2'-deoxy-O⁶-isopropylguanosine | 85754-75-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2'-deoxy-O⁶-isopropylguanosine
• 英文别名: Guanosine, 2'-deoxy-6-O-(1-methylethyl)-；(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-propan-2-yloxypurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 85754-75-2
• 化学式: C₁₃H₁₉N₅O₄
• 分子量: 309.325
• InChiKey: BHOCQPBWZXCVHU-DJLDLDEBSA-N

物化性质

• 沸点：
  652.9±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.68±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  129
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-O⁶-isopropylguanosine 在 磷酸三甲酯 、 1,8-双二甲氨基萘 、 三氯氧磷 、 三正丁胺 、 C₁₂H₂₇N*2H⁽¹⁺⁾*H₂O₇P₂^(2-) 、 N,N-二甲基甲酰胺 作用下， 反应 0.5h， 以35%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  用于区分胞嘧啶和表观遗传标记 5-甲基胞嘧啶的修饰核苷酸。

  摘要：

  5-Methyl-2'-deoxycytosine 是真核细胞中最常见的 DNA 表观遗传标记，在基因调控中起关键作用，并影响发育和癌变等各种细胞过程。因此，5mC的检测可以作为诊断的重要生物标志物。在这里，我们描述了修饰的 dGTP 类似物以及修饰的引物能够感知 C 的单个甲基化是否存在，即使这种修饰不会直接干扰 Watson-Crick 核碱基配对。通过筛选几个修饰的核苷酸支架，O(6)-修饰的 2'-脱氧鸟苷类似物被确定为区分 C 和 5mC。这些修饰的核苷酸可能会在位点特异性 5mC 检测中得到应用，例如，通过实时 PCR 方法。

  DOI：

  10.1002/anie.201511520
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 氢氧化钾 、 三(3,6-二氧杂庚基)胺 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.83h， 生成 2'-deoxy-O⁶-isopropylguanosine
  参考文献：
  名称：

  N 7-（2-脱氧-β-D-赤型-戊呋喃糖基）鸟嘌呤（N 7 G d）的碱基配对性能研究†

  摘要：

  研究了N 7-（2-脱氧-β-D-赤型戊呋喃糖基）鸟嘌呤（N 7 G d；1）的碱基配对性质。通过核苷碱基阴离子糖基化获得核苷1。研究了各种6-烷氧基嘌呤-2-胺3a - i与2-脱氧-3,5-二-O-（4-甲苯甲酰基）-α-D-赤型-戊呋喃糖酰氯的糖基化反应（8）。所述Ñ 9 / Ñ 7 -glycosylation比率被发现是1：1时6- isopropoxypurin -2-胺（3D），而6-（2-甲氧基乙氧基）嘌呤-2-亚胺（3i）主要产生N 9-核苷（2：1）。通过固相合成制备含有化合物1的寡核苷酸，并将其与具有四个与N 7 G d相对的常规核苷的互补链杂交。根据双链形成的T m值和焓数据，提出了N 7 G d和dG之间的碱基对。从可能的N 7 G d dG碱基对动机出发，Hoogsteen配对可以被排除，因为7-脱氮基2'-脱氧鸟苷与N 7 G d形成与dG相同的稳定碱基对。

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800424
• 作为试剂：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 、 、 、 、 吡啶 在 2'-脱氧-6-O-甲基-鸟苷 、 O(6)-乙基-2'-脱氧鸟苷 、 2'-deoxy-O⁶-isopropylguanosine 、 Hydron;pyridin-1-ium;chloride 、 碳酸氢钠 作用下， 以 alcohol 为溶剂， 反应 132.92h， 以to yield O6 -methyldeoxyguanosine, O6 -ethyldeoxyguanosine or O6 -isopropyldeoxyguanosine的产率得到2'-脱氧-6-O-甲基-鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Methods of screening for nucleoside analogs that are incorporated by HIV

  摘要：

  本发明揭示了与HIV相关的方法和组合物。使用本发明的方法，可以筛选核苷类似物，以确定其是否能够被人类免疫缺陷病毒（“HIV RT”）的反转录酶所合并，并引起不正确的碱基配对。通过这些核苷类似物对病毒的逐步突变使其无法生存。

