2'-O-(2-nitrobenzyl)adenosine | 61517-73-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2'-O-(2-nitrobenzyl)adenosine
• 英文别名: O^2'-(4-nitro-benzyl)-adenosine；2'-O-(o-Nitrobenzyl)adenosin；2'-O-[(2-Nitrophenyl)methyl]adenosine；(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)-4-[(2-nitrophenyl)methoxy]oxolan-3-ol
• CAS: 61517-73-5
• 化学式: C₁₇H₁₈N₆O₆
• 分子量: 402.367
• InChiKey: USOXUDOPCMDEJH-LSCFUAHRSA-N

物化性质

• 沸点：
  734.9±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.77±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.8
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  174
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(2-nitrobenzyl)adenosine 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 亚磷酸二苯酯 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  由发夹核酶中的核碱基介导的一般酸碱催化

  摘要：

  发夹核酶加速 RNA 磷酸二酯骨架裂解或连接的催化机制尚未完全了解。有实验证据表明腺嘌呤 (A38) 和鸟嘌呤 (G8) 具有重要作用，并且已经提出它们在一般的酸碱催化中起作用。在这项工作中，我们表明用嘌呤 (A38P) 取代 A38 时裂解速率的大幅降低可以通过用硫 (5'-PS) 取代易裂磷酸盐上的 5'-氧原子来逆转，这是一个很大的最好离开小组。这与 A38 作为未修饰核酶中的一般酸一致。A38P 核酶对 5'-PS 底物的切割速率随 pH 对数线性增加，表明需要具有相对较高 pK(a) 的去质子化碱基。在用二氨基嘌呤取代 G8 时，5'-PS 底物裂解率首先随 pH 值增加，然后保持在一个高原，表现出明显的 pK(a)，与此核苷酸在一般碱催化中的作用一致。讨论了发夹核酶反应性的 pH 依赖性的替代解释，从中我们得出结论，A38 和 G8 的一般酸碱催化是与所有实验数据一致的最简单和最可能的解释。

  DOI：

  10.1021/ja3067429