3’,5’-O-bis-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2'-deoxyuridine | 1372854-82-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3’,5’-O-bis-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2-deoxyuridine；3',5'-O-bis-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)-methyl-2'-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-[(2-nitrophenyl)methoxymethyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1372854-82-4
• 化学式: C₂₉H₄₇N₃O₈Si₂
• 分子量: 621.878
• InChiKey: MCQFSDYQDOOLQB-ISJGIBHGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.86
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.66
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3’,5’-O-bis-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2'-deoxyuridine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-5-(2’’-nitrobenzyloxymethyl)-2’-deoxyuridine-3'-[2-cyanoethyl bis(1-methylethyl) phosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  用于特定光活化表观遗传标记 DNA 的光笼化 5-（羟甲基）嘧啶核苷亚磷酰胺

  摘要：

  5-羟甲基胞嘧啶和尿嘧啶是表观遗传核碱基，但它们的生物学作用尚不清楚。我们介绍了 2-硝基苄基光笼化 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷和尿苷 3'- O-亚磷酰胺的合成及其在特定位置修饰的寡核苷酸 (ON) 的自动固相合成中的用途。ONs 被用作 PCR 的引物，以构建在启动子区域修饰的 DNA 模板，允许通过光化学解笼锁转换转录。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.0c03462
• 作为产物：
  描述：

  N³-tert-butyloxycarbonyl-5-bromomethyl-3',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.75h， 生成 3’,5’-O-bis-(tert-butyldimethylsilyl)-5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  苄基碳取代的立体化学与 2-硝基苄基的环修饰作为快速裂解可逆终止子的关键决定因素

  摘要：

  已经开发出一套完整的 2-硝基苄基修饰的可逆终止剂，它们在暴露于紫外线下时会产生天然的羟甲基核苷酸（见方案）。苄基碳上的立体特异性 ( S )-叔丁基 (R) 和 2-硝基苄基环上的 5-OMe 基团 (R') 的组合显着提高了光化学裂解的速率。对于 7-deaza-7-hydroxymethyl-2'-deoxyguanosine，这些修饰导致速率增加超过一个数量级。

  DOI：

  10.1002/anie.201106516

文献信息

• [EN] 5-METHOXY. 3'-OH UNBLOCKED, FAST PHOTOCLEAVABLE TERMINATING NUCLEOTIDES AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING<br/>[FR] 5-MÉTHOXY-NUCLÉOTIDES À TERMINAISON RAPIDEMENT PHOTOCLIVABLE NON BLOQUÉS EN 3'OH ET PROCÉDÉS DE SÉQUENÇAGE D'ACIDE NUCLÉIQUE
  申请人：LASERGEN INC

  公开号：WO2013040257A1

  公开（公告）日：2013-03-21

  The present invention relates generally to 3'-OH unblocked nucleotides and nucleosides labeled and unlabeled with 5-methoxy-substituted nitrobenzyl-based photocleavable terminating groups for use in methods and systems related to DNA and RNA sequencing and analysis. These compounds may be used as reversible terminators as they exhibit fast nucleotide incorporation kinetics, single-base termination, high nucleotide selectivity, and rapid terminating group cleavage that results in a naturally occurring nucleotide.

  本发明通常涉及用于DNA和RNA测序和分析方法及系统中的3'-OH未阻断核苷酸和核苷的标记和未标记的5-甲氧基取代硝基苯基光致裂解终止基团。这些化合物可用作可逆终止剂，因为它们表现出快速的核苷酸结合动力学、单碱基终止、高核苷酸选择性和快速的终止基团裂解，导致自然发生的核苷酸。
• Stereochemistry of Benzylic Carbon Substitution Coupled with Ring Modification of 2-Nitrobenzyl Groups as Key Determinants for Fast-Cleaving Reversible Terminators
  作者：Brian P. Stupi、Hong Li、Jinchun Wang、Weidong Wu、Sidney E. Morris、Vladislav A. Litosh、Jesse Muniz、Megan N. Hersh、Michael L. Metzker

  DOI：10.1002/anie.201106516

  日期：2012.2.13

  reversible terminators have been developed, which upon exposure to UV light generate natural hydroxymethyl nucleotides (see scheme). The combination of a stereospecific (S)‐tert‐butyl group (R) at the benzylic carbon and a 5‐OMe group (R′) on the 2‐nitrobenzyl ring substantially increase the rate of photochemical cleavage. For 7‐deaza‐7‐hydroxymethyl‐2′‐deoxyguanosine, these modifications led to a rate increase

