2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine | 173170-12-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
• 英文别名: (2R,3R,3AS,9aR)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-3-hydroxy-3,3a-dihydro-2H-furo[2',3':4,5]oxazolo[3,2-a]pyrimidin-6(9aH)-one；(2R,4R,5R,6S)-4-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-hydroxy-3,7-dioxa-1,9-diazatricyclo[6.4.0.02,6]dodeca-8,11-dien-10-one
• CAS: 173170-12-2
• 化学式: C₃₀H₂₈N₂O₇
• 分子量: 528.562
• InChiKey: OEIRLWHCGAICDW-AOGFTHLWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  99
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

5'−保护的2,2'−脱水尿苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 在 叠氮化锂 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.0h， 以66%的产率得到2'-azido-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。LVII部分。2'-氨基-2'-脱氧核糖核苷的亚磷酰胺结构单元的合成：寡核苷酸合成的新化合物†

  摘要：

  化学合成的尿嘧啶，胞嘧啶，腺嘌呤，鸟嘌呤和2'-氨基-2'-脱氧核糖核苷，和其转化为适当保护的3'-亚磷酰胺构建模块35 - 40用于寡核苷酸合成进行说明。使用2-（4-硝基苯基）乙氧羰基（npeoc）基团保护糖苷配基和2'-氨基官能团。3'- O-琥珀酰基（3' - O-（3-羧基丙酰基））取代的起始核苷41的合成描述了1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯（DBU）脱保护过程中预期迁移的溶液和固相行为，并对其进行了研究。使用新的结构单元制备了寡核苷酸，并通过紫外熔融技术研究了它们的杂交特性。

  DOI：

  10.1002/hlca.19980810556
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 吡啶 、 碳酸二苯酯 、 碳酸氢钠 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  使用可转换的核苷和DNA催化的RNA连接合成自旋标记的核糖开关RNA。

  摘要：

  可以通过电子顺磁共振（EPR）光谱监测的化学稳定的氮氧自由基可以提供有关功能RNA（如核糖开关）的结构和动态特性的信息。可转换核苷方法用于在环外N 4-氨基处安装2,2,6,6-四甲基哌啶-1-氧基（TEMPO）和2,2,5,5-四甲基吡咯烷-1-氧基（脯氨酰基）标签RNA中胞苷和2'- O-甲基胞嘧啶核苷酸的序列 为了获得超出固相合成极限的位点特异性标记的长核糖开关RNA，我们报道了使用体外选择的脱氧核酶作为催化剂的自旋标记RNA的连接，并证明了TEMPO标记的53 nt SAM-III和118 nt SAM-1核糖开关结构域（SAM =  S-腺苷甲硫氨酸）。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2013.04.007

文献信息

• Regioselective Mitsunobu Reaction of Partially Protected Uridine
  作者：Maurycy Szlenkier、Karol Kamel、Jerzy Boryski

  DOI：10.1080/15257770.2016.1188943

  日期：2016.8.2

  Mitsunobu reaction of partially acylated uridine proceeds with high regioselectivity for intramolecular SN2 anhydro linkage closuring. Under the reaction conditions, an isomeric mixture of diacyl uridine derivatives with either free 2′- or 3′-hydroxyl group was transformed into a single cyclonucleosidic product, 2,2′-anhydro-3′,5′-di-O-acyluridine. This paper presents a possible mechanism of the reactions

  摘要 部分酰化尿苷的光信反应对分子内 SN2 脱水键关闭具有高区域选择性。在该反应条件下，具有游离 2'-或 3'-羟基的二酰基尿苷衍生物的异构混合物转化为单一的环核苷产物，2,2'-脱水-3',5'-二-O-酰基尿苷. 本文提出了反应的可能机制、基于半经验和密度泛函理论 (DFT) 计算的观察现象的解释以及该合成途径的可能效用。
• Chemical Synthesis of Selenium-Modified Oligoribonucleotides and Their Enzymatic Ligation Leading to an U6 SnRNA Stem−Loop Segment
  作者：Claudia Höbartner、Ronald Micura

  DOI：10.1021/ja038481k

  日期：2004.2.1

  nucleic acids with selenium is highly promising to facilitate nucleic acids structure determination by X-ray crystallography using the multiwavelength anomalous dispersion (MAD) technique. The foundation for such an approach has been laid by Huang, Egli, and co-workers and was exemplified on small DNA duplexes. Here, we present a comprehensive study on the preparation of RNAs containing 2'-Se-methylpyrimidine

