5'-benzoylthymidine | 35898-29-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-benzoylthymidine
• 英文别名: 5'-O-benzoylthymidine；5'-O-Benzoylthymidin；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl benzoate
• CAS: 35898-29-4
• 化学式: C₁₇H₁₈N₂O₆
• 分子量: 346.34
• InChiKey: NOEPYUJTOCSCJP-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-benzoylthymidine 在 Candida antarctica lipase B 、 potassium dihydrogenphosphate 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 168.0h， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  合成3' - O-二甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核苷衍生物作为寡核苷酸合成基础的新型化学酶学方案

  摘要：

  已经开发了用于合成3' - O-二甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核苷的简单，有效且可扩展的化学酶策略。该方法的关键特征是在南极假丝酵母脂肪酶B存在下，通过酶促酰化反应进行5'- O-乙酰丙氨酰-2'-脱氧核苷的区域选择性合成。此外，还观察到乙酰丙氨酰基从5'解封位置与常规的碱保护基完全相容。为了证明该方法的可扩展性，以25 g规模合成了3'- O-二甲氧基三苯甲基胸苷（4a）。这些单体（4 a - d）是合成寡核苷酸的有用组成部分。

  DOI：

  10.1021/op050253i
• 作为产物：
  描述：

  在 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 3.5h， 生成 5'-benzoylthymidine
  参考文献：
  名称：

  胸苷自由基阳离子的独立生成和反应性

  摘要：

  胸苷自由基阳离子（1）是通过电离辐射产生的，已被称为DNA中电子转移的中间体。以前对其结构和反应性的研究已使用胸苷作为前体，因为胸腺嘧啶很容易从1进行重整，因此它限制了定量产物的分析。在该研究中，自由基阳离子1是通过对由芳基硫醚光化学生成的嘧啶自由基进行β杂解而独立生成的。胸苷是pH 7.2时从1的主要产物（33％）。胸苷二醇和相应的5-羟基过氧化物的非对映异构体混合物，其捕集量为1形成。观察到归因于C 1-甲基1的去质子化的产物例如5-甲酰基-2'-脱氧尿苷的产率显着降低。独立生成的N3甲基类似物1（NMe- 1）产生的从水捕集衍生的产物明显更高的产率，和在比这些可归因于NMe-的C5-甲基脱质子高得多的产率形成这些产品1。但是，N3-甲基胸苷是主要产物，当在过量硫醇的存在下生成自由基阳离子时，N3-甲基胸苷的产率高达70％。外源试剂对产物分布的影响与扩散性自由基阳离子的形成是一致的（1，NMe-

  DOI：

  10.1021/acs.joc.7b02017

文献信息

• Potential prodrug derivatives of 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxynucleosides. Preparations and antiviral activities
  作者：Khairuzzaman B. Mullah、T. Sudhakar Rao、Jan Balzarini、Erik De Clercq、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1021/jm00093a003

  日期：1992.7

  prodrug forms of the antivirals 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxyadenosine (D4A) and 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxycytosine (D4C) are reported. The 5'-phenyl- and 5'-methylphosphonates (4, 6, 8, and 10) and their phosphonothionate congeners (5, 7, 9, and 11), with the exception of 10, were inactive in vitro against HIV-1 and HIV-2. However, the 5'-phenyl, 5'-methyl, and 5'-(3'-thymidyl) phosphate diesters

  一系列（4-17）潜在的前药形式的抗病毒药2'，3'-didehydro-2'，3'-dideoxyadenosine（D4A）和2'，3'-didehydro-2'的制备和抗病毒活性，报告了3'-脱氧胞嘧啶（D4C）。5'-苯基和5'-甲基膦酸酯（4、6、8和10）及其膦硫代酸酯同源物（5、7、9和11）（除10外）在体外对HIV-1没有活性和HIV-2。然而，磷酸5'-苯基，5'-甲基和5'-（3'-胸苷基）磷酸二酯（12-17）抑制了HIV-1和HIV-2的细胞病变作用（EC50约为1-60 microM）和细胞毒性（CC50约为35-200 microM），其浓度水平与其母体化合物D4A和D4C相当。这强烈表明二酯被水解成核苷D4A和D4C和/或它们的5'-单磷酸酯。在含有10％胎牛血清的培养基中证明了12和13容易水解为这些产物。这些分子可以用作游离核苷及其5'-单磷酸酯的现成前
• Acylphosphonates
  作者：Mitsuo Fujii、Kouji Ozaki、Mitsuo Sekine、Tsujiaki Hata

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)81630-6

  日期：1987.1

  synthesized by a new method via dideoxyribonucleoside 2,2,2-trichloroethoxycarbonylphosphonates and aroylphosphonates. The conversion of dideoxyribonucleoside 2,2,2-trichloroethoxycarbonylphosphonates to dideoxyribonucleoside trimethylsilyl phosphites by treatment with Me3SiCl-Zn-acetylacetone proceeded with retention configuration at phosphorus. The silyl phosphite intermediates were converted to the phosphorothioates

  通过二脱氧核糖核苷2,2,2-三氯乙氧基羰基膦酸酯和芳酰基膦酸酯通过新方法合成了脱氧核糖核苷硫代磷酸酯。通过用Me 3 SiCl-Zn-乙酰丙酮处理，将双脱氧核糖核苷2,2,2-三氯乙氧基羰基膦酸酯转化为双脱氧核糖核苷三甲基甲硅烷基亚磷酸酯，在磷处具有保留构型。通过用硫原位处理将亚磷酸甲硅烷基酯中间体转化为硫代磷酸酯。通过n-BuNH 2的作用，很容易将芳酰基从8-11上除去，并通过单质硫处理原位转化为双脱氧核糖核苷硫代磷酸酯中的仅一种非对映异构体（Rp-构型）。
• P(V) Reagents for the Scalable Synthesis of Natural and Modified Nucleoside Triphosphates
  作者：Jen-Yu Liao、Saikat Bala、Arlene K. Ngor、Eric J. Yik、John C. Chaput

