2-[4,6-二氨基-3-[3-氨基-4,5-二羟基-6-(羟基甲基)四氢吡喃-2-基]氧基-2-羟基环己基]氧基-5-甲基-4-甲基氨基四氢吡喃-3,5-二醇 | 36889-17-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: 2-[4,6-二氨基-3-[3-氨基-4,5-二羟基-6-(羟基甲基)四氢吡喃-2-基]氧基-2-羟基环己基]氧基-5-甲基-4-甲基氨基四氢吡喃-3,5-二醇
• 英文名称: gentamicin X2
• 英文别名: (2R,3R,4R,5R)-2-[(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-amino-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2-hydroxycyclohexyl]oxy-5-methyl-4-(methylamino)oxane-3,5-diol
• CAS: 36889-17-5
• 化学式: C₁₉H₃₈N₄O₁₀
• 分子量: 482.532
• InChiKey: HFLKNINDVFJPQT-ZFAMMYHGSA-N

物化性质

• 熔点：
  >90°C (dec.)
• 沸点：
  762.7±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.50±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可微溶于水

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.2
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  248
• 氢给体数：
  10
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-[4,6-二氨基-3-[3-氨基-4,5-二羟基-6-(羟基甲基)四氢吡喃-2-基]氧基-2-羟基环己基]氧基-5-甲基-4-甲基氨基四氢吡喃-3,5-二醇 在 GenQ 作用下， 生成 6'-dehydro-6'-oxogentamicin X2
  参考文献：
  名称：

  C3 脱氧途径的表征揭示了氨基糖苷类生物合成的关键分支点

  摘要：

  安普霉素是一种临床上有趣的氨基糖苷类抗生素 (AGA)，它含有一个非常独特的双环八糖部分，并且这种八糖在 C3 位置被脱氧。尽管大多数含 2-脱氧链霉胺的 AGA 的生物合成途径已得到充分表征，但安普霉素生物合成途径（包括 C3 脱氧过程）长期以来一直未知。在这里，我们报告了通过一系列遗传、生化和生物信息学研究对安普霉素生物合成的详细调查。我们表明 AprD4 是一种新型自由基 S-腺苷-l-甲硫氨酸 (SAM) 酶，它使用非规范的 CX3CX3C 基序结合 [4Fe-4S] 簇，并催化巴马明的脱水，巴马明是安普霉素生物合成中的一种假双糖中间体。我们还表明 AprD3 是一种 NADPH 依赖性还原酶，可催化 AprD4 催化反应中脱水产物的还原，生成 lividamine，一种 C3' 脱氧的 paromamine 产物。AprD4 和 AprD3 不形成紧密的催化复合物，如蛋白质复合物

  DOI：

  10.1021/jacs.6b02221
• 作为产物：
  描述：

  Acetic acid (2R,3R,4R,5R)-4-(benzyloxycarbonyl-methyl-amino)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-bis-benzyloxycarbonylamino-2,3-dihydroxy-cyclohexyloxy)-5-hydroxy-5-methyl-tetrahydro-pyran-3-yl ester 在 palladium on activated charcoal 盐酸 、 calcium sulfate 、 4 A molecular sieve 、 氢气 、 sodium methylate 、 氰化汞 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 溶剂黄146 、 乙腈 为溶剂， 反应 75.0h， 生成 2-[4,6-二氨基-3-[3-氨基-4,5-二羟基-6-(羟基甲基)四氢吡喃-2-基]氧基-2-羟基环己基]氧基-5-甲基-4-甲基氨基四氢吡喃-3,5-二醇
  参考文献：
  名称：

  Paulsen, Hans; Schroeder, Bernd; Boettcher, Henning, Chemische Berichte, 1981, vol. 114, # 1, p. 322 - 332

  摘要：

  DOI：

文献信息

• [EN] COMPOSITIONS FOR PROMOTING READTHROUGH OF PREMATURE TERMINATION CODONS, AND METHODS OF USING THE SAME<br/>[FR] COMPOSITIONS PERMETTANT DE FAVORISER LA TRANSLECTURE DE CODONS DE TERMINAISON PRÉMATURÉE, ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：THE CENTRE FOR DRUG RES AND DEV

  公开号：WO2017049409A1

  公开（公告）日：2017-03-30

  Disclosed are compounds of general formula (I) that promote readthrough of a premature termination codon (PTC) of an RNA molecule in a translation system, and their use, alone or in combination with other compounds, such as aminoglycoside, to treat diseases or disorders ameliorated by modulation of a premature termination codon (PTC) of an RNA molecule in a translation system. The disorder or disease may be Dystrophic epidermolysis bullosa, Batten disease, Duchenne muscular dystrophy, cancer, and spinal muscular atrophy. Ar-L-B (I)

  公开了通式(I)的化合物，它们能够促进RNA分子在翻译系统中过早终止密码子(PTC)的通读，以及它们单独或与其他化合物如氨基糖苷的组合使用，用于治疗通过调节翻译系统中RNA分子的过早终止密码子(PTC)而得到改善的疾病或失调。该疾病或失调可能是营养不良性表皮松解症、贝敦病、杜氏肌营养不良症、癌症和脊髓性肌萎缩症。Ar-L-B (I)
• Synthesis of Gentamicin Minor Components: Gentamicin B1 and Gentamicin X2
  作者：Parasuraman Rajasekaran、David Crich

