N-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧胞苷 | 100898-63-3

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧胞苷
• 中文别名: N-(1-((2r,4s,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺
• 英文名称: 4-N-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 5’-O-(4,4’dimethoxytrityl)-N4-(acetyl)-2'-deoxycytidine；N⁴-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine；5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-3'-OH-N⁴-acetyldeoxycytidine；N-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N4-acetyl-2'-deoxycytidine；N-(1-((2R,4S,5R)-5-((Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)acetamide；N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]acetamide
• CAS: 100898-63-3
• 化学式: C₃₂H₃₃N₃O₇
• 分子量: 571.63
• InChiKey: FHZQVUQHQIUSPM-PKZQBKLLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.28±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

安全信息

• 危险性防范说明：
  P280,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H317,H319
• 储存条件：
  存储请在2-8°C的环境中保持干燥。

制备方法与用途

5'‑O‑DMT‑N4‑Ac‑dC（N4-乙酰基-2'‑去氧-5'‑O‑DMT-胞苷，化合物7）是一种脱氧核苷，可用于合成十二烷基磷酸酯（一种用于制备两亲性DNA的原料）。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧胞苷 在 四氮唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 N⁴-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino) [11-[(3,4,6-tri-O-acetyl-2-acetylamino-2-deoxy-β-D-galactopyranosyl)oxy]-3,6,9-trioxaundecyloxy]phosphinyl]-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES

  摘要：

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。

  公开号：

  US20160083414A1
• 作为产物：
  描述：

  二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲醇 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  在温和条件下不使用银盐对醇进行三酰化

  摘要：

  在温和条件下，在短运行时间内，将三醇方便地与由三苯甲醇和三氟乙酸酐原位生成的三氟乙酸三苯乙铵进行三苯甲基化。反应不需要昂贵的银盐。四种仲醇与单和二甲氧基三苯甲基醇一起三苯甲基化，具有良好的优异分离产率。还对具有伯醇的四种核苷衍生物测试了该反应。还获得令人满意的结果。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2016.07.062

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018237194A1

  公开（公告）日：2018-12-27

  The present disclosure, among other things, provides technologies for synthesis, including reagents and methods for stereoselective synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides compounds useful as chiral auxiliaries. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for chirally controlled preparation of oligonucleotides. In some embodiments, technologies of the present disclosure are particularly useful for constructing challenging internucleotidic linkages, providing high yields and stereoselectivity.

  本公开内容提供了合成技术，包括用于立体选择性合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了作为手性辅助剂有用的化合物。在某些实施例中，本公开内容提供了用于寡核苷酸合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了用于手性控制寡核苷酸制备的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容的技术特别适用于构建具有挑战性的核苷酸间连接，提供高产率和立体选择性。
• Efficient synthesis of functionalized oligodeoxyribonucleotides with base-labile groups using a new silyl linker
  作者：Akihiro Ohkubo、Rintaro Kasuya、Katsufumi Aoki、Akio Kobori、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1016/j.bmc.2008.02.076

  日期：2008.5

  deoxyribonucleoside-loading reagents 1 with a new silyl-type linker. These reagents could increase the efficiency of introduction of 3'-terminal deoxyribonucleoside components into polymer supports to a level of 17-29micromol/g. The efficiency was higher than that of previous T-loading reagents because reagents 1 contain a 4-aminobutyryl residue as a spacer. Moreover, we could synthesize not only unmodified DNA oligomers

  在这项研究中，我们开发了具有新甲硅烷基型接头的新型3'端脱氧核糖核苷加载试剂1。这些试剂可以将3'-末端脱氧核糖核苷组分引入聚合物载体的效率提高到17-29micromol / g。效率高于以前的T加载试剂，因为试剂1包含4-氨基丁酰基残基作为间隔基。此外，我们不仅可以使用树脂9a-d在活化的亚磷酸酯方法中合成无修饰的DNA低聚物，而且可以合成碱不稳定的修饰的DNA低聚物，而无需碱保护。
• Stereocontrolled Solid-Phase Synthesis of Oligonucleoside<i>H</i>-Phosphonates by an Oxazaphospholidine Approach
  作者：Naoki Iwamoto、Natsuhisa Oka、Terutoshi Sato、Takeshi Wada

  DOI：10.1002/anie.200804408

  日期：2009.1.5

  Stereodefined oligonucleoside H‐phosphonates were synthesized on a solid support using diastereopure nucleoside 3′‐O‐oxazaphospholidine monomers. Several stereodefined backbone‐modified analogues were obtained with the oligonucleoside H‐phosphonates as precursors (see scheme; BPRO=protected nucleobase, DMTr=4,4′‐dimethoxytrityl, Th=thymin‐1‐yl, TfO−=triflate).

