2'-deoxy-N⁴-diethoxyphosphoryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidin-3'-yl 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite | 600723-97-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-deoxy-N⁴-diethoxyphosphoryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidin-3'-yl 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite
• 英文别名: 3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[4-(diethoxyphosphorylamino)-2-oxopyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 600723-97-5
• 化学式: C₄₃H₅₇N₅O₁₀P₂
• 分子量: 865.901
• InChiKey: DVHMOMMQHOMKRY-FPZQWSGKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.5
• 重原子数：
  60
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  163
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-N⁴-diethoxyphosphoryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidin-3'-yl 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite 在 四氮唑 、 氨 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 13.25h， 生成 2'-deoxy-N⁴-diethoxyphosphorylcytidylyl-(3'-> 5')thymidine sodium salt
  参考文献：
  名称：

  具有N-磷酸基团的寡聚脱氧核苷酸的合成与性质

  摘要：

  本文涉及 Dickerson-Drew 序列 d(CGCGAATTCGCG) 的寡脱氧核苷酸的合成和性质，其中四个胞嘧啶碱基之一已被 N-磷酸化或 N-二乙基磷酸化胞嘧啶碱基取代，以研究其影响N-磷酰基或 N-二乙氧基磷酰基对其结构特性和杂交亲和力的影响。这些自互补双链体的 CD 光谱显示出典型的 B DNA 型形状，变化很小。相比之下，从 Tm 实验中发现，N-磷酰基团通过空间位阻和电子排斥显着破坏了 DNA 双链体的稳定性。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2003)

  DOI：

  10.1002/ejoc.200200294
• 作为产物：
  描述：

  4-氨基-1-{5-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-2-脱氧呋喃戊糖基}-2(1H)-嘧啶酮 在 三甲基氯硅烷 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.25h， 生成 2'-deoxy-N⁴-diethoxyphosphoryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidin-3'-yl 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  具有N-磷酸基团的寡聚脱氧核苷酸的合成与性质

  摘要：

  本文涉及 Dickerson-Drew 序列 d(CGCGAATTCGCG) 的寡脱氧核苷酸的合成和性质，其中四个胞嘧啶碱基之一已被 N-磷酸化或 N-二乙基磷酸化胞嘧啶碱基取代，以研究其影响N-磷酰基或 N-二乙氧基磷酰基对其结构特性和杂交亲和力的影响。这些自互补双链体的 CD 光谱显示出典型的 B DNA 型形状，变化很小。相比之下，从 Tm 实验中发现，N-磷酰基团通过空间位阻和电子排斥显着破坏了 DNA 双链体的稳定性。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2003)

  DOI：

  10.1002/ejoc.200200294

文献信息

• Synthesis and Properties of Oligodeoxynucleotides Possessing N-Phosphoryl Groups
  作者：Tomohisa Moriguchi、Takeshi Wada、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/ejoc.200200294

  日期：2003.6

  This paper deals with the synthesis and properties of oligodeoxynucleotides of a Dickerson−Drew sequence, d(CGCGAATTCGCG), in which one of the four cytosine bases has been replaced with an N-phosphorylated or N-diethylphosphorylated cytosine base in order to study the effect of the N-phosphoryl or N-diethoxyphosphoryl group on their structural property and hybridization affinity. The CD spectra of

  本文涉及 Dickerson-Drew 序列 d(CGCGAATTCGCG) 的寡脱氧核苷酸的合成和性质，其中四个胞嘧啶碱基之一已被 N-磷酸化或 N-二乙基磷酸化胞嘧啶碱基取代，以研究其影响N-磷酰基或 N-二乙氧基磷酰基对其结构特性和杂交亲和力的影响。这些自互补双链体的 CD 光谱显示出典型的 B DNA 型形状，变化很小。相比之下，从 Tm 实验中发现，N-磷酰基团通过空间位阻和电子排斥显着破坏了 DNA 双链体的稳定性。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2003)