4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮 | 76512-82-8

• 物质功能分类: 有机原料 - 杂环化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)deoxycytidine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 76512-82-8
• 化学式: C₃₀H₃₁N₃O₆
• 分子量: 529.593
• InChiKey: XMBLVFBRAADPJF-ZRRKCSAHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮 在 叔丁基过氧化氢 、 咪唑 三氟甲磺酸盐 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.08h， 生成 2-cyanoethyl [5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytosylyl]-(3',5')-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  无核苷碱基保护的亚磷酰胺法简便合成寡脱氧核糖核苷酸

  摘要：

  已经开发了一种通过亚磷酰胺方法轻松合成寡脱氧核糖核苷酸的方法，无需对构建块进行碱基保护；它依赖于使用咪唑鎓三氟甲磺酸盐作为核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂。在溶液相中，通过使用等摩尔量的无 N 核苷亚磷酰胺和 N-未封闭核苷以高度 O 选择性的方式完成缩合，在用双（三甲基甲硅烷基）过氧化物或叔丁基过氧化氢氧化后得到, 产率 > 95% 的磷酸二核苷。在固相合成中，需要过量的亚磷酰胺进行缩合，脱氧腺苷和脱氧胞苷都进行了一定程度的N-亚磷酸化。然而，不想要的产品，可以通过在甲醇中用苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐短暂处理转化为不含 N 的衍生物。因此，整个过程允许化学选择性地形成核苷酸间连接。低聚物制备...

  DOI：

  10.1021/ja973731g
• 作为产物：
  描述：

  4-(1,2,4-triazol-1-yl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-3'-O-trimethylsilyl thymidine 在 Ammonium hydroxide 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 以85%的产率得到4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮
  参考文献：
  名称：

  Antisense modulation of PPP3CB expression

  摘要：

  提供了用于调节PPP3CB表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码PPP3CB的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了使用这些化合物调节PPP3CB表达和治疗与PPP3CB表达相关疾病的方法。

  公开号：

  US20040023382A1
• 作为试剂：
  描述：

  5-氨基-1-戊醇 、 N4-苯甲酰基-5′-O-(4,4′-二甲氧基三苯基)-2′-脱氧胞苷 、 1,5,7-三氮杂双环[4.4.0]癸-5-烯 在 氯仿 、 sodium hydroxide 、 水 、 Sodium sulfate-III 、 二氯甲烷 、 silica gel 、 4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮 、 title compound 作用下， 以 异丙醇 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 2'-deoxy-N4-(5-hydroxypentyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  Aminooxy functionalized oligomers, oligomer arrays and methods of using them

  摘要：

  本发明提供了能够与所选的RNA或DNA序列特异性杂交的寡聚物，其中寡聚物的核苷酸基团中至少一个被修饰为含有氨氧基连接。这些寡聚物可用于诊断、治疗和研究目的。

  公开号：

  US20030113769A1

文献信息

• SENSITIVE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING SULFUR-BASED FUNCTIONS AS PROTECTING GROUPS AND LINKERS
  申请人：Fang Shiyue

  公开号：US20210032281A1

  公开（公告）日：2021-02-04

  Embodiments for the synthesis of sensitive oligonucleotides as well as insensitive oligonucleotides are provided. Sulfur-based groups are used for the protection of exo-amino groups of nucleobases, phosphate groups and 2′-OH groups, and as cleavable linker for linking oligonucleotides to a support. Oligonucleotide syntheses are achieved under typical conditions using phosphoramidite chemistry with important modifications. To prevent replacing sulfur-based protecting groups by acyl groups via cap-exchange, special capping agents are used. To retain hydrophobic tag to assist RP HPLC purification, special phosphoramidites are used in the last synthetic cycle. With the sulfur-based groups for protection and linking, oligonucleotide deprotection and cleavage are achieved via oxidation followed by beta-elimination under mild conditions. Therefore, besides for insensitive oligonucleotide synthesis, the embodiments of the invention are capable for the synthesis of oligonucleotide analogs containing sensitive functional groups that cannot survive the harsh conditions used in prior art oligonucleotide synthesis technologies.

