Difluoromethyl-1,3,4-oxadiazoles Are Selective, Mechanism-Based, and Essentially Irreversible Inhibitors of Histone Deacetylase <b>6</b>
作者:Beate König、Paris R. Watson、Nina Reßing、Abigail D. Cragin、Linda Schäker-Hübner、David W. Christianson、Finn K. Hansen
DOI:10.1021/acs.jmedchem.3c01345
日期:2023.10.12
capable of inhibiting HDAC6 via a two-step slow-binding mechanism. Crystallographic and mechanistic experiments suggest that the attack of 6 by the zinc-bound water at the sp2 carbon closest to the difluoromethyl moiety followed by a subsequent ring opening of the oxadiazole yields deprotonated difluoroacetylhydrazide 13 as active species. The strong anionic zinc coordination of 13 and the binding of the
组蛋白脱乙酰酶 6 (HDAC6) 是肿瘤和非肿瘤疾病的重要药物靶点。大多数可用的 HDAC6 抑制剂 (HDAC6i) 利用异羟肟酸作为锌结合基团,由于其潜在的遗传毒性,这限制了治疗机会。最近,据报道,二氟甲基-1,3,4-恶二唑 (DFMOs) 是有效的选择性 HDAC6i,但它们的抑制模式仍然是个谜。在此,我们报道了 DFMO 充当基于机制且基本上不可逆的 HDAC6i。生化数据证实,DFMO 6 是一种紧密结合的 HDAC6i,能够通过两步慢结合机制抑制 HDAC6。晶体学和机理实验表明,锌结合水在最靠近二氟甲基部分的 sp2 碳处侵蚀 6,随后恶二唑开环,产生去质子化的二氟乙酰酰肼 13 作为活性物质。13 的强阴离子锌配位和 P571 口袋中二氟甲基部分的结合最终导致对 HDAC6 的基本上不可逆的抑制。