3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine | 136041-38-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine
• 英文别名: 3'-O-azidomethyl thymidine；3'-O-(azidomethyl)thymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-(azidomethoxy)-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 136041-38-8
• 化学式: C₁₁H₁₅N₅O₅
• 分子量: 297.271
• InChiKey: DFFIDJGOWPMNJQ-DJLDLDEBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  103
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 储存条件：
  存放在2-8°C的环境中，应保持干燥并密封。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine 在 tris(2,2'-bipyridine)ruthenium(ll) dichloride 、 sodium ascorbate 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  [EN] AZIDOMETHYL ETHER DEPROTECTION METHOD
  [FR] PROCÉDÉ DE DÉPROTECTION DE L'ÉTHER AZIDOMÉTHYLIQUE

  摘要：

  该发明涉及将偶氮甲基醚取代基转化为自由羟基的方法。该发明还涉及使用具有3'-O-偶氮甲基取代基的核苷酸三磷酸酯进行核酸合成和测序的方法，以及包含具有3'-O-偶氮甲基取代基的核苷酸三磷酸酯和光活化过渡金属配合物的试剂盒，以及在核酸合成和测序方法中使用该试剂盒的方法。

  公开号：

  WO2017009663A1
• 作为产物：
  描述：

  5’-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)胸苷 在 甲醇 、 氟化铵 、 磺酰氯 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 、 环己烯 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 76.5h， 生成 3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS

  摘要：

  本发明包括识别聚合酶的方法，例如修饰的末端核苷酸转移酶（TdT），其能够在没有模板的情况下结合包含可移除3'-O阻断基团的核苷酸到核酸启动子上。本发明还包括识别到的聚合酶，以及使用聚合酶进行预定寡核苷酸序列的新生合成的方法。

  公开号：

  US20160108382A1
• 作为试剂：
  描述：

  3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxythymidine 、 环己烯 、 、 叠氮化钠 、 氟化铵 在 氮 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 二氯甲烷 、 Sodium sulfate-III 、 甲醇 、 水 、 ethyl acetate n-hexane 、 3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 28.67h， 以to produce 3′-O-(azidomethyl)thymidine (FIG. 8, Compound 5) as a white powder (550 mg; 71% yield)的产率得到3'-O-(azidomethyl)-2'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS

  摘要：

  该发明涉及一种识别聚合酶的方法，例如改性末端核苷酸转移酶（TdT），该聚合酶能够无需使用模板，将包含可移除的3'-O阻断基团的核苷酸结合到核酸启动子上。该发明还包括已识别的聚合酶以及使用该聚合酶进行预定寡核苷酸序列的新生合成的方法。

  公开号：

  US20160108382A1

文献信息

• Methods and compositions for incorporating nucleotides
  申请人：Intelligent BioSystems Inc.

  公开号：US09399799B2

  公开（公告）日：2016-07-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  该发明提供了一种确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。该发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成方法测序。这些现象包括但不限于序列领先、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而导致的噪声。
• Hydroxymethyl linkers for labeling nucleotides
  申请人：INTELLIGENT BIOSYSTEMS, INC.

  公开号：US09322050B2

  公开（公告）日：2016-04-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了用于确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、装置和系统，例如使用由合成测序方法获得的数据。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成测序方法。这些现象包括但不限于序列引导、序列滞后、光谱串扰以及由照明和/或滤光片响应变化引起的噪声。
• MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYSTHESIS
  申请人：Molecular Assemblies Inc.

  公开号：EP3699283A1

  公开（公告）日：2020-08-26

  The invention includes methods for identifying polymerases, such as modified terminal nucleotidyl transferases (TdT), that are capable of binding nucleotides comprising removable 3'- O-blocking moieties to a nucleic acid initiator, without the use of a template. The invention further includes the identified polymerases, and methods of using the polymerases for de novo synthesis of predetermined oligonucleotide sequences.

  本发明包括鉴定聚合酶的方法，如修饰的末端核苷酸转移酶（TdT），这种聚合酶能够在不使用模板的情况下将包含可移动 3'- O-阻遏分子的核苷酸与核酸引发剂结合。本发明还包括已确定的聚合酶，以及使用这些聚合酶从头合成预定寡核苷酸序列的方法。
• Modified template-independent enzymes for polydeoxynucleotide synthesis
  申请人：Molecular Assemblies, Inc.

  公开号：US10059929B2

  公开（公告）日：2018-08-28

  The invention includes methods for identifying polymerases, such as modified terminal nucleotidyl transferases (TdT), that are capable of binding nucleotides comprising removable 3′-O-blocking moieties to a nucleic acid initiator, without the use of a template. The invention further includes the identified polymerases, and methods of using the polymerases for de novo synthesis of predetermined oligonucleotide sequences.

  本发明包括鉴定聚合酶的方法，如修饰的末端核苷酸转移酶（TdT），这种聚合酶能够在不使用模板的情况下将包含可移动的 3′-O-阻遏分子的核苷酸与核酸引发剂结合。本发明还包括已鉴定的聚合酶，以及使用这些聚合酶从头合成预定寡核苷酸序列的方法。
• Nucleic acid sequencing using affinity reagents
  申请人：MGI Tech Co., Ltd.

  公开号：US10851410B2

  公开（公告）日：2020-12-01

  The invention provides compositions and methods for sequencing nucleic acids and other applications. In sequencing by synthesis, unlabeled reversible terminators are incorporated by a polymerase in each cycle, then labeled after incorporation by binding to the reversible terminator a directly or indirectly labeled antibody or other affinity reagent.

  本发明提供了用于核酸测序和其他应用的组合物和方法。在合成测序中，未标记的可逆终止子在每个循环中被聚合酶掺入，然后通过与可逆终止子结合直接或间接标记的抗体或其他亲和试剂进行标记。