1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine | 918132-59-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine
• 英文别名: 1-[3,5-di-O-benzyl-4-C-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine
• CAS: 918132-59-9
• 化学式: C₂₆H₂₇N₃O₆
• 分子量: 477.517
• InChiKey: WGXSFELWCMNCAW-TVKXAPEFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.19
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  126.57
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 (1R,5R,7R,8S)-5-benzyloxymethyl-8-benzyloxy-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977
• 作为产物：
  描述：

  1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-2-O-methanesulfonyl-β-D-ribofuranosyl]thymine 在 硫酸 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 丙酮 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 1-[3,5-di-O-benzyl-4-cyanomethyl-β-D-arabinofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977

文献信息

• WO2007/145593
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——