South-dCyd

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: South-dCyd
• 英文别名: 4-amino-1-[(1S,2R,3S,5S)-3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-5-bicyclo[3.1.0]hexanyl]pyrimidin-2-one；4-amino-1-[(1S,3S,4R,5S)-3-hydroxy-4-(hydroxymethyl)-1-bicyclo[3.1.0]hexanyl]pyrimidin-2-one
• 化学式: C₁₁H₁₅N₃O₃
• 分子量: 237.258
• InChiKey: JGSHOZAECFKCME-UGYAYLCHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  99.2
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  South-dCyd 在 bovine spleen adenosine deaminase 作用下， 反应 48.0h， 生成 (S)-2'-deoxymethanocarba uridine
  参考文献：
  名称：

  腺苷和胞苷的构象锁定碳环核苷作为脱氨酶底物的对比行为

  摘要：

  除了已知的腺苷脱氨酶 (ADA) 和胞苷脱氨酶 (CDA) 在三级结构、Zn+2 配位范围和反向立体化学偏好方面存在差异之外，我们还提供了证据表明这些酶在其底物的北/南构象偏好以及缺乏 O(4') 氧对碳环底物酶促脱氨动力学的影响程度。本研究中使用的碳环核苷底物具有柔性环戊烷环或刚性双环 [3.1.0] 己烷支架。

  DOI：

  10.1080/15257770903091904
• 作为产物：
  描述：

  (1S,2R,3R,4R)-1-Benzyloxy-2-benzyloxymethyl-4-cyano-3-hydroxycyclopentane 在 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 sodium hydroxide 、 二苯甲酮 、 二苯基磷酸 、 四丁基氟化铵 、 三氯化硼 、 三乙胺 、 N,N'-硫羰基二咪唑 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醚 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 168.5h， 生成 South-dCyd
  参考文献：
  名称：

  Conformationally locked carbocyclic nucleosides built on a bicyclo[3.1.0]hexane template with a fixed Southern conformation. Synthesis and antiviral activity

  摘要：

  具有固定结构的碳环核苷的构建 3E 南半球环皱褶 伪旋转循环是由共同的前体碳环实现的 胺， (1S,3S,4R,5 S )-3-苄氧基-4-苄氧基甲基-1-氨基双环[3.1.0]己烷 20. 这个 碳环胺由光学纯高效组装而成 2-苄氧基甲基环戊-3-烯醇 11 十步反应。关键 环丙烷化步骤进行于 (3R,4S )-1-氰基-4-苄氧基-3-(苄氧基甲基)环戊烷15，并进行 区域和立体选择性地给出关键的氰基碳环 中间体17，随后由其获得胺20。 嘧啶类似物 6-8 的合成完成 通过中间体无环丙烯酰脲21和22。 需要事先准备嘌呤 9 和 10 相应的N-甲酰化 4,6-二氯-5-氨基嘧啶和4,6-二氯-2,5-二氨基嘧啶 与胺20有效偶联的杂环前体。除了 (S)-2′-脱氧甲烷碳-A （9，2′-脱氧腺苷类似物），所有南方构象异构体 似乎缺乏抗病毒活性。

  DOI：

  10.1039/a604352f

文献信息

• Contrasting Behavior of Conformationally Locked Carbocyclic Nucleosides of Adenosine and Cytidine as Substrates for Deaminases
  作者：Victor E. Marquez、Gottfried K. Schroeder、Olaf R. Ludek、Maqbool A. Siddiqui、Abdallah Ezzitouni、Richard Wolfenden

  DOI：10.1080/15257770903091904

  日期：2009.8.11

  In addition to the already known differences between adenosine deaminase (ADA) and cytidine deaminase (CDA) in terms of their tertiary structure, the sphere of Zn+2 coordination, and their reverse stereochemical preference, we present evidence that the enzymes also differ significantly in terms of the North/South conformational preferences for their substrates and the extent to which the lack of the

  除了已知的腺苷脱氨酶 (ADA) 和胞苷脱氨酶 (CDA) 在三级结构、Zn+2 配位范围和反向立体化学偏好方面存在差异之外，我们还提供了证据表明这些酶在其底物的北/南构象偏好以及缺乏 O(4') 氧对碳环底物酶促脱氨动力学的影响程度。本研究中使用的碳环核苷底物具有柔性环戊烷环或刚性双环 [3.1.0] 己烷支架。
• Conformationally locked carbocyclic nucleosides built on a bicyclo[3.1.0]hexane template with a fixed Southern conformation. Synthesis and antiviral activity
  作者：Abdallah Ezzitouni、Victor E. Marquez

  DOI：10.1039/a604352f

  日期：——

  The construction of carbocyclic nucleosides with a fixed 3E ring pucker in the Southern hemisphere of the pseudorotational cycle is achieved from a common precursor carbocyclic amine, (1S,3S,4R,5 S )-3-benzyloxy-4-benzyloxymethyl-1-aminobicyclo[3.1.0]hexane 20. This carbocyclic amine is efficiently assembled from optically pure 2-benzyloxymethylcyclopent-3-enol 11 in ten steps. The key cyclopropanation step is performed on (3R,4S )-1-cyano-4-benzyloxy-3-(benzyloxymethyl)cyclopentane 15, and proceeds regio- and stereo-selectively to give the critical cyanocarbocyclic intermediate 17 from which the amine 20 is subsequently obtained. Synthesis of the pyrimidine analogues 6–8 is accomplished via the intermediate acyclic acryloylureas 21 and 22. Preparation of purines 9 and 10 required prior N-formylation of the corresponding 4,6-dichloro-5-aminopyrimidine and 4,6-dichloro-2,5-diaminopyrimidine heterocyclic precursors for efficient coupling with amine 20. Except for (S)-2′-deoxy-methanocarba-A (9, the 2′-deoxyadenosine analogue), all Southern conformers appear to be devoid of antiviral activity.

  具有固定结构的碳环核苷的构建 3E 南半球环皱褶 伪旋转循环是由共同的前体碳环实现的 胺， (1S,3S,4R,5 S )-3-苄氧基-4-苄氧基甲基-1-氨基双环[3.1.0]己烷 20. 这个 碳环胺由光学纯高效组装而成 2-苄氧基甲基环戊-3-烯醇 11 十步反应。关键 环丙烷化步骤进行于 (3R,4S )-1-氰基-4-苄氧基-3-(苄氧基甲基)环戊烷15，并进行 区域和立体选择性地给出关键的氰基碳环 中间体17，随后由其获得胺20。 嘧啶类似物 6-8 的合成完成 通过中间体无环丙烯酰脲21和22。 需要事先准备嘌呤 9 和 10 相应的N-甲酰化 4,6-二氯-5-氨基嘧啶和4,6-二氯-2,5-二氨基嘧啶 与胺20有效偶联的杂环前体。除了 (S)-2′-脱氧甲烷碳-A （9，2′-脱氧腺苷类似物），所有南方构象异构体 似乎缺乏抗病毒活性。