uridine 2',3'-cyclic phosphate | 606-02-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: uridine 2',3'-cyclic phosphate
• 英文别名: uridine 2',3'-cyclic monophosphate；2',3'-cUMP；1-[(3aR,4R,6R,6aR)-2-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-2-oxo-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-4-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 606-02-0
• 化学式: C₉H₁₁N₂O₈P
• 分子量: 306.169
• InChiKey: HWDMHJDYMFRXOX-XVFCMESISA-N

物化性质

• 密度：
  1.85±0.1 g/cm3(Predicted)
• 物理描述：
  Solid

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  135
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  uridine 2',3'-cyclic phosphate 生成 尿苷酸
  参考文献：
  名称：

  Conformational behavior of hyaluronan in relation to its physical properties as probed by molecular modeling

  摘要：

  透明质酸（HA）是一种线性带电多糖，其结构由重复的二糖单元组成。关于HA在固态下螺旋结构的本质，已有明显相互矛盾的报道。最近，多糖分子建模领域的发展为重新审视有序结构形成和稳定的结构基础及其与反离子相互作用提供了新机会。通过使用MM3力场的分子力学计算，研究了HA的二糖、三糖和四糖片段的构象空间和低能构象。首先，利用这些结果来获取相应多糖的构象统计数据。预测在25°C下，具有75 Å持久长度的无序链。接着，对HA稳定有序形式的探索导致了众多螺旋构象的发现，包括左旋和右旋，具有可比的能量。其中几种构象与实验观察到的相符，展示了多糖的多样性。也探讨了双链螺旋形式，并将理论结构与实验导出的结构进行了比较。

  DOI：

  10.1093/glycob/10.6.587
• 作为产物：
  描述：

  alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 在 氨 、 三氟乙酸酐 作用下， 生成 uridine 2',3'-cyclic phosphate
  参考文献：
  名称：

  Conformational behavior of hyaluronan in relation to its physical properties as probed by molecular modeling

  摘要：

  透明质酸（HA）是一种线性带电多糖，其结构由重复的二糖单元组成。关于HA在固态下螺旋结构的本质，已有明显相互矛盾的报道。最近，多糖分子建模领域的发展为重新审视有序结构形成和稳定的结构基础及其与反离子相互作用提供了新机会。通过使用MM3力场的分子力学计算，研究了HA的二糖、三糖和四糖片段的构象空间和低能构象。首先，利用这些结果来获取相应多糖的构象统计数据。预测在25°C下，具有75 Å持久长度的无序链。接着，对HA稳定有序形式的探索导致了众多螺旋构象的发现，包括左旋和右旋，具有可比的能量。其中几种构象与实验观察到的相符，展示了多糖的多样性。也探讨了双链螺旋形式，并将理论结构与实验导出的结构进行了比较。

  DOI：

  10.1093/glycob/10.6.587

文献信息

• Cleavage of the Phosphodiester Bond of Uridylyl-(3′,5′)-8-Carboxymethylaminoadenosine by Hydronium, Hydroxide and Zinc(Ii) Ions: A Model Study Aimed at Elucidating the Potential of a Carboxylate Function as an Intramolecular Catalyst
  作者：Satu Mikkola、Mikko Oivanen、Kari Neuvonen、Suvi Piitari、Kaisa Ketomäki、Harri Lönnberg

  DOI：10.1080/15257770008045452

  日期：2000.10

  Uridylyl-(3',5')-8-carboxymethylaminoadenosine has been synthesised, and its transesterification to uridine 2',3'-cyclic phosphate in the presence and absence of Zn2+ ion has been studied. The results show that a carboxylate function in the vicinity of the phosphodiester bond accelerates the metal ion promoted cleavage but not the metal ion independent reaction. Under acidic conditions, the predominant

  合成了铀酰-（3'，5'）-8-羧甲基氨基腺苷，并且研究了在有和没有Zn2 +离子的情况下将其酯交换为尿苷2'，3'-环状磷酸酯。结果表明，磷酸二酯键附近的羧酸盐功能促进金属离子促进的裂解，但不促进金属离子非依赖性反应。在酸性条件下，主要反应是侧链的裂解，得到8-氨基衍生物。
• Synthesis and Properties of Diuridine Phosphate Analogues Containing Thio and Amino Modifications
  作者：James B. Thomson、Bhisma K. Patel、Victor Jiménez、Klaus Eckart、Fritz Eckstein

  DOI：10.1021/jo960795l

  日期：1996.1.1

  pH 9, indicating that attack on the phosphorus by the 2'-oxo anion is rate-limiting in the hydrolysis mechanism. In contrast, the rate of uridylyl (3'-5') 5'-amino-5'-deoxyuridine (UpnU) hydrolysis fell from a value of 1802 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 5 to 140 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 7.5, where it remained constant up to pH 11.5, thus indicating an acid-catalyzed reaction. The analogue 2'-amino-2'-deoxyuridylyl