  已经开发出一套完整的 2-硝基苄基修饰的可逆终止剂，它们在暴露于紫外线下时会产生天然的羟甲基核苷酸（见方案）。苄基碳上的立体特异性 ( S )-叔丁基 (R) 和 2-硝基苄基环上的 5-OMe 基团 (R') 的组合显着提高了光化学裂解的速率。对于 7-deaza-7-hydroxymethyl-2'-deoxyguanosine，这些修饰导致速率增加超过一个数量级。
• Protected 2′-deoxyribonucleoside triphosphate building blocks for the photocaging of epigenetic 5-(hydroxymethyl)cytosine in DNA
  作者：Soňa Boháčová、Zuzana Vaníková、Lenka Poštová Slavětínská、Michal Hocek

  DOI：10.1039/c8ob01106k

  日期：——

  photorelease of caged DNA by UV or visible light at different wavelengths. The nitrobenzyl-protected dNTP was a slightly better substrate for DNA polymerases in primer extension or PCR, whereas the nitropiperonyl-protected nucleotide underwent slightly faster photorelease at 400 nm. However, both photocaged building blocks can be used in polymerase synthesis and the photorelease of 5hmC in DNA.

  制备了含有5（羟甲基）胞嘧啶（5hmC）的2'-脱氧核糖核苷三磷酸（dNTPs），其被光裂解基团（2-硝基苄基或6-硝基哌啶基）保护并作为酶促合成寡核苷酸和DNA的基质，含有光笼罩的表观遗传5hmC根据。制备了在限制性内切核酸酶的识别序列中包含光笼或游离5hmC的DNA探针，并将其用于研究不同波长的紫外线或可见光对笼中DNA的光释放。在引物延伸或PCR中，硝基苄基保护的dNTP是DNA聚合酶的较好底物，而硝基哌啶基保护的核苷酸在400 nm处的光释放稍快。但是，两个光笼构建基块都可以用于聚合酶合成和DNA中5hmC的光释放。
• Protected 5-(hydroxymethyl)uracil nucleotides bearing visible-light photocleavable groups as building blocks for polymerase synthesis of photocaged DNA
  作者：Soňa Boháčová、Lucie Ludvíková、Lenka Poštová Slavětínská、Zuzana Vaníková、Petr Klán、Michal Hocek

  DOI：10.1039/c8ob00160j

  日期：——

  used for the study of photorelease of caged DNA by UV or visible light at different wavelengths. The nitropiperonyl-protected nucleotide was found to be a superior building block because the corresponding dNTP is a good substrate for DNA polymerases, and the protecting group is efficiently cleavable by irradiation by UV or visible light (up to 425 nm).

  制备了含有被光裂解基团（2-硝基苄基，6-硝基哌啶基或9-蒽甲基）保护的5-（羟甲基）尿嘧啶的核苷，核苷酸和2'-脱氧核糖核苷三磷酸酯（dNTP），并作为光笼聚合酶合成的基础材料进行了测试寡核苷酸和DNA。在模型核苷单磷酸上详细研究了光脱保护（光释放）反应，并确定了它们的光反应量子产率。然后测试了光笼dNTPs，并将其用作引物延伸或PCR中DNA聚合酶的底物。制备了在限制性内切核酸酶的识别序列中包含光笼或游离5-羟甲基U的DNA探针，并用于研究笼罩DNA通过不同波长的紫外线或可见光的光释放。
• Photocaged 5-(Hydroxymethyl)pyrimidine Nucleoside Phosphoramidites for Specific Photoactivatable Epigenetic Labeling of DNA
  作者：Aswathi Chakrapani、Viola Vaňková Hausnerová、Olatz Ruiz-Larrabeiti、Radek Pohl、Libor Krásný、Michal Hocek

  DOI：10.1021/acs.orglett.0c03462

  日期：2020.11.20

  5-Hydroxymethylcytosine and uracil are epigenetic nucleobases, but their biological roles are still unclear. We present the synthesis of 2-nitrobenzyl photocaged 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine and uridine 3′-O-phosphoramidites and their use in automated solid-phase synthesis of oligonucleotides (ONs) modified at specific positions. The ONs were used as primers for PCR to construct DNA templates modified in the promoter

  5-羟甲基胞嘧啶和尿嘧啶是表观遗传核碱基，但它们的生物学作用尚不清楚。我们介绍了 2-硝基苄基光笼化 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷和尿苷 3'- O-亚磷酰胺的合成及其在特定位置修饰的寡核苷酸 (ON) 的自动固相合成中的用途。ONs 被用作 PCR 的引物，以构建在启动子区域修饰的 DNA 模板，允许通过光化学解笼锁转换转录。