  使用非对映体纯核苷3'- O-氧杂氮杂磷啶单体在固体支持物上合成立体定义的寡核苷H-膦酸酯。与寡核苷得到几个stereodefined骨架修饰的类似物ħ -phosphonates作为前体（参见方案;乙PRO =保护的核碱基，将DMTr = 4,4'-二甲氧基三苯甲基，TH =胸腺嘧啶-1-基，TFO - =三氟甲磺酸酯）。
• Solid-Phase Chemical Synthesis of Phosphonoacetate and Thiophosphonoacetate Oligodeoxynucleotides
  作者：Douglas J. Dellinger、David M. Sheehan、Nanna K. Christensen、James G. Lindberg、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/ja027983f

  日期：2003.1.1

  Phosphonoacetate and thiophosphonoacetate oligodeoxynucleotides were prepared via a solid-phase synthesis strategy. Under Reformatsky reaction conditions, novel esterified acetic acid phosphinodiamidites were synthesized and condensed with appropriately protected 5'-O-(4, 4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxynucleosides to yield 3'-O-phosphinoamidite reactive monomers. These synthons when activated with tetrazole

  Phosphonoacetate 和 thiophosphonoacetate 寡脱氧核苷酸是通过固相合成策略制备的。在 Reformatsky 反应条件下，合成了新型酯化乙酸膦酰二亚胺，并与适当保护的 5'-O-(4, 4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧核苷缩合，生成 3'-O-膦亚酰胺反应单体。这些合成子在用四唑激活时与自动 DNA 合成仪一起使用，以在受控孔玻璃上制备膦酰乙酸修饰的核苷酸间连接。在每一步用 (1S)-(+)-(10-樟脑磺酰基)恶氮丙啶或 3H-1,2-苯二硫醇-3-one-1 定量氧化膦基乙酸酯偶联产物，1-二氧化物产生混合序列膦酰乙酸酯和硫代膦酰乙酸酯寡脱氧核苷酸，平均每循环偶联效率大于 97%。完全脱保护、修饰的寡脱氧核苷酸通过反相 HPLC 纯化，并通过离子交换 HPLC、(31) P NMR 和 MALDI/TOF 质谱进行表征。两种类似物都对蛇毒磷酸二酯酶的水解稳定并刺激
• [EN] COMPOUNDS COMPOSITIONS AND METHODS INCLUDING THERMALLY LABILE MOIETIES<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS COMPRENANT DES FRAGMENTS THERMIQUEMENT LABILES
  申请人：BIOSEARCH TECHNOLOGIES INC

  公开号：WO2015167620A1

  公开（公告）日：2015-11-05

  The present invention generally relates to compounds that include one or more thermally labile protecting groups, compositions including the compounds, methods of making the compounds and compositions and methods of using the compounds and compositions. In one aspect, the present invention is directed to a compound of the structure XO-CH2-SM-B-A. The substituent X is H, an acid labile protecting group, a solid support, -P(O-R1)NR2R3, - P(O)(OH)H, -P(O)(OR1)H, -P(O)(OH)2, -P(O)(OH)O-P(0)(OH)OP(O)(OH)2 or salts thereof. The substituent R1 is CNE (i.e., cyanoethyl), alkyl, or heteroalkyl and R2 and R3 are independently alkyl. The substituent SM is a sugar moiety or analogue thereof that is not a natural furanosyl, B is a base moiety or analogue thereof, and A is a moiety attached to a nitrogen on or in the base moiety of the structure -C(O)OR4, wherein R4 is tertiary alkyl.

  本发明通常涉及包括一个或多个热敏稳定保护基团的化合物，包括这些化合物的组合物，制备这些化合物和组合物的方法，以及使用这些化合物和组合物的方法。在一个方面，本发明涉及具有结构XO-CH2-SM-B-A的化合物。取代基X是H，酸敏稳定保护基团，固体支持，-P(O-R1)NR2R3，- P(O)(OH)H，-P(O)(OR1)H，-P(O)(OH)2，-P(O)(OH)O-P(0)(OH)OP(O)(OH)2或其盐。取代基R1是CNE（即氰基乙基），烷基或杂环烷基，R2和R3是独立的烷基。取代基SM是一种糖基或其类似物，不是天然的呋喃糖基，B是一种碱基或其类似物，A是连接到结构-C(O)OR4上的氮上的或内部的基团，其中R4是三级烷基。