N³-tert-butyloxycarbonyl-5-bromomethyl-3',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine | 1028383-90-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N³-tert-butyloxycarbonyl-5-bromomethyl-3',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: tert-butyl 5-(bromomethyl)-3-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-2,6-dioxopyrimidine-1-carboxylate
• CAS: 1028383-90-5
• 化学式: C₂₇H₄₉BrN₂O₇Si₂
• 分子量: 649.77
• InChiKey: AVCOBYWDNJMCBQ-PWRODBHTSA-N

物化性质

• 沸点：
  566.0±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.20±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.39
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  94.6
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N³-tert-butyloxycarbonyl-5-bromomethyl-3',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine 在 2,2,6,6-四甲基哌啶 、 磷酸三甲酯 、 silver trifluoromethanesulfonate 、 碳酸氢钠 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 3.92h， 生成 trisodium 5-(6-nitropiperonyloxy)methyl-2'-deoxyuridine triphosphate
  参考文献：
  名称：

  带有可见光可裂解基团的受保护的5-（羟甲基）尿嘧啶核苷酸是光笼DNA聚合酶合成的基础†

  摘要：

  制备了含有被光裂解基团（2-硝基苄基，6-硝基哌啶基或9-蒽甲基）保护的5-（羟甲基）尿嘧啶的核苷，核苷酸和2'-脱氧核糖核苷三磷酸酯（dNTP），并作为光笼聚合酶合成的基础材料进行了测试寡核苷酸和DNA。在模型核苷单磷酸上详细研究了光脱保护（光释放）反应，并确定了它们的光反应量子产率。然后测试了光笼dNTPs，并将其用作引物延伸或PCR中DNA聚合酶的底物。制备了在限制性内切核酸酶的识别序列中包含光笼或游离5-羟甲基U的DNA探针，并用于研究笼罩DNA通过不同波长的紫外线或可见光的光释放。

  DOI：

  10.1039/c8ob00160j

文献信息

• Nucleotides and nucleosides and methods for their use in DNA sequencing
  申请人：Lasergen, Inc.

  公开号：US09200319B2

  公开（公告）日：2015-12-01

  The present invention relates generally to labeled and unlabled cleavable terminating groups and methods for DNA sequencing and other types of DNA analysis. More particularly, the invention relates in part to nucleotides and nucleosides with chemically cleavable, photocleavable, enzymatically cleavable, or non-photocleavable groups and methods for their use in DNA sequencing and its application in biomedical research.

  本发明一般涉及带标记和未标记的可切割终止基团以及用于DNA测序和其他类型的DNA分析的方法。更具体地，该发明部分涉及具有化学可切割、光解可切割、酶可切割或非光解可切割基团的核苷酸和核苷以及它们在DNA测序中的使用方法及其在生物医学研究中的应用。
• [EN] 5-METHOXY. 3'-OH UNBLOCKED, FAST PHOTOCLEAVABLE TERMINATING NUCLEOTIDES AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING<br/>[FR] 5-MÉTHOXY-NUCLÉOTIDES À TERMINAISON RAPIDEMENT PHOTOCLIVABLE NON BLOQUÉS EN 3'OH ET PROCÉDÉS DE SÉQUENÇAGE D'ACIDE NUCLÉIQUE
  申请人：LASERGEN INC

  公开号：WO2013040257A1

  公开（公告）日：2013-03-21

  The present invention relates generally to 3'-OH unblocked nucleotides and nucleosides labeled and unlabeled with 5-methoxy-substituted nitrobenzyl-based photocleavable terminating groups for use in methods and systems related to DNA and RNA sequencing and analysis. These compounds may be used as reversible terminators as they exhibit fast nucleotide incorporation kinetics, single-base termination, high nucleotide selectivity, and rapid terminating group cleavage that results in a naturally occurring nucleotide.

