[羟基-[[3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-嘧啶-1-基)-四氢呋喃-2-基]甲氧基]磷酰]氧基膦酸 | 491-97-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: [羟基-[[3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-嘧啶-1-基)-四氢呋喃-2-基]甲氧基]磷酰]氧基膦酸
• 中文别名: 苯并呋喃,5-(2-丙烯基)-(9CI)
• 英文名称: 2-deoxythymidine diphosphate
• 英文别名: dTDP；TDP；thymidine diphosphate；deoxythymidine diphosphate；Thymidine-5'-diphosphate；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 491-97-4
• 化学式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
• 分子量: 402.191
• InChiKey: UJLXYODCHAELLY-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.804±0.06 g/cm3(Predicted)
• 物理描述：
  Solid
• 碰撞截面：
  177.6 Ų [M+Na]+ [CCS Type: DT, Method: single field calibrated with Agilent tune mix (Agilent)]

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.9
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  192
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  11

制备方法与用途

嘧啶5′-二磷酸（dTDP）是生物体内嘧啶合成的关键产物。胸苷5′-二磷酸是由胸苷酸激酶（TMPK）催化的5′-胸苷单磷酸（dTMP）的磷酸化生成，该过程需要ATP和Mg2+。随后，TMPK进一步催化胸苷5′-二磷酸生成胸苷5′-三磷酸（dTTP）。通过测量5′-二磷酸胸苷的水平可以检测TMPK活性。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [羟基-[[3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-嘧啶-1-基)-四氢呋喃-2-基]甲氧基]磷酰]氧基膦酸 在 N,N'-羰基二咪唑 、 三丁基焦磷酸铵 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 以49%的产率得到thymidine-5'-tetraphosphate
  参考文献：
  名称：

  Substrate properties of dinucleoside 5?,5?-oligophosphates in the reactions catalyzed by HIV reverse transcriptase, E. coli DNA polymerase I, and E. coli RNA polymerase

  摘要：

  合成了双核苷酸5′,5″-寡磷酸盐d(Np4N′)、dTp3rA、dTp4rA和dTp5rA，并评价它们作为HIV反转录酶、E. coli DNA聚合酶I的Klenow片段和E. coli RNA聚合酶的底物。提出了HIV反转录酶与双核苷酸寡磷酸盐相互作用的模型，并经过实验验证。确定了一些合成化合物对HIV反转录酶的动力学常数。

  DOI：

  10.1007/s11171-005-0006-8
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-(p-toluenesulfonyl)thymidine 在 盐酸 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 30.0h， 生成 [羟基-[[3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-嘧啶-1-基)-四氢呋喃-2-基]甲氧基]磷酰]氧基膦酸
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of nucleotide 5'-diphosphates from 5'-O-tosyl nucleosides

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00385a026
• 作为试剂：
  描述：

  硫酸巴龙霉素 在 5% Pd(II)/C(eggshell) 、 3-aminoglycoside acetyltransferase-IV 、 氢气 、 potassium carbonate 、 [羟基-[[3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-嘧啶-1-基)-四氢呋喃-2-基]甲氧基]磷酰]氧基膦酸 作用下， 以 甲醇 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 18.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Assessment of 6′- and 6′′′-N-acylation of aminoglycosides as a strategy to overcome bacterial resistance

  摘要：

  为了恢复这类抗生素对耐药菌株的疗效，人们开发了许多合成氨基糖苷类似物，其中 1-N-acylated 类似物在临床上使用最多。在这项研究中，我们证明了临床常用化合物妥布霉素的 6â²-N-酰化和副黏菌素的 6â²â²-N-酰化可产生抗 6â²-氨基糖苷乙酰转移酶（AAC(6â²)）失活的衍生物。在对表达 AAC（6â²）或 AAC（3）的细菌以及致病细菌菌株进行测试时，与母体抗生素相比，一些类似物显示出更强的抗菌活性。研究发现，N-酰化类似物生物性能的提高与特定的氨基糖苷和酰基有很大关系。我们的研究表明，与 1-N-acylation 一样，氨基糖苷的 6â²- 和 6â²â²â²-N-acylation 也为寻找能够克服耐药菌感染的氨基糖苷类药物提供了另一个有前途的方向。

