Bis- and Tris-DNA Intercalating Porphyrins Designed to Target the Major Groove: Synthesis of Acridylbis-arginyl-porphyrins, Molecular Modelling of Their DNA Complexes, and Experimental Tests
作者:Samia Far、Alain Kossanyi、Catherine Verchère-Béaur、Nohad Gresh、Eliane Taillandier、Martine Perrée-Fauvet
DOI:10.1002/ejoc.200300311
日期:2004.4
two molecules along with the molecular modelling of their complexes with a GC-rich oligonucleotide encompassing the central d(GGCGCC)2 hexamer. The modelling computations showed that when the porphyrin was intercalated into the central d(CpG)2 site with both arginyl side-chains bonded to the guanines flanking the intercalation site, the acridine ring(s) could intercalate immediately upstream from the
为了增加双精氨酸卟啉的 DNA 结合亲和力,先前已证明其优先结合在 d(GGCGCC)2 序列的大沟中(Mohammadi 等人,Biochemistry1998, 37, 9165),我们有合成的双和三嵌入衍生物,其中一个或两个精氨酸臂通过柔性链连接到吖啶环。我们在这里报告了这两种分子的合成以及它们与包含中心 d(GGCGCC)2 六聚体的富含 GC 的寡核苷酸的复合物的分子模型。建模计算表明,当卟啉插入中央 d(CpG)2 位点时,两个精氨酰侧链都与插入位点侧翼的鸟嘌呤相连,吖啶环可以直接插入中央六聚体的上游,但以大量的 DNA 构象能量为代价。发现大凹槽绑定比小凹槽绑定有显着的偏好。圆二色性研究和拓扑异构酶 I 解旋实验的结果支持这些衍生物的双和三嵌入。正如预期的那样,双吖啶衍生物提供了比单吖啶和母体双精氨酸卟啉化合物更大的抗热变性稳定性。根据建模结果,可以定制衍生物的结构以促进富含