参考文献：
  名称：

  Thermal stabilisation of RNA·RNA duplexes and G-quadruplexes by phosphorothiolate linkages

  摘要：

  关于3′-S-磷硫键对RNA·RNA双链体和G-四链体结构稳定性的影响已有研究。在RNA双链体中加入了3′-巯基-2′-脱氧尿苷，热熔解研究表明，形成的3′-S-磷硫键增强了双链体对热变性的稳定性。此外，与预期相反，当同样的硫代核苷酸被引入RNA·DNA双链体的RNA链时，也观察到类似的增强双链体稳定性的效应。通过氧化还原策略制备了适当保护的3′-巯基-2′-脱氧鸟苷衍生物，并且发现该残基位于中间位置时也能提高[d(TGGGGT)]4 G-四链体的热稳定性。研究结果就硫原子对呋喃糖环构象的影响进行了讨论，并暗示，先前注意到的高温下平行RNA四链体的稳定性并非源自2′-羟基的氢键相互作用，而可能是源自构象效应。

  DOI：

  10.1039/c2ob26940f

文献信息

• Convenient Syntheses of 3′-Amino-2′,3′-dideoxynucleosides, Their 5′-Monophosphates, and 3′-Aminoterminal Oligodeoxynucleotide Primers
  作者：Ralf Eisenhuth、Clemens Richert

  DOI：10.1021/jo8018889

  日期：2009.1.2

  5′-Protected 3′-amino-2′,3′-dideoxynucleosides containing any of the four canonical nucleobases (A/C/G/T) were prepared via azides in five to six steps, starting from deoxynucleosides. For pyrimidines, the synthetic route involved nucleophilic opening of anhydronucleosides. For purines, an in situ oxidation/reduction sequence, followed by a Mitsunobu reaction with diphenyl-2-pyridylphosphine and sodium

  从脱氧核苷开始，通过叠氮化物以五至六步制备含有四个规范核碱基（A / C / G / T）中任何一个的5'-保护的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷。对于嘧啶，合成途径涉及脱水核苷的亲核打开。对于嘌呤，原位氧化/还原序列，然后与二苯基-2-吡啶基膦和叠氮化钠的Mitsunobu反应，以高收率和纯度提供了3'-叠氮核苷。对于固相合成氨基末端寡核苷酸，氨基核苷通过新型六氟戊二酸接头与受控孔玻璃相连。这些支持物通过常规的DNA链组装和氨水一步脱保护/释放，以高产率和高纯度提供了3'-氨基末端引物。如此制备的引物在无酶化学引物延伸中成功进行了测试，这是一种用于基因分型和标记的廉价方法。还制备了3'-氨基-2'，3'-二脱氧核苷的受保护的5'-单磷酸酯，为制备标记的或光敏性受保护的单体用于化学引物延伸提供了起始原料。
• Potential application of thymidylate kinase in nucleoside analogue activation in Plasmodium falciparum
  作者：Huaqing Cui、Luis M. Ruiz-Pérez、Dolores González-Pacanowska、Ian H. Gilbert

  DOI：10.1016/j.bmc.2010.07.006

  日期：2010.10.15

  Plasmodium falciparum thymidylate kinase (PfTMPK) shows a broad range of substrate tolerance when compared to the corresponding human enzyme. Besides 2'-deoxythymidine monophosphate (dTMP), PfTMPK can phosphorylate 3'-azido-2',3'-dideoxythymidine monophosphate (AZTMP) very efficiently. In contrast, human thymidylate kinase (hTMPK) is 200 times less active towards AZTMP. We were interested to see if we could use PfTMPK to activate 3'-azido-2',3'-deoxythymidine (AZT) derivatives as a strategy to treat malaria. P. falciparum lacks a pyrimidine nucleoside kinase which usually activates nucleoside and nucleoside analogues to the corresponding monophosphates. Therefore, several prodrug analogues of AZT and related nucleoside monophosphates were prepared and analysed for antiparasitic activity. The prodrugs showed an increase in activity over the parent nucleoside analogues, which showed no inhibition of parasite growth at the concentration tested. The evidence here reported provides a strategy that could be exploited for further anti-malarial design. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.