  DOI：

  10.1039/c0ob01133a

文献信息

• [EN] BIOCONJUGATES CONTAINING SULFAMIDE LINKERS FOR USE IN TREATMENT<br/>[FR] BIOCONJUGUÉS CONTENANT DES SÉQUENCES DE LIAISON SULFAMIDE POUR UTILISATION À DES FINS THÉRAPEUTIQUES
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2017137456A1

  公开（公告）日：2017-08-17

  The present invention is based on the surprising finding that the linker employed in a bioconjugate, such as an anti-body-drug conjugate, is not therapeutically inert but has an effect on the therapeutic index of the bioconjugate. The present invention thus concerns a method for increasing the therapeutic index of a bioconjugate and the bioconjugates for use in treatment, in particular cancer. The bioconjugates according to the invention have a sulfamide linker comprising a group according to formula (1).

  本发明基于一个令人惊讶的发现，即生物结合物中使用的连接剂，如抗体药物结合物，不是治疗惰性的，而是对生物结合物的治疗指数产生影响。因此，本发明涉及一种增加生物结合物的治疗指数的方法，以及用于治疗，特别是癌症的生物结合物。根据本发明的生物结合物具有包含符合式（1）的基团的磺酰胺连接剂。
• [EN] PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HALOGENATED 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE<br/>[FR] PROCÉDÉ DE CYCLOADDITION D'UN COMPOSÉ 1,3-DIPPOLE HALOGÉNÉ AVEC UN (HÉTÉRO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2015112016A1

  公开（公告）日：2015-07-30

  The present invention relates to a cycloaddition process comprising the step of reacting a halogenated aliphatic 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne according to Formula (1): Preferably, the (hetero)cycloalkyne according to Formula (1) is a (hetero)cyclooctyne. The invention also relates to the cycloaddition products obtainable by the process according to the invention. The invention further relates to halogenated aliphatic 1,3- dipole compounds, in particular tohalogenated aliphatic 1,3-dipole compounds comprising N-acetylgalactosamine-UDP (GalNAc-UDP),and to halogenated 1,3- dipole compounds comprising (peracylated) N-acetylglucosamine(GlcNAc), N- acetylgalactosamine(GalNAc), N-acetylmannosamine(ManNAc)and N- acetylneuraminic acid(NeuNAc).

  本发明涉及一种环加成过程，包括将卤代脂肪1,3-二极化合物与按照式（1）反应的（杂）环烯烃化合物进行反应的步骤。优选，按照式（1）的（杂）环烯烃化合物是（杂）环辛烯。该发明还涉及根据本发明的方法获得的环加成产物。此外，该发明还涉及卤代脂肪1,3-二极化合物，特别是包括N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸-UDP（GalNAc-UDP）的卤代脂肪1,3-二极化合物，以及包括（过酰化的）N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）、N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸（GalNAc）、N-乙酰甘露糖氨基葡萄糖醛酸（ManNAc）和N-乙酰神经酸（NeuNAc）的卤代1,3-二极化合物。
• [EN] FORCE-RESPONSIVE POLYMERSOMES AND NANOREACTORS; PROCESSES UTILIZING THE SAME<br/>[FR] POLYMERSOMES ET NANORÉACTEURS SENSIBLES À LA FORCE; PROCÉDÉS LES UTILISANT
  申请人：ADOLPHE MERKLE INSTITUTE UNIV OF FRIBOURG

  公开号：WO2019034597A1

  公开（公告）日：2019-02-21

  The mechanically induced melting properties of DNA were employed to achieve force labile membranes is described. Nucleobase pairs were used as mechanophores. Adenine and thymine functionalized complementary amphiphilic block copolymers were self-assembled into polymersomes. The nucleobases formed hydrogen bonds which were disrupted upon force stimulation. The exposure of the disconnected nucleobases to the hydrophobic matrix of the membranes lead to a change of permeability which permitted the exchange of water-soluble molecules throughout the polymer matrix. Moreover, the encapsulation of horseradish peroxidase enabled the reaction of luminol with hydrogen peroxide to yield a luminescence producing species similar to the marine bioluminescence. Moreover, the same nano-reactors were employed to catalyze the formation of a polyacrylamide gel when force was applied. Insights into the change of permeability of supramolecular networks upon force are provided. These systems are useful for drug delivery, as nanoreactors and for the selective release of curing agents for 3D printing, or fragrances.