  核酸与硒的衍生化非常有希望促进使用多波长反常色散 (MAD) 技术通过 X 射线晶体学确定核酸结构。Huang、Egli 和同事为这种方法奠定了基础，并在小 DNA 双链体上得到了例证。在这里，我们对含有 2'-Se-甲基嘧啶核苷标签的 RNA 的制备进行了全面的研究。这包括合成新的 2'-Se-甲基胞苷亚磷酰胺 11 并通过固相合成将其掺入寡核糖核苷酸中。在毫摩尔量的 threo-1,4-dimercapto-2,3-butandiol (DTT) 存在下实现寡核苷酸的脱保护。有了这种添加剂，氧化产物和后续副产物得到抑制，并获得了可接受的粗物质 HPLC 痕量，迄今为止测试了高达 22 聚体的序列。此外，对含硒寡核糖核苷酸的酶促连接的广泛研究证明了硒方法的高度灵活性。我们的目标序列是一个 U6 snRNA 茎环基序，包含除 Se 标记之外的所有天然核苷修饰，是通过使用 T4 RNA 连接酶连接实现的。
• New Telluride-Mediated Elimination for Novel Synthesis of 2′,3′-Didehydro-2′,3′-dideoxynucleosides
  作者：Jia Sheng、Abdalla E. A. Hassan、Zhen Huang

  DOI：10.1021/jo7025806

  日期：2008.5.1

  Several 2′,3′-dideoxynucleosides (ddNs) and 2′,3′-didehydro-2′,3′-dideoxynucleosides (d4Ns) are FDA-approved anti-HIV drugs. Via conveniently synthesized 2,2′-anhydronucleosides, we have developed a novel synthesis of d4Ns by discovering and applying a new telluride-mediated elimination reaction. Our experiment results show that after substitution of 2,2′-anhydronucleosides with a telluride monoanion

  几种2'，3'-双脱氧核苷（ddNs）和2'，3'-双脱氢-2'，3'-双脱氧核苷（d4Ns）是FDA批准的抗HIV药物。通过方便地合成的2,2'-脱水核苷，我们通过发现和应用新的碲化物介导的消除反应，开发了一种新颖的d4Ns合成方法。我们的实验结果表明，在将2,2'-脱水核苷替换为碲化物单阴离子后，形成了碲化物中间体，其消除导致形成烯烃产物（d4Ns）。我们的机理研究表明，碲化物辅助反应包括两个步骤：取代（或添加）和消除。通过使用二甲基二碲化物（0.1当量）作为试剂，通过碲化物介导的消除反应，可以合成d4Ns，产率高达90％。
• Preparation of 2′-Alkylselenouridine Derivatives via a 2-(Trimethyl­silyl)ethylselenation Approach
  作者：Mamoru Koketsu、Shota Fukuno、Masayuki Ninomiya

  DOI：10.1055/s-0036-1588937

  日期：——

  agents for humans. In this study, 2′-alkylselenouridine derivatives were prepared through 2-(trimethylsilyl)ethylselenation at the C2′ position of 5′-DMT-2,2′-O-cyclouridine, followed by alkylation with various haloalkanes utilizing the characteristics of a Si atom. Overall, we demonstrated the versatility of a 2-(trimethylsilyl)ethylselenyl group for the synthesis of 2′-alkylselenouridines.

  众所周知，核苷酸的 2'-O-甲基化可增加 siRNA 对核酸酶活性的稳定性。最近，含硒生物分子已被认为是人类独特的生物和药物制剂。在这项研究中，通过在 5'-DMT-2,2'-O-环尿苷的 C2' 位进行 2-(三甲基甲硅烷基)乙基硒化，然后利用 Si 的特性与各种卤代烷烃进行烷基化，制备了 2'-烷基硒尿苷衍生物。原子。总的来说，我们证明了 2-（三甲基甲硅烷基）乙基硒基团在合成 2'-烷基硒尿苷方面的多功能性。
• Efficient Synthesis of 2‘,3‘-Dideoxy-2‘-amino-3‘-thiouridine
  作者：Qing Dai、Joseph A. Piccirilli

  DOI：10.1021/ol049366x

  日期：2004.6.1

  [reaction: see text] Metal ion rescue experiments provide a powerful approach to establish the presence and role of divalent metal ions in the biological function of RNA. The utility of this approach depends on the availability of suitable nucleoside analogues. To expand the range of this experimental strategy, we describe the first synthesis of 2',3'-dideoxy-2'-amino-3'-thiouridine (12) in 19.5% overall

  [反应：请参阅文本]金属离子拯救实验提供了一种强有力的方法来确定二价金属离子在RNA生物学功能中的存在和作用。这种方法的实用性取决于合适的核苷类似物的可用性。为了扩大该实验策略的范围，我们描述了从2,2'-脱水尿苷（1）开始以19.5％的总收率合成2'，3'-dideoxy-2'-amino-3'-thiouridine（12）的首次合成。 ）。