  DOI：10.1021/acs.orglett.0c01107

  日期：2020.5.15

  studies, the synthesis of a fully and selectively protected garamine-based acceptor has been developed from readily available sisomicin. Glycosylation of this acceptor with a 6-azido-6,7-dideoxy-d-glycero-d-glucoheptopyranosyl donor affords gentamicin B1 after deprotection, whereas employment of a 2-azido-2-deoxy-d-glucopyranosyl donor under N,N-dimethylformamide-directed glycosylation conditions affords

  临床氨基糖苷类抗生素庆大霉素是几种难以分离的主要成分和次要成分的混合物。微量成分的相对不可及性尤其使将抗菌活性与肾毒性和/或耳毒性分开并澄清可能具有治疗意义的通读活性的起源的努力变得复杂。为了促进此类研究，已经从容易获得的西索霉素开发了完全和选择性保护的基于加拉明的受体的合成。该受体与6-叠氮基-6,7-二脱氧-d-甘油-d-葡萄糖庚基吡喃糖基供体的糖基化在脱保护后提供庆大霉素B1，而在N，N下使用2-叠氮基-2-脱氧-d-吡喃葡萄糖基供体-二甲基甲酰胺指导的糖基化条件在脱保护后得到庆大霉素X2。
• [EN] ANIONIC CONJUGATES OF GLYCOSYLATED BACTERIAL METABOLITE<br/>[FR] CONJUGUÉS ANIONIQUES D'UN MÉTABOLITE BACTÉRIEN GLYCOSYLÉ
  申请人：GLYCAN BIOSCIENCES PTY LTD

  公开号：WO2010037179A1

  公开（公告）日：2010-04-08

  The invention relates to anionic conjugates of glycosylated bacterial metabolites that may be used to mimic the structure and/or activity of the anionic bioactive molecules known as glycosaminoglycans (GAGs). The invention also relates to processes for the preparation of the conjugates. Such conjugates are useful in the prophylaxis and/or treatment of disease conditions and in particular chronic disease conditions such as inflammatory (including allergic) diseases, metastatic cancers and infection by pathogenic agents including bacteria, viruses or parasites.

  该发明涉及与糖基化细菌代谢产物的阴离子结合物，可用于模拟被称为糖胺聚糖（GAGs）的阴离子生物活性分子的结构和/或活性。该发明还涉及制备这些结合物的过程。这些结合物在预防和/或治疗疾病条件方面具有用处，特别是慢性疾病条件，如炎症（包括过敏）疾病、转移性癌症和感染病原体（包括细菌、病毒或寄生虫）的情况。
• Delineating the Biosynthesis of Gentamicin X2, the Common Precursor of the Gentamicin C Antibiotic Complex
  作者：Chuan Huang、Fanglu Huang、Eileen Moison、Junhong Guo、Xinyun Jian、Xiaobo Duan、Zixin Deng、Peter F. Leadlay、Yuhui Sun

  DOI：10.1016/j.chembiol.2014.12.012

  日期：2015.2

  Gentamicin C complex is a mixture of aminoglycoside antibiotics used worldwide to treat severe Gram-negative bacterial infections. Despite its clinical importance, the enzymology of its biosynthetic pathway has remained obscure. We report here insights into the four enzyme-catalyzed steps that lead from the first-formed pseudotrisaccharide gentamicin A2 to gentamicin X2, the last common intermediate

  庆大霉素 C 复合物是一种氨基糖苷类抗生素的混合物，在世界范围内用于治疗严重的革兰氏阴性细菌感染。尽管其具有临床重要性，但其生物合成途径的酶学仍不清楚。我们在此报告了从最初形成的假三糖庆大霉素 A2 到庆大霉素 X2 的四个酶催化步骤的见解，庆大霉素 X2 是 C 复合物所有组分的最后一个常见中间体。我们已经使用了单个基因的靶向突变和体外通路部分的重组来证明 A2 的 C-3" 处的仲醇功能首先转化为胺，这是由氧化还原酶 GenD2 和转氨酶 GenS2 的串联操作催化的。 . 然后胺被 S-腺苷-l-甲硫氨酸 (SAM) 依赖性 N-甲基转移酶 GenN 特异性甲基化，形成庆大霉素 A。
• Amino glycoside antibiotics having antiprotozoal and anthelmintic
  申请人：Schering Corporation

  公开号：US04389398A1

  公开（公告）日：1983-06-21

  In the fermentation production of gentamicin C a plurality of additional antibiotic compounds are obtained. Four of these compounds, gentamicin A, gentamicin B, gentamicin B.sub.1 and gentamicin X exhibit significant anti-protozoal and anthelmintic activity while gentamicin B and B.sub.1 have significant antibacterial properties with markedly reduced side affects.

  在庆大霉素C的发酵生产中，获得了多种额外的抗生素化合物。其中四种化合物，庆大霉素A、庆大霉素B、庆大霉素B.sub.1和庆大霉素X表现出显著的抗原虫和驱虫活性，而庆大霉素B和B.sub.1具有显著的抗菌性能，副作用显著降低。