1-[2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-β-D-ribofuranosyl]thymine | 918132-54-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-β-D-ribofuranosyl]thymine
• CAS: 918132-54-4
• 化学式: C₂₈H₂₉N₃O₇
• 分子量: 519.554
• InChiKey: YFBGHFJTQYBSQX-VQKGGZGBSA-N

物化性质

• 密度：
  1.33±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.76
• 重原子数：
  38.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  132.64
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-β-D-ribofuranosyl]thymine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 硫酸 、 sodium methylate 、 sodium hexamethyldisilazane 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 丙酮 、 乙腈 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 [(1R,3R,4R,5R,6S)-1-benzyloxymethyl-6-benzyloxy-5-carbonitrile-3-(thymin-1-yl)-2-oxabicyclo[2.1.1]-hexane]
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977
• 作为产物：
  描述：

  1,2-di-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-D-ribofuranose 、 胸腺嘧啶 在 N-三甲基硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 以6.14 g的产率得到1-[2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-β-D-ribofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977

文献信息

• 4′-Guanidinium-modified siRNA: a molecular tool to control RNAi activity through RISC priming and selective antisense strand loading
  作者：Ganesh N. Nawale、Saeed Bahadorikhalili、Pallabi Sengupta、Sandeep Kadekar、Subhrangsu Chatterjee、Oommen P. Varghese

  DOI：10.1039/c9cc04141a

  日期：——

  We present synthesis, biochemical, biophysical and computational evaluation of 4′ gunanidino modified siRNA.

  我们提出了对4′-guanidino修饰siRNA的合成、生化、生物物理和计算评估。
• WO2007/145593
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• Synthesis of Conformationally Locked Carba-LNAs through Intramolecular Free-Radical Addition to C═N. Electrostatic and Steric Implication of the Carba-LNA Substituents in the Modified Oligos for Nuclease and Thermodynamic Stabilities
  作者：Jianfeng Xu、Yi Liu、Christelle Dupouy、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo901009w

  日期：2009.9.4

  The syntheses of the hitherto unavailable parentfully unsubstituted carba-LNA and its C7'-amino and/or C6'-hydroxyl substituted derivatives, have been accomplished by the intramolecular 5-exo free-radical addition to a C4'-tethered C=N to give carba-LNAs with variable hydrophilic substituents at C6'/C7' (amino and/or hydroxyl). They have been introduced into isosequential antisense oligonucleotides (AONs) to examine how their relative electrostatic and steric effects in the minor groove of a putative AON-RNA duplex affect the target affinity, nuclease resistance, and RNase H elicitation. We show that 2'-oxygen in LNA is important in stabilizing the DNA/DNA and DNA/RNA duplexes vis-a-vis the unsubstituted carba-LNA and its other derivatives and that hydrophobic groups at C6'/C7' in both carba-LNA and carba-ENA relatively destabilize the AON/DNA duplex more profoundly than those in the AON/RNA duplexes. Two main factors affect the relative stabilities of AON/DNA versus AON/RNA duplexes: (i) hydration in the minor groove depending upon hydrophilicity vis-a-vis hydrophobicity of the substituents, and (ii) the relative size of the minor groove in the AON/DNA versus AON/RNA duplexes dictates the steric clash with the substituents depending upon their relative chiralities. We also show how the chirality and chemical nature of the C6'/C7' substituents affect the nuclease stability as well as the thermal stability and the RNase recruitment by AON/RNA duplexes.