methyl 3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-α-L-mannopyranosyl]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(N-β-fluorenylmethoxycarbonyl-β-alanyl)-amido-β-D-glucopyranoside | 864874-19-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: methyl 3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-α-L-mannopyranosyl]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(N-β-fluorenylmethoxycarbonyl-β-alanyl)-amido-β-D-glucopyranoside
• 英文别名: 9H-fluoren-9-ylmethyl N-[3-[[(2R,4aR,6R,7R,8R,8aS)-8-[(2S,3R,4R,5S,6S)-4-[(2S,3R,4R,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(phenylmethoxy)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-3,5-bis(phenylmethoxy)oxan-2-yl]oxy-6-methoxy-2-phenyl-4,4a,6,7,8,8a-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-7-yl]amino]-3-oxopropyl]carbamate
• CAS: 864874-19-1
• 化学式: C₇₉H₈₄N₂O₁₇
• 分子量: 1333.54
• InChiKey: ZFIIMUZJMZKPKY-BKKVYBTFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.5
• 重原子数：
  98
• 可旋转键数：
  29
• 环数：
  13.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  208
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  17

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-α-L-mannopyranosyl]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(N-β-fluorenylmethoxycarbonyl-β-alanyl)-amido-β-D-glucopyranoside 在 sodium hypochlorite 、 sodium chloride 2,2,6,6-tetramethyl-piperidine-N-oxyl 、 四丁基氯化铵 、 potassium bromide 作用下， 以 二氯甲烷 、 碳酸氢钠 为溶剂， 以63%的产率得到methyl 3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-α-L-mannurono]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(N-β-fluorenylmethoxycarbonyl-β-alanyl)-amido-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  The design, synthesis and evaluation of high affinity macrocyclic carbohydrate inhibitors

  摘要：

  碳水化合物-蛋白质相互作用已针对一种单克隆抗体模型系统 SYA/J6 进行了研究，该抗体结合了志贺氏杆菌柔性 Y 型脂多糖 O-多糖的三糖表位。天然三糖表位的甲基糖苷（Rha-Rha-GlcNAc，1）与 SYA/J6 在不同温度下的结合热力学表现为强烈的线性焓-熵补偿和负热容变化（ΔCp = -152 卡/摩尔/度）。在 293 K 时，结合自由能是焓和熵的有利贡献之和（ΔH = -3.9 千卡/摩尔，-TΔS = -2.9 千卡/摩尔）。SYA/J6 Fab 的晶体结构详细描述了天然三糖表位 Rha-Rha-GlcNAc（1）的位置，并促成了一种策略，即设计一种更紧密结合的低分子量配体。这一策略包括通过添加内分子约束（β-丙氨酸或甘氨酸接头）使天然三糖 1 在其结合构象中预排列。ELISA 测量表明，甘氨酸接头的三糖 2 不是进一步分析的理想候选物，而微量热法数据显示，β-丙氨酸接头的三糖 3 对 SYA/J6 的亲和力提高了 15 倍。与天然三糖 1 相比，3 的接头导致了对结合有利的熵贡献（-TΔΔS = -1.2 千卡/摩尔）。使用 AMBER Plus 力场进行的势能和动力学计算表明，三糖 3 采取了类似于天然三糖表位结合构象的刚性构象。尽管这种策略通过最小化构象熵损失实现了适度的自由能增益，但热力学数据与溶剂重组的大量贡献是一致的。

  DOI：

  10.1039/b416105j
• 作为产物：
  描述：

  methyl 2-amino-3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-6-O-tert-butyl-diphenylsilyl-α-L-mannopyranosyl]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-β-D-glucopyranoside 在 N-乙基吗啉 、 四丁基氟化铵 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 methyl 3-O-(2,4-di-O-benzyl-3-O-[2,3,4-tri-O-benzyl-α-L-mannopyranosyl]-α-L-rhamnopyranosyl)-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(N-β-fluorenylmethoxycarbonyl-β-alanyl)-amido-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  The design, synthesis and evaluation of high affinity macrocyclic carbohydrate inhibitors

  摘要：

  碳水化合物-蛋白质相互作用已针对一种单克隆抗体模型系统 SYA/J6 进行了研究，该抗体结合了志贺氏杆菌柔性 Y 型脂多糖 O-多糖的三糖表位。天然三糖表位的甲基糖苷（Rha-Rha-GlcNAc，1）与 SYA/J6 在不同温度下的结合热力学表现为强烈的线性焓-熵补偿和负热容变化（ΔCp = -152 卡/摩尔/度）。在 293 K 时，结合自由能是焓和熵的有利贡献之和（ΔH = -3.9 千卡/摩尔，-TΔS = -2.9 千卡/摩尔）。SYA/J6 Fab 的晶体结构详细描述了天然三糖表位 Rha-Rha-GlcNAc（1）的位置，并促成了一种策略，即设计一种更紧密结合的低分子量配体。这一策略包括通过添加内分子约束（β-丙氨酸或甘氨酸接头）使天然三糖 1 在其结合构象中预排列。ELISA 测量表明，甘氨酸接头的三糖 2 不是进一步分析的理想候选物，而微量热法数据显示，β-丙氨酸接头的三糖 3 对 SYA/J6 的亲和力提高了 15 倍。与天然三糖 1 相比，3 的接头导致了对结合有利的熵贡献（-TΔΔS = -1.2 千卡/摩尔）。使用 AMBER Plus 力场进行的势能和动力学计算表明，三糖 3 采取了类似于天然三糖表位结合构象的刚性构象。尽管这种策略通过最小化构象熵损失实现了适度的自由能增益，但热力学数据与溶剂重组的大量贡献是一致的。

  DOI：

  10.1039/b416105j