  公开号：

  US05512431A1

文献信息

• US06132776
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——
• US6495346B1
  申请人：——

  公开号：US6495346B1

  公开（公告）日：2002-12-17
• Modified Nucleotides for Discrimination between Cytosine and the Epigenetic Marker 5-Methylcytosine
  作者：Janina von Watzdorf、Kim Leitner、Andreas Marx

  DOI：10.1002/anie.201511520

  日期：2016.2.24

  for diagnostics. Here we describe that modified dGTP analogues as well as modified primers are able to sense the presence or absence of a single methylation of C, even though this modification does not interfere directly with Watson-Crick nucleobase pairing. By screening several modified nucleotide scaffolds, O(6)-modified 2'-deoxyguanosine analogues were identified as discriminating between C and 5mC

  5-Methyl-2'-deoxycytosine 是真核细胞中最常见的 DNA 表观遗传标记，在基因调控中起关键作用，并影响发育和癌变等各种细胞过程。因此，5mC的检测可以作为诊断的重要生物标志物。在这里，我们描述了修饰的 dGTP 类似物以及修饰的引物能够感知 C 的单个甲基化是否存在，即使这种修饰不会直接干扰 Watson-Crick 核碱基配对。通过筛选几个修饰的核苷酸支架，O(6)-修饰的 2'-脱氧鸟苷类似物被确定为区分 C 和 5mC。这些修饰的核苷酸可能会在位点特异性 5mC 检测中得到应用，例如，通过实时 PCR 方法。
• Studies on the Base-Pairing Properties ofN7-(2-Deoxy-?-D-erythro-pentofuranosyl)guanine (N7Gd)
  作者：Frank Seela、Peter Leonard

  DOI：10.1002/hlca.19970800424

  日期：1997.6.30

  amine (3d) was used, whereas 6-(2-methoxyethoxy)purin-2-arnine (3i) gave mainly the N9-nucleoside (2:1). Oligonucleotides containing compound 1 were prepared by solid-phase synthesis and hybridized with complementary strands having the four conventional nucleosides located opposite to N7Gd. According to Tm values and enthalpy data of duplex formation, a base pair between N7Gd and dG is suggested. From

  研究了N 7-（2-脱氧-β-D-赤型戊呋喃糖基）鸟嘌呤（N 7 G d；1）的碱基配对性质。通过核苷碱基阴离子糖基化获得核苷1。研究了各种6-烷氧基嘌呤-2-胺3a - i与2-脱氧-3,5-二-O-（4-甲苯甲酰基）-α-D-赤型-戊呋喃糖酰氯的糖基化反应（8）。所述Ñ 9 / Ñ 7 -glycosylation比率被发现是1：1时6- isopropoxypurin -2-胺（3D），而6-（2-甲氧基乙氧基）嘌呤-2-亚胺（3i）主要产生N 9-核苷（2：1）。通过固相合成制备含有化合物1的寡核苷酸，并将其与具有四个与N 7 G d相对的常规核苷的互补链杂交。根据双链形成的T m值和焓数据，提出了N 7 G d和dG之间的碱基对。从可能的N 7 G d dG碱基对动机出发，Hoogsteen配对可以被排除，因为7-脱氮基2'-脱氧鸟苷与N 7 G d形成与dG相同的稳定碱基对。
• Methods of screening for nucleoside analogs that are incorporated by HIV
  申请人：Darwin Molecular Corporation

  公开号：US05512431A1

  公开（公告）日：1996-04-30

  Methods and compositions related to HIV are disclosed. Using the methods of the present invention, nucleoside analogs may be screened for the ability to be incorporated by reverse transcriptase of human immunodeficiency virus ("HIV RT") and cause incorrect base pairing. Progressive mutation of the virus by such nucleoside analogs renders it non-viable.

  本发明揭示了与HIV相关的方法和组合物。使用本发明的方法，可以筛选核苷类似物，以确定其是否能够被人类免疫缺陷病毒（“HIV RT”）的反转录酶所合并，并引起不正确的碱基配对。通过这些核苷类似物对病毒的逐步突变使其无法生存。