  DOI：10.1021/jacs.9b04728

  日期：2019.8.28

  Natural and modified nucleoside triphosphates impact nearly every major aspect of healthcare research from DNA sequencing to drug discovery. However, a scalable synthetic route to these molecules has long been hindered by the need for purification by high performance liquid chromatography (HPLC). Here, we describe a fundamental-ly different approach that uses a novel P(V) pyrene pyro-phosphate reagent

  天然和修饰的三磷酸核苷几乎影响着从 DNA 测序到药物发现的医疗保健研究的每个主要方面。然而，由于需要通过高效液相色谱 (HPLC) 进行纯化，这些分子的可扩展合成路线长期以来一直受到阻碍。在这里，我们描述了一种完全不同的方法，该方法使用新型 P(V) 芘焦磷酸试剂来生成衍生物，这些衍生物通过硅胶色谱法纯化，并在远远超过 HPLC 可达到的规模上转化为所需的化合物。通过使用高效、廉价且操作简单的方案合成各种天然和非天然核苷三磷酸（dNTPs 和 xNTPs），证明了这种方法的威力。
• In search of Flavivirus inhibitors part 2: Tritylated, diphenylmethylated and other alkylated nucleoside analogues
  作者：Milind Saudi、Joanna Zmurko、Suzanne Kaptein、Jef Rozenski、Johan Neyts、Arthur Van Aerschot

  DOI：10.1016/j.ejmech.2014.02.011

  日期：2014.4

  hit 3′,5′-bistritylated uridine 1, a series of alkylated nucleoside analogues were synthesized and evaluated for their in vitro antiviral activities against dengue fever virus and yellow fever virus. Hereto, alkyl and aryl groups were attached at various positions of the sugar ring combined with subtle variation of the heterocyclic base. Among the new series of derivatives, 3′,5′-di-O-trityl-5-fluoro-2′-deoxyuridine

  几种黄病毒，例如黄热病病毒和登革热病毒，会在人体内引起严重的致命感染。继我们最初的命中3'，5'-双歧化尿苷1之后，合成了一系列烷基化核苷类似物，并评估了它们对登革热病毒和黄热病病毒的体外抗病毒活性。迄今为止，烷基和芳基连接在糖环的各个位置，并带有杂环碱基的细微变化。在新的衍生物系列中，3'，5'- di- O-三苯甲基-5-氟-2'-脱氧尿苷（39）是该系列中最有效的衍生物，可抑制黄热病病毒和登革热病毒的复制，其50有效浓度百分比（EC 50）〜1μg/ mL，无明显细胞毒性。其他氟化衍生物被证明更具毒性。几乎所有具有3'，5'-二-O-苯甲酰基-2'-脱氧尿苷（50）的二苯基甲基化嘧啶核苷都具有很强的低至1μg/ mL的细胞毒性作用。
• An Alternative Route to the Preparation of (3′ → 5′) Methylene Acetal Linked Di- and Trinucleosides
  作者：Peter J. L. M. Quaedflieg、Cornelis M. Timmers、Gijs A. van der Marel、Esther Kuyl-Yeheskiely、Jacques H. van Boom

  DOI：10.1055/s-1993-25915

  日期：——

  Reaction of deoxynucleoside 3′-O-(methylthiomethyl) acetals 1 with N-iodosuccinimide (NIS) and dibutyl phosphate furnished the corresponding 3′-O-(dibutoxyphosphoryloxy)methyl acetals 6. Condensation of the latter with appropriately protected deoxynucleoside acceptors 3, in the presence of trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate (TMSOTf), afforded in most cases the (3′ → 5′) methylene acetal linked d(B1 Î¥ B2) dimers 4. In addition, TMSOTf-promoted coupling of donor 6 (B1 = CBz) with 3′-O-(methylthiomethyl)thymidine (8) yielded dimer 9. Reaction of 9 with NIS and dibutyl phosphate gave dimer 10, which was applied successfully in the TMSOTf-assisted fusion with acceptors 3(B2 = CBz and ABz), to afford the corresponding trimers d(CÎ¥TÎ¥C) 11 and d(CÎ¥TÎ¥A) 12.

  脱氧核苷3′-O-(甲硫基甲基)乙缩醛1与碘代琥珀酰亚胺(NIS)和二丁基磷酸酯反应，生成相应的3′-O-(二丁氧基磷酰氧)甲基乙缩醛6。后者与适当保护的脱氧核苷受体3在三甲基硅基三氟甲磺酸盐(TMSOTf)的存在下缩合，通常得到(3′ → 5′)亚甲基乙缩醛连接的二聚体d(B1 ∧ B2) 4。此外，TMSOTf促进的供体6 (B1 = CBz)与3′-O-(甲硫基甲基)胸苷(8)的偶联反应生成二聚体9。9与NIS和二丁基磷酸酯反应生成二聚体10，成功用于与受体3(B2 = CBz和ABz)的TMSOTf辅助融合，得到相应的三聚体d(C∧T∧C) 11和d(C∧T∧A) 12。