[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-2-[[[[3-[2-(2-苯甲酰硫乙基氨基甲酰)乙基氨基甲酰]-3-羟基-2,2-二甲基-丙氧基]-羟基-磷酰]氧基-羟基-磷酰]氧基甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]氧基膦酸 | 6756-74-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 中文名称: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-2-[[[[3-[2-(2-苯甲酰硫乙基氨基甲酰)乙基氨基甲酰]-3-羟基-2,2-二甲基-丙氧基]-羟基-磷酰]氧基-羟基-磷酰]氧基甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]氧基膦酸
• 英文名称: S-benzoyl coenzyme A
• 英文别名: benzoyl-CoA；S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonooxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] benzenecarbothioate
• CAS: 6756-74-7
• 化学式: C₂₈H₄₀N₇O₁₇P₃S
• 分子量: 871.65
• InChiKey: VEVJTUNLALKRNO-TYHXJLICSA-N

物化性质

• 密度：
  1.82±0.1 g/cm3(Predicted)
• 物理描述：
  Solid

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4
• 重原子数：
  56
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  389
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-2-[[[[3-[2-(2-苯甲酰硫乙基氨基甲酰)乙基氨基甲酰]-3-羟基-2,2-二甲基-丙氧基]-羟基-磷酰]氧基-羟基-磷酰]氧基甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]氧基膦酸 在 glucose-6-phosphate 、 Azoarcus evansii KB₇₄₀ benzoyl-CoA oxygenase BoxB with C-terminal Strep-tag 、 Azoarcus evansii reductase BoxA 、 氧气 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 、 magnesium chloride 、 glucose 6-phosphate dehydrogenase 作用下， 生成 2,3-epoxybenzoyl-CoA
  参考文献：
  名称：

  通过环氧化物形成对苯甲酸盐进行辅酶 A 依赖性有氧代谢。

  摘要：

  在芳香底物的有氧代谢中，加氧酶利用分子氧羟基化并最终裂解芳香环。在常见的中间体苯甲酸酯的情况下，开环底物是儿茶酚（在细菌中）或 3,4-二羟基苯甲酸酯（原儿茶酸酯，主要在真菌中）。我们之前已经证明，许多细菌，例如这里研究的有机体 Azoarcus evansii，使用完全不同的机制。这种复杂的途径需要形成苯甲酰辅酶 A，然后是加氧酶反应和非氧化环裂解。苯甲酰-CoA 转化由含铁的苯甲酰-CoA 加氧酶 (BoxB) 与 FAD 和含有还原酶 (BoxA) 的铁硫中心共同催化，后者从 NADPH 中提供电子。在这里我们表明苯甲酰辅酶 A 加氧酶实际上不形成 2, 苯甲酰-CoA 的 3-二氢二醇，如以前所假设的，但 2,3-环氧化物。烯酰-CoA 水合酶 (BoxC) 使用两个分子的水首先水解打开 2,3-环氧苯甲酰-CoA 的环，这可以通过其互变异构的七元氧塞平环形式进行。然后将环 C2 水解为甲酸，产生

  DOI：

  10.1074/jbc.m110.124156
• 作为产物：
  描述：

  (R)-3-(2,2,5,5-tetramethyl-1,3-dioxane-4-carboxamido)propanoic acid 在 CoaA, CoaD and CoaE enzymes were amplified from a colony of E_. coli BL₂₁(DE₃) 、 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 33.0h， 生成 [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-2-[[[[3-[2-(2-苯甲酰硫乙基氨基甲酰)乙基氨基甲酰]-3-羟基-2,2-二甲基-丙氧基]-羟基-磷酰]氧基-羟基-磷酰]氧基甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]氧基膦酸
  参考文献：
  名称：

  酰基辅酶A底物的化学酶法合成使小分子和蛋白质的原位标记成为可能。

  摘要：

  描述了一种化学酶促方法，其产生全功能的酰基辅酶A分子，然后将其用作底物以驱动原位酰基转移反应。还说明了基于质谱的测定法，以验证酰基辅酶A酶产物的身份。该方法响应于可以修饰为其相应的辅酶A硫酯的各种羧酸，在利用酰基辅酶A底物的广泛化学生物学研究中具有潜在的应用前景。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.5b02113
• 作为试剂：
  描述：