  本发明通常涉及用于DNA和RNA测序和分析方法及系统中的3'-OH未阻断核苷酸和核苷的标记和未标记的5-甲氧基取代硝基苯基光致裂解终止基团。这些化合物可用作可逆终止剂，因为它们表现出快速的核苷酸结合动力学、单碱基终止、高核苷酸选择性和快速的终止基团裂解，导致自然发生的核苷酸。
• Stereochemistry of Benzylic Carbon Substitution Coupled with Ring Modification of 2-Nitrobenzyl Groups as Key Determinants for Fast-Cleaving Reversible Terminators
  作者：Brian P. Stupi、Hong Li、Jinchun Wang、Weidong Wu、Sidney E. Morris、Vladislav A. Litosh、Jesse Muniz、Megan N. Hersh、Michael L. Metzker

  DOI：10.1002/anie.201106516

  日期：2012.2.13

  reversible terminators have been developed, which upon exposure to UV light generate natural hydroxymethyl nucleotides (see scheme). The combination of a stereospecific (S)‐tert‐butyl group (R) at the benzylic carbon and a 5‐OMe group (R′) on the 2‐nitrobenzyl ring substantially increase the rate of photochemical cleavage. For 7‐deaza‐7‐hydroxymethyl‐2′‐deoxyguanosine, these modifications led to a rate increase

  已经开发出一套完整的 2-硝基苄基修饰的可逆终止剂，它们在暴露于紫外线下时会产生天然的羟甲基核苷酸（见方案）。苄基碳上的立体特异性 ( S )-叔丁基 (R) 和 2-硝基苄基环上的 5-OMe 基团 (R') 的组合显着提高了光化学裂解的速率。对于 7-deaza-7-hydroxymethyl-2'-deoxyguanosine，这些修饰导致速率增加超过一个数量级。
• Stereochemistry of the α-carbon in the benzylic modifying moiety attached at the C-5 end of thymidine affects the potency of a newly identified anti-cancer lead nucleoside
  作者：Aron P. Bercz、W. Andrew McClure、Michael English、Michael W. Keebaugh、Vladislav A. Litosh

  DOI：10.1016/j.tet.2020.131705

  日期：2020.12

  The bioactivity of antimetabolites is connected to molecular recognition by the target proteins, which makes the stereochemical configuration of the chiral centers in these molecules, including those in the modifying moieties, of extreme importance. In an attempt to enhance the anti-cancer activity of a newly identified 5-[(R/S-α-tert-butyl-2-nitro-4-2-phenyl}alkynyl)benzyloxy]methyl-2′-deoxyuridine

  抗代谢物的生物活性与靶蛋白的分子识别有关，这使这些分子中手性中心（包括修饰部分中的手性中心）的立体化学构型极为重要。在试图提高新鉴定5的抗癌活性- [（R / S -α-叔丁基-2-硝基-4- 2-苯基}炔基）苄氧基]甲基-2'-脱氧尿苷，相对于修饰部分，最初被评估为非对映异构体的1：1混合物，我们首先采用切除文库方法，揭示了该部分的所有结构特征对生物活性的重要性。然后，我们进行二级衍生物的合成，改变了该部分内的取代模式。这些尝试未能改善生物活性。然而，对单独制备的立体异构体的检查显示，与非对映异构体混合物相比，S-异构体的效价提高了3倍，而没有显着影响对正常快速分裂细胞的毒性。
• Polymerase Synthesis of Photocaged DNA Resistant against Cleavage by Restriction Endonucleases
  作者：Zuzana Vaníková、Michal Hocek

  DOI：10.1002/anie.201402370

  日期：2014.6.23

  5‐[(2‐Nitrobenzyl)oxymethyl]‐2′‐deoxyuridine 5′‐O‐triphosphate was used for polymerase (primer extension or PCR) synthesis of photocaged DNA that is resistant to the cleavage by restriction endonucleases. Photodeprotection of the caged DNA released 5‐hydroxymethyluracil‐modified nucleic acids, which were fully recognized and cleaved by restriction enzymes.

  5-（（2-硝基苄基）氧基甲基] -2 -′-脱氧尿苷5′- O-三磷酸酯用于聚合酶（引物延伸或PCR）合成的光笼DNA，该DNA对限制性核酸内切酶具有抗性。笼中DNA的光脱保护释放了5-羟甲基尿嘧啶修饰的核酸，这些核酸被限制酶完全识别和切割。