  DNA的机械诱导熔化特性被用来实现易受力破裂的膜。核碱基对被用作机械感受器。腺嘌呤和胸腺嘧啶功能化的互补两性分块共聚物自组装成聚合体囊。核碱基形成氢键，在受力刺激下被破坏。断开的核碱基暴露在膜的疏水基质中，导致渗透性的改变，从而允许水溶性分子在聚合物基质中交换。此外，封装辣根过氧化物酶使得辣根酰胺与过氧化氢反应产生类似海洋生物发光的发光物种。此外，当施加力时，相同的纳米反应器被用来催化聚丙烯酰胺凝胶的形成。提供了关于受力下超分子网络渗透性变化的见解。这些系统可用于药物传递、纳米反应器以及用于3D打印的固化剂或香料的选择性释放。
• Active-site engineering of nucleotidylyltransferases and general enzymatic methods for the synthesis of natural and "unnatural" UDP- and TDP-nucleotide sugars
  申请人：——

  公开号：US20030055235A1

  公开（公告）日：2003-03-20

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified Ep or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了一种突变型核苷酸转移酶，如E p ，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或修饰的Ep或其他核苷酸转移酶合成所需的核苷酸糖的方法；以及通过本发明方法合成的核苷酸糖。本发明进一步提供了新的糖基磷酸酯，及其制造方法。
• Nucleotide promiscuity of 3-phosphoglycerate kinase is in focus: implications for the design of better anti-HIV analogues
  作者：Andrea Varga、Laurent Chaloin、Gyula Sági、Róbert Sendula、Éva Gráczer、Károly Liliom、Péter Závodszky、Corinne Lionne、Mária Vas

  DOI：10.1039/c1mb05051f

  日期：——

  The wide specificity of 3-phosphoglycerate kinase (PGK) towards its nucleotide substrate is a property that allows contribution of this enzyme to the effective phosphorylation (i.e.activation) of nucleotide-based pro-drugs against HIV. Here, the structural basis of the nucleotide-PGK interaction is characterised in comparison to other kinases, namely pyruvate kinase (PK) and creatine kinase (CK), by enzyme kinetic analysis and structural modelling (docking) studies. The results provided evidence for favouring the purinevs.pyrimidine base containing nucleotides for PGK rather than for PK or CK. This is due to the exceptional ability of PGK in forming the hydrophobic contacts of the nucleotide rings that assures the appropriate positioning of the connected phosphate-chain for catalysis. As for the D-/L-configurations of the nucleotides, the L-forms (both purine and pyrimidine) are well accepted by PGK rather than either by PK or CK. Here again the dominance of the hydrophobic interactions of the L-form of pyrimidines with PGK is underlined in comparison with those of PK or CK. Furthermore, for the L-forms, the absence of the ribose OH-groups with PGK is better tolerated for the purine than for the pyrimidine containing compounds. On the other hand, the positioning of the phosphate-chain is an even more important term for PGK in the case of both purines and pyrimidines with an L-configuration, as deduced from the present kinetic studies with various nucleotide-site mutants of PGK. These characteristics of the kinase-nucleotide interactions can provide a guideline for designing new drugs.

  3-磷酸甘油酸激酶（PGK）对其核苷酸底物的广泛特异性是一种特性，使得这种酶能够有效地磷酸化（即激活）基于核苷酸的抗HIV前药。在此，通过酶动力学分析和结构建模（对接）研究，与其它激酶（即丙酮酸激酶（PK）和肌酸激酶（CK））相比，对核苷酸-PGK相互作用的结构基础进行了表征。结果提供了证据，表明对于PGK来说，含有嘌呤与嘧啶的核苷酸更受青睐，而不是对于PK或CK。这是由于PGK在形成核苷酸环疏水接触方面的特殊能力，确保了连接的磷酸链在催化中的适当定位。至于核苷酸的D-/L-构型，L型（嘌呤和嘧啶）被PGK很好地接受，而不是由PK或CK接受。在这里，与PK或CK相比，嘧啶L型的疏水相互作用的支配性再次得到强调。此外，对于L型，PGK没有核糖OH基团的存在对嘌呤比对含有嘧啶的化合物更被接受。另一方面，从PGK的各种核苷酸位点突变体的当前动力学研究中推断出，无论是在嘌呤还是嘧啶的L型化合物中，磷酸链的定位对于PGK来说都是一个更为重要的术语。这些激酶-核苷酸相互作用的特性为设计新药物提供了指导。