  1,1',2,2'-tetramethyl-4,4'-bipyridinium dichloride 在 1,5-dienoyl-CoA 、 [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-2-[[[[3-[2-(2-苯甲酰硫乙基氨基甲酰)乙基氨基甲酰]-3-羟基-2,2-二甲基-丙氧基]-羟基-磷酰]氧基-羟基-磷酰]氧基甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]氧基膦酸 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  Reversible Biological Birch Reduction at an Extremely Low Redox Potential

  摘要：

  The Birch reduction of aromatic rings to cyclohexadiene compounds is widely used in chemical synthesis and requires solvated electrons, the most potent reductants known in organic chemistry. Benzoyl-coenzyme A (CoA) reductases (BCR) are key enzymes in the anaerobic bacterial degradation of aromatic compounds and catalyze an analogous reaction under physiological conditions. Class I BCRs are FeS enzymes and couple the reductive dearomatization of benzoyl-CoA to cyclohexa-1,5-diene-1-carboxyl-CoA (dienoyl-CoA) to a stoichiometric ATP hydrolysis. Here, we report on a tungsten-containing class II BCR from Geobacter metallireducens that catalyzed the fully reversible, ATP-independent dearomatization of benzoyl-CoA to dienoyl-CoA. BCR additionally catalyzed the disproportionation of dienoyl-CoA to benzoyl-CoA/monoenoyl-CoA and the four- and six-electron reduction of benzoyl-CoA in the presence of a reduced low-potential bridged 2,2'-bipyridyl redox dye. Reversible redox titration experiments in the presence of this redox dye revealed a midpoint potential of E-0'= -622 mV for the benzoyl-CoA/dienoyl-CoA couple, which is far below the values of other known reversible substrate/product redox couples in enzymology. This work demonstrates the efficiency of reversible metalloenzyme catalysis, which in chemical synthesis can only be achieved under essentially irreversible conditions.

  DOI：

  10.1021/ja103448u

文献信息

• Characterization of Arylalkylamine <i>N</i>-Acyltransferase from <i>Tribolium castaneum</i>: An Investigation into a Potential Next-Generation Insecticide Target
  作者：Brian G. O’Flynn、Eric M. Lewandowski、Karin Claire Prins、Gabriela Suarez、Angelica N. McCaskey、Nasha M. Rios-Guzman、Ryan L. Anderson、Britney A. Shepherd、Ioannis Gelis、James W. Leahy、Yu Chen、David J. Merkler

  DOI：10.1021/acschembio.9b00973

  日期：2020.2.21

  short-chain acyl-CoAs (C2-C10), benzoyl-CoA, and succinyl-CoA functioning in the role of acyl donor. Recombinant TcAANAT0 was expressed and purified from E. coli and was used to investigate the kinetic and chemical mechanism of catalysis. The kinetic mechanism is an ordered sequential mechanism with the acyl-CoA binding first. pH-rate profiles and site-directed mutagenesis studies identified amino acids critical

  杀虫剂抗性问题日益严重，这意味着确定新的杀虫剂目标变得前所未有的重要。芳烷基胺 N-酰基转移酶 (AANATs) 已被建议作为潜在的新目标。这些混杂的酶参与生物胺的 N-酰化以形成 N-酰胺。在昆虫中，这个过程是黑色素、角质层硬化、生物胺去除和脂肪酸酰胺生物合成的关键步骤。表征的每个 AANAT 同种型的独特性质表明每个生物体都容纳了该生物体相对专有的离散 AANAT 组装。这意味着在杀虫剂设计中具有很高的选择性，同时也保持了多药性。此处介绍了对 AANAT 的全面动力学和结构分析，该分析在世界上所有植物商品中最常见的次生害虫之一 Tribolium castaneum 中发现。这种名为 TcAANAT0 的酶催化短链 N-酰基芳基烷基胺的形成，其中短链酰基辅酶 A (C2-C10)、苯甲酰辅酶 A 和琥珀酰辅酶 A 在酰基供体的作用下起作用。从大肠杆菌中表达和纯化重组 TcAANAT0，
• The Botrytis cinerea type III polyketide synthase shows unprecedented high catalytic efficiency toward long chain acyl-CoAs
  作者：Marimuthu Jeya、Tae-Su Kim、Manish Kumar Tiwari、Jinglin Li、Huimin Zhao、Jung-Kul Lee

  DOI：10.1039/c2mb25282a

  日期：——

  BPKS from Botrytis cinerea is a novel type III polyketide synthase that accepts C4–C18 aliphatic acyl-CoAs and benzoyl-CoA as the starters to form pyrones, resorcylic acids and resorcinols through sequential condensation with malonyl-CoA. The catalytic efficiency (kcat/Km) of BPKS was 2.8 × 105 s−1 M−1 for palmitoyl-CoA, the highest ever reported. Substrate docking analyses addressed the unique features of BPKS such as its high activity and high specificity toward long chain acyl-CoAs.

