1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮 | 103285-22-9

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮
• 中文别名: DMT保护性-2'-甲氧基尿苷；5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基甲基)-2'-甲氧基尿苷
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyluridine
• 英文别名: 1-((2R,3R,4R,5R)-5-((Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxy-3-methoxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-3-methoxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 103285-22-9
• 化学式: C₃₁H₃₂N₂O₈
• 分子量: 560.604
• InChiKey: MFDHAVFJDSRPKC-YXINZVNLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.35±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于乙腈

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.2
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335
• 储存条件：
  存储请置于2-8°C的环境中，保持干燥。

制备方法与用途

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-O-甲基尿苷是一种尿苷类似物。尿苷本身具有潜在的抗癫痫作用，其类似物可用于研究抗惊厥和抗焦虑活性，并有望开发新的抗高血压药物[1]。

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)尿苷	5'-dimethoxytrityluridine	81246-79-9	C30H30N2O8	546.577
  2'-甲氧基尿苷	2'-O-methyluridine	2140-76-3	C10H14N2O6	258.231
  尿嘧啶核苷	uridine	58-96-8	C9H12N2O6	244.204
  ——	2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine	173170-12-2	C30H28N2O7	528.562
  2,2'-脱水尿苷	2,2'-Anhydrouridine	3736-77-4	C9H10N2O5	226.189
  ——	2,2'-anhydro-1-(β-D-arabinofuranosyl)uracil	847650-91-3	C9H10N2O5	226.189

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	DMT(-5)Xylf2Me(b)-uracil-1-yl	——	C31H32N2O8	560.604
  ——	5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-2'-O-methyl-3'-O-(4-oxopentanoyl)uridine	402920-27-8	C36H38N2O10	658.705
  ——	5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyluridine 3'-(N,N,N',N'-tetraisopropyl)phosphorodiamidite	408512-17-4	C43H59N4O8P	790.937
  5’-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-甲基尿苷-3’-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺	5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-3'-O-[(2-cyanoethoxy)(dipropan-2-ylamino)phosphanyl]-2'-O-methyluridine	110764-79-9	C40H49N4O9P	760.824
  ——	(1-cyano-2-methylpropan-2-yl) 2-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-methoxyoxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]acetate	411234-28-1	C44H55N4O10P	830.915
  2'-甲氧基尿苷	2'-O-methyluridine	2140-76-3	C10H14N2O6	258.231
  ——	2'-O-methyl-3'-O-(4-oxopentanoyl)uridine	1613052-27-9	C15H20N2O8	356.332
  ——	1-((2R,3R,4R,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)-3-methoxy-tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione	171268-84-1	C16H28N2O6Si	372.494
  ——	3'-O-acetyl-5-iodo-2'-O-methyluridine	287101-02-4	C12H15IN2O7	426.165
  ——	3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-methyl-5'-oxouridine	1372710-50-3	C26H30N2O6Si	494.62

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮 在 吡啶 、 咪唑 、 对甲苯磺酸 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 40.17h， 生成 3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2'-O-methyl-5'-oxouridine
  参考文献：
  名称：

  用于治疗乙型病毒性肝炎的联合用药物

  摘要：

  本公开提供了一种联合用药物，所述联合用药物包含药物A和药物B，其中，所述药物A为一种或多种如式(1)所示的化合物或其药理活性衍生物，所述药物B为对由HBV引起的病理状况或疾病具有治疗和/或预防作用的核苷类似物中的一种或多种。本公开提供的联合用药物对HBV DNA的抑制率显著高于同等剂量下的单用药物，并且能够显著抑制表面抗原的表达。

  公开号：

  CN112007040A
• 作为产物：
  描述：

  2,2'-脱水尿苷 在 吡啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮
  参考文献：
  名称：

  使用可转换的核苷和DNA催化的RNA连接合成自旋标记的核糖开关RNA。

  摘要：

  可以通过电子顺磁共振（EPR）光谱监测的化学稳定的氮氧自由基可以提供有关功能RNA（如核糖开关）的结构和动态特性的信息。可转换核苷方法用于在环外N 4-氨基处安装2,2,6,6-四甲基哌啶-1-氧基（TEMPO）和2,2,5,5-四甲基吡咯烷-1-氧基（脯氨酰基）标签RNA中胞苷和2'- O-甲基胞嘧啶核苷酸的序列 为了获得超出固相合成极限的位点特异性标记的长核糖开关RNA，我们报道了使用体外选择的脱氧核酶作为催化剂的自旋标记RNA的连接，并证明了TEMPO标记的53 nt SAM-III和118 nt SAM-1核糖开关结构域（SAM =  S-腺苷甲硫氨酸）。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2013.04.007

文献信息

• Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
  申请人：Isis Pharmceuticals, Inc.

  公开号：US05646265A1

  公开（公告）日：1997-07-08

  2'-O-alkylated guanosine, uridine, cytidine, and 2,6-diaminopurine 3'-O-phosphoramidites are prepared by alkylating nucleoside precursors, adding suitable blocking groups and phosphitylating. Alkylation is effected on 2,6-diamino-9-(.beta.-D-ribofuranosyl)purine followed by deamination to prepare guanosine 2'-O-alkylated 3'-O-phosphormidites. Alkylation is effected on a dialkyl stannylene derivative of uridine to prepare uridine 2'-O-alkylated 3'-O-phosphormidites. Alkylation is effected directly on cytidine to prepare cytidine 2'-O-alkylated 3'-O-phosphormidites. Alkylation is effected directly on 2,6-diaminopurine to prepare 2,6-diaminopurine 2'-O-alkylated 3'-O-phosphormidites.

