烷基二嗪嗪经常用于光亲和标记,以绘制靶标鉴定研究中小分子-蛋白质相互作用的图谱。然而,烷基二嗪可以以 pH 依赖性方式优先标记酸性
氨基酸和酸性蛋白质表面,可能是通过反应性烷基重氮中间体。在这里,我们探索了使用环应变来改变这些反应性偏好,并报告了具有降低 pH 依赖性反应性的
环丁烷二氮嗪光亲和标签的开发,称为 PALBOX。我们表明,与其他二嗪标签相比,PALBOX 在体外具有不同的反应性特征,并且很容易掺入小分子中以分析它们在细胞中的结合相互作用。使用一组小分子片段和
配体,我们表明配备 PALBOX 的光亲和探针可以标记细胞中的已知蛋白质靶标,同时减少已知烷基
二氮嗪脱靶的标记。最后,我们证明配备 PALBOX 的
配体可以准确定位小分子-蛋白质结合位点。因此,PALBOX 是一种基于
二氮嗪的多功能光亲和标签,用于开发用于光亲和标记实验的
化学探针,包括小分子-蛋白质相互作用的研究。