(S)-2'-deoxymethanocarba uridine | 190195-68-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: (S)-2'-deoxymethanocarba uridine
• 英文别名: 1-[(1S,2R,3S,5S)-3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-5-bicyclo[3.1.0]hexanyl]pyrimidine-2,4-dione；1-[(1S,3S,4R,5S)-3-hydroxy-4-(hydroxymethyl)-1-bicyclo[3.1.0]hexanyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 190195-68-7
• 化学式: C₁₁H₁₄N₂O₄
• 分子量: 238.243
• InChiKey: ZZWLKOLJVFRSEA-UGYAYLCHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  89.9
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-2'-deoxymethanocarba uridine 在 咪唑 、 四丁基氟化铵 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 (1S,3S,4R,5S)-3-tetrahydropyranyl-4-hydroxymethyl-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-1-yl)bicyclo[3.1.0]hexane
  参考文献：
  名称：

  Human P2Y₆ Receptor:  Molecular Modeling Leads to the Rational Design of a Novel Agonist Based on a Unique Conformational Preference

  摘要：

  Combining molecular dynamics (MD) in a hydrated phospholipid (DOPC) bilayer, a Monte Carlo search, and synthesis of locked nucleotide analogues, we discovered that the Southern conformation of the ribose is preferred for ligand recognition by the P2Y(6) receptor. 2'-Deoxy-(S)-methanocarbaUDP was found to be a full agonist of the receptor and displayed a 10-fold higher potency than that for the corresponding flexible 2'-deoxyUDP. MD results also suggested a conformational change of the second extracellular loop consequent to agonist binding.

  DOI：

  10.1021/jm050911p
• 作为产物：
  描述：

  (1S,2R,3R,4R)-1-Benzyloxy-2-benzyloxymethyl-4-cyano-3-hydroxycyclopentane 在 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hydroxide 、 二苯甲酮 、 二苯基磷酸 、 四丁基氟化铵 、 三氯化硼 、 三乙胺 、 N,N'-硫羰基二咪唑 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醚 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 118.5h， 生成 (S)-2'-deoxymethanocarba uridine
  参考文献：
  名称：

  Conformationally locked carbocyclic nucleosides built on a bicyclo[3.1.0]hexane template with a fixed Southern conformation. Synthesis and antiviral activity

  摘要：

  具有固定结构的碳环核苷的构建 3E 南半球环皱褶 伪旋转循环是由共同的前体碳环实现的 胺， (1S,3S,4R,5 S )-3-苄氧基-4-苄氧基甲基-1-氨基双环[3.1.0]己烷 20. 这个 碳环胺由光学纯高效组装而成 2-苄氧基甲基环戊-3-烯醇 11 十步反应。关键 环丙烷化步骤进行于 (3R,4S )-1-氰基-4-苄氧基-3-(苄氧基甲基)环戊烷15，并进行 区域和立体选择性地给出关键的氰基碳环 中间体17，随后由其获得胺20。 嘧啶类似物 6-8 的合成完成 通过中间体无环丙烯酰脲21和22。 需要事先准备嘌呤 9 和 10 相应的N-甲酰化 4,6-二氯-5-氨基嘧啶和4,6-二氯-2,5-二氨基嘧啶 与胺20有效偶联的杂环前体。除了 (S)-2′-脱氧甲烷碳-A （9，2′-脱氧腺苷类似物），所有南方构象异构体 似乎缺乏抗病毒活性。

  DOI：

  10.1039/a604352f

文献信息

• Contrasting Behavior of Conformationally Locked Carbocyclic Nucleosides of Adenosine and Cytidine as Substrates for Deaminases
  作者：Victor E. Marquez、Gottfried K. Schroeder、Olaf R. Ludek、Maqbool A. Siddiqui、Abdallah Ezzitouni、Richard Wolfenden

  DOI：10.1080/15257770903091904

  日期：2009.8.11

  In addition to the already known differences between adenosine deaminase (ADA) and cytidine deaminase (CDA) in terms of their tertiary structure, the sphere of Zn+2 coordination, and their reverse stereochemical preference, we present evidence that the enzymes also differ significantly in terms of the North/South conformational preferences for their substrates and the extent to which the lack of the

  除了已知的腺苷脱氨酶 (ADA) 和胞苷脱氨酶 (CDA) 在三级结构、Zn+2 配位范围和反向立体化学偏好方面存在差异之外，我们还提供了证据表明这些酶在其底物的北/南构象偏好以及缺乏 O(4') 氧对碳环底物酶促脱氨动力学的影响程度。本研究中使用的碳环核苷底物具有柔性环戊烷环或刚性双环 [3.1.0] 己烷支架。