1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-(2,2-dimethylpropanoyl)-1,3-diazinane-2,4-dione | 1179536-28-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-(2,2-dimethylpropanoyl)-1,3-diazinane-2,4-dione
• CAS: 1179536-28-7
• 化学式: C₁₄H₂₂N₂O₇
• 分子量: 330.338
• InChiKey: ZCJNREJVDMUIKX-HGJRMYDMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.3
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  136
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-(2,2-dimethylpropanoyl)-1,3-diazinane-2,4-dione 在 四氮唑 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  RNA 中 C6-嘧啶基团反应性的产物和机理分析

  摘要：

  核碱基自由基是羟基自由基与核酸反应时产生的主要反应中间体。5,6-Dihydrouridin-6-yl 自由基 (1) 是由酮前体通过 Norrish I 型光裂解在二核苷酸、单链和双链 RNA 中独立产生的。该自由基是尿苷主要羟基自由基加合物的模型。通过 ESI-MS 观察到由 1 到 5'-相邻核苷酸衍生的过氧自由基的添加引起的串联损伤。自由基 1 在 5'-相邻核苷酸和初始生成位点产生直接链断裂。在这两个位置裂解的偏好取决于 RNA 的二级结构以及 O(2) 是否存在。改变 5'-相邻核苷酸的身份对链断裂几乎没有影响。一般来说，与 O(2) 存在时相比，在厌氧条件下断链更有效。在厌氧条件下，双链 RNA 的断链效率是单链寡核苷酸的两倍多。核苷酸间链断裂通过 C2'-氢原子被 1 夺取后的 β-断裂发生。随后形成的烯烃阳离子自由基最终产生含有 3'-磷酸或 3'-脱氧-2'-酮尿苷末端

  DOI：

  10.1021/ja200317w
• 作为产物：
  描述：

  6-pivaloyluridine 在 Rh/Al₂O₃ 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 20.0 ℃ 、310.27 kPa 条件下， 反应 3.0h， 生成 1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-(2,2-dimethylpropanoyl)-1,3-diazinane-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  5,6-二氢尿苷-6-基自由基的光化学生成和反应性。

  摘要：

  核碱基自由基是核酸暴露于羟基自由基时形成的反应中间体的主要家族，羟基自由基是由伽马射线分解和 Fe.EDTA 产生的。通过从光化学前体独立产生这些物种，在理解核碱基自由基在氧化性 DNA 损伤中的作用方面取得了重大进展。然而，这种方法很少用于研究 RNA 分子。叔丁基酮 (2b) 的 Norrish I 型光裂解能够研究 5'-苯甲酰基-5,6-二氢尿苷-6-基 (1b) 的反应性。在有氧或厌氧条件下观察到高质量平衡，并且 O(2) 不影响酮 (2b) 到 1b 的光化学转化。与 O(2) 的竞争研究表明自由基从 β-巯基乙醇中提取氢原子，双分子速率常数 = 2.6 +/- 0.5 x 10(6) M(-1)s(-1)。在 O(2) 存在下形成的主要产品是 5'-苯甲酰基-6-羟基-5,6-二氢尿苷 (6)。相比之下，5-苯甲酰基-核糖内酯 (7)，一种由过氧自由基夺取 C1'-氢原子产生

  DOI：

  10.1021/jo9012805

文献信息

• Direct Strand Scission from a Nucleobase Radical in RNA
  作者：Aaron C. Jacobs、Marino J. E. Resendiz、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja100281x

  日期：2010.3.24

  formal C5 hydrogen atom addition product of uridine in RNA, we provide the first chemical characterization of the pathway for direct strand scission from an RNA nucleobase radical. The process is more efficient under anaerobic conditions. The preference for strand scission in double-stranded RNA over single-stranded RNA suggests that this chemistry may be useful for analyzing the secondary structure of

  RNA 氧化在疾病的病因学中很重要，也是研究这种生物聚合物的结构和折叠动力学的工具。核碱基自由基是暴露于可扩散物质（如羟基自由基）的 RNA 中产生的反应性中间体的主要家族。核碱基自由基被认为通过从它们自己的和相邻的核糖环中提取氢原子来产生直接的链断裂。通过在 RNA 中独立生成尿苷的形式 C5 氢原子加成产物，我们提供了从 RNA 核碱基自由基直接断链途径的第一个化学表征。该过程在厌氧条件下更有效。