The effect of pyridyl substituents on the thermodynamics of porphyrin binding to G-quadruplex DNA
作者:Gerald B. Rowland、Kerry Barnett、Jesse I. DuPont、Gopalakrishna Akurathi、Vu H. Le、Edwin A. Lewis
DOI:10.1016/j.bmc.2013.09.036
日期:2013.12
efficient and that result in higher yields. We have used ITC, CD, and ESI-MS to explore the effects of the number of N-methyl-4-pyridyl substituents and the substituent position on the porphyrin on the G-quadruplex binding energetics. The relative affinities for binding these ligands to the WT Bcl-2 promoter sequence G-quadruplex are: KTMPyP4 ≈ KP(5,15) > KP(5,10,15) >>> KP(5,10), KP(5). The saturation
迄今为止,大多数报道的G-四链体相互作用分子都包含扩展的芳香族平环系统,并且据信主要是通过π-π堆叠结合在四链体结构的末端G-四联体上。一种这样的分子,TMPyP4,(5,10,15,20-四(N-甲基-4-吡啶基)卟啉),对G-四链体DNA显示出比双链体DNA更高的亲和力和某些选择性。尽管不是现实的候选药物,但TMPyP4在许多核酸研究实验室中用作模型分子配体,用于研究小分子G-四链体相互作用。在这里,我们报告了只有1个,2个或3个(N-甲基-4-吡啶基)取代基的四个新型阳离子卟啉配体的合成和G-四链体相互作用。四个新的配体是:P(5)(5-(Ñ甲基-4-吡啶基)卟啉),P(5,10)(5,10二(ñ -甲基-4-吡啶基)卟啉),P(5,15)(5,15二(ñ -甲基-4-吡啶基)卟啉)和P(5,10,15)(5,10,15-三(N-甲基-4-吡啶基)卟啉)。即使这些化合物以前已经合成过