  2'-O-烷基化鸟苷、尿苷、胞苷和2,6-二氨基嘌呤3'-O-磷酰胺酯是通过烷基化核苷前体、添加适当的阻断基团和磷酰化来制备的。烷基化是在2,6-二氨基-9-(β-D-核糖呋喃基)嘌呤上进行的，随后进行去氨基化以制备鸟苷2'-O-烷基化3'-O-磷酰胺酯。烷基化是在尿苷的二烷基基锡衍生物上进行的，以制备尿苷2'-O-烷基化3'-O-磷酰胺酯。烷基化是直接在胞苷上进行的，以制备胞苷2'-O-烷基化3'-O-磷酰胺酯。烷基化是直接在2,6-二氨基嘌呤上进行的，以制备2,6-二氨基嘌呤2'-O-烷基化3'-O-磷酰胺酯。
• [EN] COMPOSITIONS AND METHODS FOR PHOSPHORAMIDITE AND OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE DE PHOSPHORAMIDITES ET D'OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018098264A1

  公开（公告）日：2018-05-31

  The present disclosure, among other things, provides technologies for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides phosphoramidites and methods for synthesis thereof. In some embodiments, provided methods provides higher yields and/or purities. In some embodiments, provided methods remove byproducts without contact with an aqueous solution.

  本公开内容提供了寡核苷酸合成的技术。在某些实施例中，本公开内容提供了磷酰胺酰胺和其合成方法。在某些实施例中，所提供的方法提供了更高的产率和/或纯度。在某些实施例中，所提供的方法在不与水溶液接触的情况下去除副产物。
• Oxathiaphospholane Approach to the Synthesis of Nucleoside Methane­phosphonothioates
  作者：Wojciech J. Stec、Konrad Misiura

  DOI：10.1055/s-2004-831325

  日期：——

  A new and efficient method for preparation of the diastereomers of 5′-O-DMT-nucleoside 3′-O-methanephosphonothioates has been elaborated based on an oxathiaphospholane approach, developed earlier in this laboratory. Appropriately protected 3′-OH nucleosides react in the presence of DBU with 2-methyl-2-thio-1,3,2-oxathiaphospholane providing an equimolar mixture of dia­stereomers of nucleoside 3′-O-methanephosphonothioates which were separated by silica gel column chromatography.

  一种新的高效方法已被提出，用于制备5′-O-DMT-核苷3′-O-甲基膦硫酸酯的非对映体，这一方法基于早期在本实验室开发的氧硫茚啶方法。适当保护的3′-羟基核苷在DBU的存在下与2-甲基-2-硫基-1,3,2-氧硫茚啶反应，生成等摩尔的非对映体核苷3′-O-甲基膦硫酸酯混合物，随后通过硅胶柱色谱法进行分离。
• Synthesis and NMR Structural Analysis of 2′-OMe-Uridin-3′-yl (3′,5′)-5′-O-(N-Isobutyryl-2′-OMe-Cytidine) Methylthiophosphonates
  作者：Sebastian Olejniczak、Marek J. Potrzebowski、Lucyna A. Wozniak

  DOI：10.1002/ejoc.200300772

  日期：2004.5

  Detailed analysis of the molecular structures of both the Fast-eluted and the Slow-eluted (the notation Slow and Fast corresponds to the relative mobility properties of compounds in silica gel column chromatography under normal phase conditions, see Exp. Sect. for details) diastereomers of 5′-OH-2′-OMe-uridin-3′-yl (3′,5′)-5′-O-(N-isobutyryl-2′-OMe-cytidine) methylthiophosphonate (1) was performed

  快速洗脱和慢洗脱的分子结构的详细分析（符号慢和快对应于正相条件下硅胶柱色谱中化合物的相对迁移率特性，详见实验部分）非对映异构体5'-OH-2'-OMe-uridin-3'-yl (3',5')-5'-O-(N-isobutyryl-2'-OMe-cytidine) 甲基硫代膦酸酯 (1) 用1H、13C、1D 和 2D 同核和异核 PFG（脉冲场梯度）NMR 研究的帮助。1H ROESY 实验明确指定了 1 的非对映异构体的绝对构型 [(RP) 和 (SP)]。借助 PSEUDOROT 程序计算核糖环的伪旋转参数，并与 X 射线结构分析获得的数据进行比较。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany,
• One-Pot Synthesis of Dinucleoside (3′,5′)-Methylphosphonothioates and their Seleno Congeners via the Phosphonotriazolidite Approach
  作者：Lucyna Wozniak、Malgorzata Bukowiecka-Matusiak、Marcin Gora、Wojciech Stec

  DOI：10.1055/s-2006-941577

  日期：2006.6

  An efficient method for large laboratory scale synthesis of dinucleoside (3',5')-methylphosphonothioates and their methylphosphonoselenoate congeners is presented. Bis-(1,2,4-triazoloyl)methylphosphonite generated in situ from methyldichlorophosphine is used as a phosphitylating agent and the preparations are performed as one-pot-reactions without isolation of the reactive PIII intermediates.

  提出了一种用于大规模实验室规模合成二核苷 (3',5')-甲基硫代膦酸酯及其甲基膦酰硒酸酯同系物的有效方法。由甲基二氯膦原位生成的双-(1,2,4-三唑酰基)甲基亚膦酸酯用作亚磷酸化剂，制备过程为一锅反应，无需分离反应性 PIII 中间体。