N⁴-benzoyl-1-(2-deoxy-4-thio-β-D-ribofuranosyl)cytosine | 869347-14-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: N⁴-benzoyl-1-(2-deoxy-4-thio-β-D-ribofuranosyl)cytosine
• 英文别名: N-(1-((2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrothiophen-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)benzamide；N-[1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)thiolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 869347-14-8
• 化学式: C₁₆H₁₇N₃O₄S
• 分子量: 347.395
• InChiKey: PLMZDBMALIYNIZ-OUCADQQQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-1-(2-deoxy-4-thio-β-D-ribofuranosyl)cytosine 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 16.0h， 以93%的产率得到4-氨基-1-[(4S,5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢噻吩-2-基]嘧啶-2-酮
  参考文献：
  名称：

  用苄基取代的 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 开发 β-选择性糖基化反应：实现 4'-Thio-2'-deoxycytidine (T-dCyd) 和 5 的实际多克合成-aza-4'-thio-2'-deoxycytidine (aza-T-dCyd) 支持临床开发

  摘要：

  摘要 长期以来，缺乏与 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 进行直接 β-选择性糖基化反应的有效方法一直是多克合成 4'-thio-2 的重要障碍。 '-脱氧核苷。此外，先前报道的制备适当取代的 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 的方法已证明对大规模合成存在问题。为了解决这些问题，我们在本文中描述了对先前报道的方法的修改和优化，以方便地大规模合成苄基取代的 2-脱氧-1,4-二硫代-D-赤型-戊呋喃糖苷。此外，我们描述了苄基取代的 2-deoxy-1 的 β-选择性糖基化反应的反应条件的发展，4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 与 N4-benzoylcytosine 和 5-aza-cytosine，使临床候选物 4'-thio-2'-deoxycytidine

  DOI：

  10.1080/15257770.2020.1832694
• 作为产物：
  描述：

  甲基-2-脱氧-D-核糖 在 吡啶 、 咪唑 、 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 lithium hydroxide monohydrate 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三氟化硼乙醚 、 四丁基氟化铵 、 丁胺氢碘酸盐 、 三乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 246.5h， 生成 N⁴-benzoyl-1-(2-deoxy-4-thio-β-D-ribofuranosyl)cytosine
  参考文献：
  名称：

  用苄基取代的 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 开发 β-选择性糖基化反应：实现 4'-Thio-2'-deoxycytidine (T-dCyd) 和 5 的实际多克合成-aza-4'-thio-2'-deoxycytidine (aza-T-dCyd) 支持临床开发

  摘要：

  摘要 长期以来，缺乏与 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 进行直接 β-选择性糖基化反应的有效方法一直是多克合成 4'-thio-2 的重要障碍。 '-脱氧核苷。此外，先前报道的制备适当取代的 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 的方法已证明对大规模合成存在问题。为了解决这些问题，我们在本文中描述了对先前报道的方法的修改和优化，以方便地大规模合成苄基取代的 2-脱氧-1,4-二硫代-D-赤型-戊呋喃糖苷。此外，我们描述了苄基取代的 2-deoxy-1 的 β-选择性糖基化反应的反应条件的发展，4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 与 N4-benzoylcytosine 和 5-aza-cytosine，使临床候选物 4'-thio-2'-deoxycytidine

  DOI：

  10.1080/15257770.2020.1832694

文献信息

• Practical Synthesis of 2‘-Deoxy-4‘-thioribonucleosides:  Substrates for the Synthesis of 4‘-ThioDNA
  作者：Naonori Inoue、Daisuke Kaga、Noriaki Minakawa、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/jo051248f

  日期：2005.10.1

  [GRAPHIC]We report herein a practical synthesis of 4'-thiothymidine (15) and appropriately protected 2'-deoxy-4'-thiocytidine (16), -thioadenosine (27), and -thioguanosine (29) derivatives, substrates for the synthesis of 4'-thioDNA, from the corresponding 4'-thioribonucleosides. 2'-Deoxy-4'-thiopyrimidine nucleosides were synthesized using a radical reaction of the corresponding 2'-alpha-bromo derivatives, which were prepared via 2,2'-O-anhydro derivatives. 2'-Deoxy-4'-thiopurine nucleosides were synthesized using the same radical reaction of the corresponding 2'-beta-bromo derivatives.
• Amplification of 4‘-ThioDNA in the Presence of 4‘-Thio-dTTP and 4‘-Thio-dCTP, and 4‘-ThioDNA-Directed Transcription in Vitro and in Mammalian Cells
  作者：Naonori Inoue、Aki Shionoya、Noriaki Minakawa、Akiko Kawakami、Naoki Ogawa、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/ja075953c

  日期：2007.12.1

  Herein we describe the synthesis of 4'-thio-dTTP (1) and 4'-thio-dCTP (2) and their susceptibility for PCR amplification. Double stranded 4'-thioDNAs were amplified sufficiently by KOD dash DNA polymerase under appropriate conditions. Through this PCR study, it was shown that not only DNA-directed 4'-thioDNA synthesis but also 4'-thioDNA-directed 4'-thioDNA synthesis occurred in the presence of 1 and/or 2. We then tested the ability of the resulting 4'-thioDNAs to act as templates for transcription. In this experiment, the 4'-thioDNAs as templates afforded RNA in 38-49% yield relative to the case of the natural DNA template. We further investigated whether transcription occurred in mammalian cells. As a result, not only natural DNA but also 4'-thioDNAs were transcribed to afford a shRNA which showed gene-silencing effects via RNAi machinery.
• J. Org. Chem. 2005, 70, 8597-8600
  作者：

  DOI：——

  日期：——
• The development of β-selective glycosylation reactions with benzyl substituted 2-deoxy-1,4-dithio-D-<i>erythro</i>-pentofuranosides: enabling practical multi-gram syntheses of 4'-Thio-2'-deoxycytidine (T-dCyd) and 5-aza-4’-thio-2’-deoxycytidine (aza-T-dCyd) to support clinical development
  作者：Donn G. Wishka、Omar D. Lopez、Vladimir F. Rudchenko、Guangfei Huang、Robert Bahde、Vineet Kumar、Sergiy M. Denysenko、Lianhao Zhang、Mianji Zhang、Beverly A. Teicher、Joel Morris

  DOI：10.1080/15257770.2020.1832694

  日期：2021.1.2

  perform direct β-selective glycosylation reactions with 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides has long been a significant stumbling block for the multi-gram synthesis of 4’-thio-2’-deoxy nucleosides. In addition, previously reported methods for the preparation of appropriately substituted 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides have proven problematic for large scale synthesis. To address

  摘要 长期以来，缺乏与 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 进行直接 β-选择性糖基化反应的有效方法一直是多克合成 4'-thio-2 的重要障碍。 '-脱氧核苷。此外，先前报道的制备适当取代的 2-deoxy-1,4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 的方法已证明对大规模合成存在问题。为了解决这些问题，我们在本文中描述了对先前报道的方法的修改和优化，以方便地大规模合成苄基取代的 2-脱氧-1,4-二硫代-D-赤型-戊呋喃糖苷。此外，我们描述了苄基取代的 2-deoxy-1 的 β-选择性糖基化反应的反应条件的发展，4-dithio-D-erythro-pentofuranosides 与 N4-benzoylcytosine 和 5-aza-cytosine，使临床候选物 4'-thio-2'-deoxycytidine