  葡萄孢菌（Botrytis cinerea）中的BPKS是一种新型III型聚酮合酶，能够接受C4-C18的脂肪酰辅酶A和苯甲酰辅酶A作为起始物，通过与丙二酰辅酶A的连续缩合反应形成吡喃酮、间苯二酚酸和间苯二酚。BPKS对棕榈酰辅酶A的催化效率（kcat/Km）高达2.8 × 10^5 s^-1 M^-1，是有史以来报道的最高值。底物对接分析揭示了BPKS独特的特性，如其对长链酰基辅酶A的高活性和高特异性。
• Exploring the Substrate Promiscuity of Drug-Modifying Enzymes for the Chemoenzymatic Generation of N-Acylated Aminoglycosides
  作者：Keith D. Green、Wenjing Chen、Jacob L. Houghton、Micha Fridman、Sylvie Garneau-Tsodikova

  DOI：10.1002/cbic.200900584

  日期：——

  Creating a synthesis tool: We have developed a chemoenzymatic method for the production of N‐acylated aminoglycosides using aminoglycoside acetyltransferases and acyl coenzymes A. The methodology enables rapid production followed by antimicrobial testing of synthetically challenging aminoglycosides.

  创建合成工具：我们开发了一种化学酶法，使用氨基糖苷乙酰转移酶和酰基辅酶 A 生产 N-酰化氨基糖苷。该方法能够快速生产，然后对合成上具有挑战性的氨基糖苷进行抗菌测试。
• Biocatalytic Synthesis of α-Amino Ketones
  作者：Stephanie W. Chun、Alison R. H. Narayan

  DOI：10.1055/s-0037-1611755

  日期：2019.7

  Stereospecific generation of α-amino ketones from common α-amino acids is difficult to achieve, often employing superstoichiometric alkylating reagents and requiring multiple protecting group manipulations. In contrast, the α-oxoamine synthase protein family performs this transformation stereospecifically in a single step without the need for protecting groups. Herein, we detail the characterization

  从常见的 α-氨基酸立体有择地生成 α-氨基酮是很难实现的，通常使用超化学计量的烷基化试剂并需要多个保护基团操作。相比之下，α-氧代胺合酶蛋白家族在一个步骤中立体特异性地进行这种转化，而无需保护基团。在此，我们详细介绍了四域聚酮化合物样合酶 SxtA 的 8-氨基-7-氧代壬酸合酶 (AONS) 域的表征，该域天然介导了精氨酸的乙基酮衍生物的形成。阐明了四个结构域中每个结构域的功能，从而提出了启动石房蛤毒素生物合成（一种有效的神经毒素）的修订提案。我们还展示了 SxtA AONS 的合成潜力，
• A Flexible Polyphosphate-Driven Regeneration System for Coenzyme A Dependent Catalysis
  作者：Silja Mordhorst、Alice Maurer、Désirée Popadić、Johanna Brech、Jennifer N. Andexer

  DOI：10.1002/cctc.201700848

  日期：2017.11.23

  exploited owing to the lack of an efficient regeneration system. Here, we report an acyl‐CoA regeneration system with integrated adenosine triphosphate (ATP) regeneration that is based on inexpensive polyphosphate as the single energy source. In the four‐enzyme cascade, two cofactors, acyl‐CoA and ATP, are each regenerated up to 2000 times. The applicability for different acyl donors and acceptors is shown

  辅酶A（CoA）是生化反应中常见的辅因子，依赖于CoA的酶催化合成代谢和分解代谢中的关键步骤。这种复杂的分子在许多高价值产品的合成中也起着重要作用，例如合成抗生素，维生素，信息素和生物聚合物。然而，由于缺乏有效的再生系统，生物催化过程的合成潜力无法得到充分利用。在这里，我们报告了一种基于酰基磷酸三乙腺苷（ATP）再生的酰基辅酶A再生系统，该再生系统基于廉价的多磷酸盐作为单一能源。在四酶级联反应中，两个辅因子酰基辅酶A和ATP分别再生多达2000次。通过HPLC分析显示了对于不同的酰基供体和受体的适用性。