  本发明提供了用于合成敏感寡核苷酸和不敏感寡核苷酸的实施方案。使用基于硫的基团来保护核苷酸碱基的exo-氨基团、磷酸基团和2′-OH基团，并且作为可裂解的连接剂将寡核苷酸连接到支持物上。寡核苷酸的合成是在典型条件下使用磷酰亚胺化学进行的，并进行了重要的修改。为了防止通过帽交换将基于硫的保护基团替换为酰基，使用了特殊的封端剂。为了保留亲脂性标签以协助反相高效液相色谱（RP HPLC）纯化，在最后的合成周期中使用了特殊的磷酰亚胺。使用基于硫的基团进行保护和连接，寡核苷酸的脱保护和裂解是通过氧化随后在温和条件下进行beta-消除实现的。因此，除了用于不敏感寡核苷酸的合成外，本发明的实施方案还能够合成包含在先前的寡核苷酸合成技术中使用的严酷条件下无法存活的敏感功能团的寡核苷酸类似物。
• 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol for the removal of the 4,4′-DimethoxytrityI protecting group from the 5′-hydroxyl of acid-sensitive nucleosides and nucleotides
  作者：Nelson J. Leonard、Neelima

  DOI：10.1016/0040-4039(95)01673-6

  日期：1995.10

  1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol is introduced as a suitable reagent and solvent for the detritylution of 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-nucleosides and -deoxynucleosides, especially those that are susceptible to N-glycosyl cleavage under more strongly acidic conditions.

  引入1,1,1,3,3,3-六氟-2-丙醇作为合适的试剂和溶剂，用于5'- O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-核苷和-deoxynucleosides，特别是那些的脱三苯胺稀释在更强的酸性条件下易受N-糖基裂解的影响。
• Solution-phase synthesis of oligodeoxyribonucleotides using the <i>H</i>-phosphonate method with <i>N</i>-unprotected 5′-phosphite monomers
  作者：Hiromasa Matsuda、Erina Yoshida、Takaaki Shinoda、Kazuki Sato、Rintaro Iwata Hara、Takeshi Wada

  DOI：10.1039/d1ra06619f

  日期：——

  requirements for developing efficient methods for the chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides (ODNs). In this study, we report a new approach for the solution-phase synthesis of ODNs using the H-phosphonate method with N-unprotected 5′-phosphite monomers. The 5′-phosphite monomers are synthesized in a single step from unprotected 2′-deoxyribonucleosides using 5′-O-selective phosphitylation and

  核酸治疗学的最新进展增加了开发有效的寡脱氧核糖核苷酸（ODN）化学合成方法的需求。在这项研究中，我们报告了一种使用N-未保护的 5'-亚磷酸酯单体进行H-膦酸酯溶液相合成 ODN 的新方法。 5'-亚磷酸酯单体是使用 5'- O-选择性亚磷酸化从未保护的 2'-脱氧核糖核苷一步合成的，可应用于H-膦酸酯方法的合成循环。我们合成了四种5'-亚磷酸酯单体，然后优化了5'-亚磷酸酯单体的3'-羟基与H-膦酸酯单酯之间的缩合条件。经过各种研究，通过重复缩合、脱保护和简单萃取或沉淀纯化的程序，实现了三胸苷二磷酸（TTT）和含有四种核碱基的四聚体的溶液相合成。
• 发色团修饰的脱氧核苷亚磷酰胺单体化合物 及其制备方法和应用
  申请人：北京大学

  公开号：CN105348343B

  公开（公告）日：2019-01-04

  本发明公开了发色团修饰的脱氧核苷亚磷酰胺单体化合物及其制备方法和应用。本发明将芘、苝或萘酰胺等发色团与双二异丙基氨基氯化磷相连接得到亚磷中间体，再与DMT保护的脱氧核苷反应，得到发色团修饰的脱氧核苷亚磷酰胺单体化合物。通过DNA的固相合成，将其定点插入到寡聚核苷酸中得到发色团修饰的双链结构稳定的荧光寡聚核苷酸探针。该荧光寡聚核苷酸探针本身没有荧光发射，只有和完全配对的靶链结合后，荧光增强可达23.5倍且响应速度快；对于错配碱基识别明显，几乎没有荧光发射，可以明显区分出单碱基错配，能应用于基因单碱基突变分析和PCR反应过程检测等，在单碱基多态性检测和生化样品中核酸检测等方面中应用前景广泛。
• Commercial-Scale Synthesis of Protected 2′-Deoxycytidine and Cytidine Nucleosides
  作者：Kikkeri J. Divakar、Chitra M. Sawant、Y. A. Mulla、Deepak V. Zemse、Sakina M. Sitabkhan、Bruce S. Ross、Yogesh S. Sanghvi

  DOI：10.1081/ncn-120022956

  日期：2003.10

  Abstract Transformation of 2′-deoxyuridine and uridine analogs to protected 2′-deoxycytidine and cytidine analogs has been investigated by two different methods. First, traditional triazolation protocol and second p-nitrophenoxylation method. Our studies conclude that the triazolation method is better and suitable for commercial scale--up.

  摘要用两种不同的方法研究了2'-脱氧尿苷和尿苷类似物向保护的2'-脱氧胞苷和胞苷类似物的转化。首先是传统的三唑化方案和第二种对硝基苯氧基化方法。我们的研究得出的结论是，三重氮化方法更好，适合于工业规模放大。