在这项工作中,我们介绍和讨论一整套新的和以前合成的化合物,它们分别属于5个不同的线性芳族N-多环系统分子类别,可有效抑制牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染。耦合的计算机/体外研究人员使用
分子生物学原理来解释所有分子对BVDV RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)NS5B的显着亲和力。我们最初开发了三维共有特征的药效团模型,根据该模型,两个分子结合病毒聚合酶时,两个氢键受体和一个疏
水性芳香族特征将共享。药效学信息用于检索BVDV RdRp表面上的推定结合位点,并指导化合物对接在蛋白质结合位点内。通过基于分子动力学的模拟对所有化合物对酶的亲和力进行了评分,显示出与体外
EC 50的高度相关性数据。确定参与
抑制剂结合的蛋白质残基的相互作用谱,突出显示了
氨基酸R295和Y674是两个基本的H键供体,而两个疏
水腔HC1(残基A221,I261,I287和Y289)和HC2(残基V216) ,Y303,V