  为了研究为什么用2'-氨基取代2'-羟基会阻止水解，合成了磷酸二尿苷（UpU）的几种类似物。设计这些类似物以研究2'-取代基和5'-离去基团对水解速率的影响。所有类似物都比UpU对酸碱催化的水解更加不稳定。在6到9的pH范围内，尿嘧啶（3'-5'）5'-硫代5'-脱氧尿苷（UpsU）的水解速率以对数线性方式从5 x 10的值上升。 （-）（6）s（-）（1）在pH 6到3200 x 10（-）（6）s（-）（1）在pH 9时，表明2'-氧代阴离子对磷的攻击在水解机理中是限速的。相反，尿酸（3'-5'）5'-氨基-5'的比率 -脱氧尿苷（UpnU）水解从pH 5的1802 x 10（-）（6）s（-）（1）降至pH 7.5的140 x 10（-）（6）s（-）（1） ，在高达11.5的pH值下保持恒定，因此表明是酸催化的反应。与amUpT的水解稳定性相反，类似物2'-氨基-2'-脱氧尿苷（3
• Preparation and cleavage reactions of 3′-thiouridylyl-(3′→5′)-uridine
  作者：Xiaohai Liu、Colin B. Reese

  DOI：10.1039/b002155p

  日期：——

  3′-Thiouridylyl-(3′→5′)-uridine [(Us)pU] 3 is prepared by coupling together the disulfide 14 and the 5′-H-phosphonate 18, and then removing the protecting groups. (Us)pU 3 readily undergoes cleavage in 0.05 mol dm−3 sodium glycinate buffer (pH 10.06) at 50 °C to give, in the first instance, uridine 4 and 3′-thiouridine 2′,3′-cyclic phosphorothioate 21; in glacial acetic acid at 30 °C, it rapidly undergoes

  3'-硫代水基-（3'→5'）-尿苷[（Us）pU] 3是通过将二硫化物 14和5'-H-膦酸酯18，然后除去保护基。（Us）pU 3易于在0.05 mol dm -3中裂解 甘氨酸钠 缓冲 （pH 10.06）在50°C的情况下，首先得到 尿苷 4和3'-硫尿苷2'，3'-环硫代磷酸酯21 ; 在冰醋酸在30°C时，它基本上以相同的方式迅速裂解。在相同的碱性和酸性反应条件下，将（Us）pU 3的行为与尿嘧啶-（3'→5'）-尿苷（UpU）1a的行为进行了比较。（Us）pU 3和3'-硫尿苷2'，3'-环硫代磷酸酯21均为核糖核酸酶A的底物；（Us）pU 3是Crotalus adamanteus蛇毒磷酸二酯酶的底物，而不是小牛脾脏磷酸二酯酶的底物。
• Buffer catalyzed cleavage of uridylyl-3′,5′-uridine in aqueous DMSO: comparison to its activated analog, 2-hydroxypropyl 4-nitrophenyl phosphate
  作者：L. Lain、H. Lönnberg、T. A. Lönnberg

  DOI：10.1039/c4ob02682a

  日期：——

  Buffer catalysis of the cleavage and isomerization of uridylyl-3',5'-uridine (UpU) has been studied over a wide pH range in 80% aq. DMSO. The diminished hydroxide ion concentration in this solvent system made catalysis by amine buffers (morpholine, 4-hydroxypiperidine and piperidine) visible even at relatively low buffer concentrations (10-200 mmol L(-1)). The observed catalysis was, however, much

  在80％水溶液中的宽pH范围内，研究了uridylyl-3'，5'-尿苷（UpU）裂解和异构化的缓冲液催化作用。DMSO。即使在相对较低的缓冲液浓度（10-200 mmol L（-1））下，该溶剂系统中氢氧根离子浓度的降低也使得可见由胺缓冲液（吗啉，4-羟基哌啶和哌啶）催化。但是，在相同的溶剂系统中，所观察到的催化作用比以前报道的活化的RNA模型2-羟丙基4-硝基苯基磷酸酯（HPNP）弱得多。在吗啉的情况下，酸性和碱性缓冲液成分的贡献都很大，而4-羟基哌啶和哌啶的酸性成分则不能明确确定参与。
• Lanthanide Catalyzed Cyclization of Uridine 3′-p-Nitrophenyl Phosphate
  作者：Mark A. Rishavy、Alvan C. Hengge、W.W. Cleland

  DOI：10.1006/bioo.2000.1179

  日期：2000.10

  Steady state kinetics and (15)N isotope effects have been used to study the cyclization reaction of uridine 3'-p-nitrophenyl phosphate. The cyclization reaction is catalyzed by transition metal ions and lanthanides, as are substitution reactions of many phosphate esters. Kinetic analysis reveals that the erbium-catalyzed cyclization reaction involves the concerted deprotonation of the 2'-OH group and departure

  稳态动力学和（15）N同位素效应已用于研究尿苷3'-对硝基苯基磷酸酯的环化反应。环化反应由过渡金属离子和镧系元素催化，许多磷酸酯的取代反应也是如此。动力学分析表明，催化的环化反应涉及2'-OH基团的协同去质子化和离去基团的离去。过渡态非常晚，对离去基团的键断裂程度非常高，这可能是由于the对P＆O键的高度极化作用所致。版权所有2000学术出版社。